Fragment-based design of α-cyanoacrylates and α-cyanoacrylamides targeting Dengue and Zika NS2B/NS3 proteases
作者:Gabriel Gomes Vilela、Wadja Feitosa dos Santos Silva、Vitoria de Melo Batista、Leandro Rocha Silva、Hannah Maus、Stefan Josef Hammerschmidt、Clara Andrezza Crisóstomo Bezerra Costa、Orlando Francisco da Silva Moura、Johnnatan Duarte de Freitas、Grazielle Lobo Coelho、Júlia de Andrade Brandão、Leticia Anderson、Ênio José Bassi、João Xavier de Araújo-Júnior、Tanja Schirmeister、Edeildo Ferreira da Silva-Júnior
DOI:10.1039/d2nj01983c
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design protocol was developed to select small fragments for new inhibitors. Based on this, we developed a series of α-cyanoacrylates and α-cyanoacrylamides targeting ZIKV and DENV NS2B/NS3 proteases. Among them, LQM467, 471, 472, and 474 were found to be active against both proteases, with Ki values ranging from 7.8 to 20 μM. Dynamics simulations revealed good stability during 200 ns for all enzyme inhibitor-complexes
属于黄病毒科的病毒在全球造成数百万例感染病例,主要是登革热 (DENV) 和寨卡 (ZIKV) 病毒。两种蚊媒黄病毒都通过受感染的伊蚊叮咬传播主要流行于热带和亚热带国家的病媒。DENV 和 ZIKV 由结构和非结构 (NS) 蛋白组成,最初表达为单一前体多蛋白。NS2B/NS3 是一种丝氨酸蛋白酶复合物,在病毒复制周期中起关键作用,因为多蛋白加工也是由这种酶完成的。作为开发新型 NS2B/NS3 抑制剂的一种方法,开发了一种基于虚拟片段的药物设计方案来选择新抑制剂的小片段。基于此,我们开发了一系列针对 ZIKV 和 DENV NS2B/NS3 蛋白酶的 α-氰基丙烯酸酯和 α-氰基丙烯酰胺。其中,LQM467、471、472、474 _ _ _ _ _发现对两种蛋白酶都有活性,K i值范围为 7.8 至 20 μM。动力学模拟显示所有酶抑制剂复合物在 200 ns 内具有良好的稳定性。此外,MM/BPSA