5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-O⁴-ethylthymidine | 117775-85-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-O⁴-ethylthymidine
• 英文别名: 5'-O-(4,4'-Dimethoxytrityl)-4-O-ethylthymidine；5'-O-4,4'-Dimethoxytrityl-O-4-ethylthymidine；1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-4-ethoxy-5-methylpyrimidin-2-one
• CAS: 117775-85-6
• 化学式: C₃₃H₃₆N₂O₇
• 分子量: 572.658
• InChiKey: IYEIEMIZKVMABB-FRXPANAUSA-N

物化性质

• 沸点：
  705.3±70.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.23±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.7
• 重原子数：
  42
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  99
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-O⁴-ethylthymidine 在 1H-1,2,4-三唑 、 四氮唑 、 2,4,6-三异丙基苯磺酰氯 作用下， 生成 [(2R,3S,5R)-5-(6-acetamidopurin-9-yl)-2-[[[(2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(4-ethoxy-5-methyl-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-(2-chlorophenoxy)phosphoryl]oxymethyl]oxolan-3-yl] acetate
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and properties of DNA oligomers containing an O4-ethylated thymine. d(e⁴TpA), d(Ape⁴T), d(Ape⁴TpA), and d(Tpe⁴TpT)

  摘要：

  通过磷酸三酯法合成了含有O4-乙基化胸腺嘧啶（e⁴Thy）和腺嘌呤（Ade）碱基的DNA寡核苷酸，即d(e⁴TpA)、d(Ape⁴T)和d(Ape⁴TpA)，以及它们未修饰的类似物，即d(TpA)、d(ApT)和d(ApTpA)，以及d(Tpe⁴TpT)。在300和500 MHz下从10到70°C获得的¹H NMR化学位移数据显示，这些分子在水溶液中在低温下形成右旋微螺旋；O4-乙基基团的存在似乎对胸腺嘧啶碱基的堆叠几何没有显著影响。通过在类似温度范围内获得的圆二色数据确认了右旋堆叠的存在。糖环的耦合常数表明d(e⁴TpA)的e⁴Tp单元不像d(e⁴TpT)的相应单元那样向3'-内褶叠（N）发生移位。在负离子模式下通过快速原子轰击质谱（FAB-MS）获得的光谱中观察到修改和未修改分子的显著准分子离子峰[M – H]⁻，表明易失性的O4-乙基基团足够稳定，可以承受该方法中使用的电离过程。此外，观察到了一些片段离子峰，如[O4-乙基胸腺嘧啶 – H]⁻，揭示了FAB-MS用于表征被烷化剂修改的DNA寡聚物的潜力。关键词：寡核苷酸，O-烷基化，立体化学，NMR，质谱。

  DOI：

  10.1139/v90-308
• 作为产物：
  描述：

  3’,5’-di-O-(t-butyldimethylsilyl)-O⁴-ethylthymidine 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 10.0h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-O⁴-ethylthymidine
  参考文献：
  名称：

  Cytotoxic and mutagenic properties ofO⁴-alkylthymidine lesions inEscherichia colicells

  摘要：

  由于活细胞和环境中大量存在烷基化剂，DNA烷基化通常是不可避免的。在烷基化 DNA 损伤中，已知 O4-烷基胸苷 (O4-烷基dT) 在哺乳动物组织中具有高度诱变性和持久性。关于烷基的结构如何影响 O4-烷基dT 损伤的修复和复制旁路，或者后一个过程如何由跨损伤合成聚合酶调节，人们知之甚少。在此，我们合成了含有八个位点特异性插入的 O4-烷基dT 损伤的寡脱氧核糖核苷酸，并检查了它们对大肠杆菌细胞中 DNA 复制的影响。我们表明，除了 (S)-和 (R)-sBudT 之外，经过所有 O4-烷基dT 损伤的复制都是高效的，并且这些损伤导致大肠杆菌细胞中非常高频率的 dGMP 错误掺入。虽然 SOS 诱导的 DNA 聚合酶在绕过大多数 O4-烷基dT 损伤方面发挥着多余的作用，但 (S)-和 (R)-sBudT 的绕过需要 Pol V。此外，Ada 不参与任何 O4-烷基dT 的修复Ogt 能够修复 O4-MedT，并在较小程度上修复 O4-EtdT 和 O4-nPrdT，但不能修复其他 O4-烷基dT 损伤。总之，我们的研究提供了有关 O4-烷基dT 损伤修复及其被大肠杆菌复制机制识别的重要新知识。

  DOI：

  10.1093/nar/gkv941

文献信息

• Nucleotides, Part LXIII, New 2-(4-Nitrophenyl)ethyl(Npe)- and 2-(4-Nitrophenyl)ethoxycarbonyl(Npeoc)-Protected 2′-Deoxyribonucleosides and Their 3′-Phosphoramidites - Versatile Building Blocks for Oligonucleotide Synthesis
  作者：Holger Lang、Margarete Gottlieb、Michael Schwarz、Silke Farkas、Bernd S. Schulz、Frank Himmelsbach、Ramamurthy Charubala、Wolfgang Pfleiderer

  DOI：10.1002/(sici)1522-2675(19991215)82:12<2172::aid-hlca2172>3.0.co;2-r

  日期：1999.12.15

  A series of new base-protected and 5'-O-(4-monomethoxytrityl)- or 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-substituted 3'-(2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidites) and 3'-[2-(4-nitrophenyl)ethyl diisopropylphosphoramidites] 52-66 and 67-82, respectively, are prepared as potential building blocks for oligonucleotide synthesis (see Scheme). Thus, 3',5'-di-O-acyl- and N-2,3'-O,5'-O-triacyl-2'-deoxyguanosines can easily be converted into the corresponding O-6-alkyl derivatives 6, 8, 10, 12, 14, and 16 by a Mitsunobu reaction using the appropriate alcohol. Mild hydrolysis removes the acyl groups from the sugar moiety (--> 9, 11, 13, 15, and 19 (via 18), resp.) which can then be tritylated (--> 38-42) and phosphitylated (--> 57-61) in the usual manner. N-2-[2-(4-nitrophenyl)ethoxycarbonyl]-substituted and N-2-[2-(4-nitrophenyl)ethoxycarbonyl]-O-6-[2-(4-nitrophenyl)ethyl]-substituted 2'-deoxyguanosines 5 and 7, respectively, are synthesized as new starting materials for tritylation (--> 28, 35, and 37) and phosphitylation (--> 54, 56, 70, and 78). Various O-4-alkylthymidines (see 20-24) are also converted to their 5'-O-dimethoxytrityl derivatives (see 43-47) and the corresponding phosphoramidites (see 62-66 and 79-82).
• 5′-O-(4-4′-dimethylthoxytrityl)-4-thiocyanatothymidine A useful intermediate for the preparation of various 4-substituted thymidine analogues
  作者：Theo T. Nikiforov、Bernard A. Connolly

  DOI：10.1016/s0040-4039(00)74367-x

  日期：1991.11

  The thiocyanato group in 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-4-thiocyanatothymidine 2 is easily displaced by a variety of O-, N- and S-nucleophiles, making this compound a useful intermediate for the preparation of 4-substituted thymidine analogues.
• BUCHKO, GARRY W.;HRUSKA, FRANK E.;SADANA, KRISHAN L., CAN. J. CHEM., 68,(1990) N1, C. 2011-2021
  作者：BUCHKO, GARRY W.、HRUSKA, FRANK E.、SADANA, KRISHAN L.

  DOI：——

  日期：——