5'-O-(4,4')dimethoxytrityl-2'-O-(13)C-methyluridine | 1314028-43-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4')dimethoxytrityl-2'-O-(13)C-methyluridine
• CAS: 1314028-43-7
• 化学式: C₃₁H₃₂N₂O₈
• 分子量: 561.593
• InChiKey: MFDHAVFJDSRPKC-BRGKPSEISA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.84
• 重原子数：
  41.0
• 可旋转键数：
  10.0
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.29
• 拓扑面积：
  121.24
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  9.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-cyanoethyl diisopropylchlorophosphoramidite 、 5'-O-(4,4')dimethoxytrityl-2'-O-(13)C-methyluridine 在 二甲基十二/十四烷基叔胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.5h， 以71%的产率得到5'-O-(4,4')-dimethoxytrityl-2'-O-(13)C-methyluridine-3'-(2-cyanoethyl)-N,N'-diisopropylphoshoramidite
  参考文献：
  名称：

  使用敏感的 13C-甲基标签通过纵向交换和 CPMG 弛豫分散核磁共振波谱探测 RNA 动力学

  摘要：

  通过13 C 交换核磁共振光谱在未受干扰的平衡中研究双稳态 RNA 序列的重折叠动力学。为此目的，使用 2'- 13 C-甲氧基尿苷修饰阐述了一种简单的标记技术，该修饰通过两步合成制备并使用标准方案引入到 RNA 中。使用13C 纵向交换 NMR 光谱表征了 20 nt 双稳态 RNA 的重折叠动力学在 298 和 310 K 之间的温度下，产生了平衡构象异构体与重折叠过程的活化能之间的焓和熵差异。更稳定的 32 nt 双稳态 RNA 的动力学可以通过相同的方法在升高的温度下进行分析，即在 314 和 316 K。最后，多稳定 RNA 的动力学能够折叠成两个发夹和假打结通过13 C弛豫分散核磁共振光谱研究构象。

  DOI：

  10.1093/nar/gkq1361
• 作为产物：
  描述：

  、 2,2'-anhydro-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 2.0h， 以93%的产率得到5'-O-(4,4')dimethoxytrityl-2'-O-(13)C-methyluridine
  参考文献：
  名称：

  使用敏感的 13C-甲基标签通过纵向交换和 CPMG 弛豫分散核磁共振波谱探测 RNA 动力学

  摘要：

  通过13 C 交换核磁共振光谱在未受干扰的平衡中研究双稳态 RNA 序列的重折叠动力学。为此目的，使用 2'- 13 C-甲氧基尿苷修饰阐述了一种简单的标记技术，该修饰通过两步合成制备并使用标准方案引入到 RNA 中。使用13C 纵向交换 NMR 光谱表征了 20 nt 双稳态 RNA 的重折叠动力学在 298 和 310 K 之间的温度下，产生了平衡构象异构体与重折叠过程的活化能之间的焓和熵差异。更稳定的 32 nt 双稳态 RNA 的动力学可以通过相同的方法在升高的温度下进行分析，即在 314 和 316 K。最后，多稳定 RNA 的动力学能够折叠成两个发夹和假打结通过13 C弛豫分散核磁共振光谱研究构象。

  DOI：

  10.1093/nar/gkq1361