(E/Z)-(3R/S)-(1S,5S,10S,11R,13R)-3-(2-cyanoethoxy)-10-hydroxy-3-oxo-5-(3(S)-(tert-butyldiphenylsilyl)oxy-5(R)-(thymin-1-yl)tetrahydrofuran-2(S)-yl)-13-(thymin-1-yl)-3-phospha-2,4,12-trioxabicyclo[9.3.0]tetradec-7-ene | 905556-03-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 2 '，5'-二脱氧核苷
• 英文名称: (E/Z)-(3R/S)-(1S,5S,10S,11R,13R)-3-(2-cyanoethoxy)-10-hydroxy-3-oxo-5-(3(S)-(tert-butyldiphenylsilyl)oxy-5(R)-(thymin-1-yl)tetrahydrofuran-2(S)-yl)-13-(thymin-1-yl)-3-phospha-2,4,12-trioxabicyclo[9.3.0]tetradec-7-ene
• CAS: 905556-03-8
• 化学式: C₄₃H₅₂N₅O₁₂PSi
• 分子量: 889.971
• InChiKey: STMZVTARIMHPCZ-VCZKKPRXSA-N

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (E/Z)-(3R/S)-(1S,5S,10S,11R,13R)-3-(2-cyanoethoxy)-10-hydroxy-3-oxo-5-(3(S)-(tert-butyldiphenylsilyl)oxy-5(R)-(thymin-1-yl)tetrahydrofuran-2(S)-yl)-13-(thymin-1-yl)-3-phospha-2,4,12-trioxabicyclo[9.3.0]tetradec-7-ene 在 palladium dihydroxide 氢气 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 55.0 ℃ 、6.89 MPa 条件下， 反应 16.0h， 以63%的产率得到(3R/S)-(1S,5S,10S,11R,13R)-3-(2-cyanoethoxy)-10-hydroxy-3-oxo-5-(3(S)-(tert-butyldiphenylsilyl)oxy-5(R)-(thymin-1-yl)tetrahydrofuran-2(S)-yl)-13-(thymin-1-yl)-3-phospha-2,4,12-trioxabicyclo[9.3.0]tetradecane
  参考文献：
  名称：

  具有4个碳原子的5'-C至5'-C连接的环状二核苷酸；通过RCM合成，NMR检测并整合到二级核酸结构中。

  摘要：

  通过应用立体选择性烯丙基化方法由胸苷制备5'-C-烯丙基胸苷衍生物，并确认了其5'（S）-构型。从该核苷衍生物制备适当保护的结构单元，并使用标准亚磷酰胺化学方法偶联，得到具有两个5'-C-烯丙基的二核苷酸。该分子用作闭环复分解（RCM）反应的底物，去保护后，是环状二核苷酸的E-和Z-异构体与不饱和5'-C-至-5'-的1：1混合物。获得了C连接。或者，双键的氢化和脱保护得到饱和的环状二核苷酸。先进的NMR检查证实了该分子的结构，并表明了其整体构象自由度受到限制。在改变保护基策略之后，获得了具有5'-O-位的饱和环状二核苷酸的亚磷酰胺结构单元，其被保护为pixyl ether，并且磷酸盐被保护为甲基磷酸三酯。该构件用于制备由于环二核苷酸部分而具有中央人工弯曲的两个14-mer寡核苷酸。发现这些可以使双链体不稳定，稍微使凸起的双链体不稳定，但是在一定程度上可以稳定高Mg（2+）浓度的三向连接。

  DOI：

  10.1039/b603830a
• 作为产物：
  描述：

  (E/Z)-(3R/S)-(1S,5S,10S,11R,13R)-3-(2-cyanoethoxy)-10-(4,4'-dimethoxytrityl)oxy-3-oxo-5-(3(S)-(tert-butyldiphenylsilyl)oxy-5(R)-(thymin-1-yl)tetrahydrofuran-2(S)-yl)-13-(thymin-1-yl)-3-phospha-2,4,12-trioxabicyclo[9.3.0]tetradec-7-ene 在 三乙基硅烷 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 0.75h， 以86%的产率得到(E/Z)-(3R/S)-(1S,5S,10S,11R,13R)-3-(2-cyanoethoxy)-10-hydroxy-3-oxo-5-(3(S)-(tert-butyldiphenylsilyl)oxy-5(R)-(thymin-1-yl)tetrahydrofuran-2(S)-yl)-13-(thymin-1-yl)-3-phospha-2,4,12-trioxabicyclo[9.3.0]tetradec-7-ene
  参考文献：
  名称：

  具有4个碳原子的5'-C至5'-C连接的环状二核苷酸；通过RCM合成，NMR检测并整合到二级核酸结构中。

  摘要：

  通过应用立体选择性烯丙基化方法由胸苷制备5'-C-烯丙基胸苷衍生物，并确认了其5'（S）-构型。从该核苷衍生物制备适当保护的结构单元，并使用标准亚磷酰胺化学方法偶联，得到具有两个5'-C-烯丙基的二核苷酸。该分子用作闭环复分解（RCM）反应的底物，去保护后，是环状二核苷酸的E-和Z-异构体与不饱和5'-C-至-5'-的1：1混合物。获得了C连接。或者，双键的氢化和脱保护得到饱和的环状二核苷酸。先进的NMR检查证实了该分子的结构，并表明了其整体构象自由度受到限制。在改变保护基策略之后，获得了具有5'-O-位的饱和环状二核苷酸的亚磷酰胺结构单元，其被保护为pixyl ether，并且磷酸盐被保护为甲基磷酸三酯。该构件用于制备由于环二核苷酸部分而具有中央人工弯曲的两个14-mer寡核苷酸。发现这些可以使双链体不稳定，稍微使凸起的双链体不稳定，但是在一定程度上可以稳定高Mg（2+）浓度的三向连接。

  DOI：

  10.1039/b603830a