1-((2R,3R,4R,5R)-3-(2-azidoethoxy)-5-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione | 1263796-39-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 1-((2R,3R,4R,5R)-3-(2-azidoethoxy)-5-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
• CAS: 1263796-39-9
• 化学式: C₃₃H₃₅N₅O₈
• 分子量: 629.67
• InChiKey: IZBPOOQREPXCGF-BUVRPPHQSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.82
• 重原子数：
  46.0
• 可旋转键数：
  13.0
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  170.0
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  10.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-((2R,3R,4R,5R)-3-(2-azidoethoxy)-5-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione 在 O-(benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium tetrafluoroborate 、 N,N-二异丙基乙胺 、 三苯基膦 作用下， 以 四氢呋喃 、 水 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 19.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  以生物正交环丙烯或 Sydnone 作为构建模块的 2′-修饰胸苷，用于化学合成寡核苷酸的无铜合成后功能化

  摘要：

  开发将相关探针、配体或递送剂缀合到寡核苷酸 (ON) 上的简便方法对于化学生物学的基础研究和改善药物化学中 ON 的药理学都是非常需要的。许多努力都集中在将生物正交基团引入亚磷酰胺结构单元上，从而允许反应性 ON 的受控化学合成以进行合成后修饰。在这些结构单元中，炔烃、环辛炔、反式环辛烯和降冰片烯已被证明与自动化固相化学兼容。在此，我们介绍了包含生物正交甲基环丙烯或悉尼酮部分的新型2'-功能化核苷亚磷酰胺单体的开发，并首次将其引入ON固相合成中。通过反电子需求狄尔斯-阿尔德 (iEDDA) 反应或应变促进的苯乙烯-炔环加成 (SPSAC)，成功实现了使用反应性互补探针的无痕 ON 合成后修饰。这些结果扩展了生物正交亚磷酰胺构建模块的集合，以生成用于合成后标记的 ON。

  DOI：

  10.1021/acs.bioconjchem.3c00284
• 作为产物：
  描述：

  2-(((2R,3R,4R,5R)-5-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-hydroxy-2-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-3-yl)oxy)ethyl methanesulfonate 在 sodium azide 、 18-冠醚-6 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 以90 %的产率得到1-((2R,3R,4R,5R)-3-(2-azidoethoxy)-5-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
  参考文献：
  名称：

  以生物正交环丙烯或 Sydnone 作为构建模块的 2′-修饰胸苷，用于化学合成寡核苷酸的无铜合成后功能化

  摘要：

  开发将相关探针、配体或递送剂缀合到寡核苷酸 (ON) 上的简便方法对于化学生物学的基础研究和改善药物化学中 ON 的药理学都是非常需要的。许多努力都集中在将生物正交基团引入亚磷酰胺结构单元上，从而允许反应性 ON 的受控化学合成以进行合成后修饰。在这些结构单元中，炔烃、环辛炔、反式环辛烯和降冰片烯已被证明与自动化固相化学兼容。在此，我们介绍了包含生物正交甲基环丙烯或悉尼酮部分的新型2'-功能化核苷亚磷酰胺单体的开发，并首次将其引入ON固相合成中。通过反电子需求狄尔斯-阿尔德 (iEDDA) 反应或应变促进的苯乙烯-炔环加成 (SPSAC)，成功实现了使用反应性互补探针的无痕 ON 合成后修饰。这些结果扩展了生物正交亚磷酰胺构建模块的集合，以生成用于合成后标记的 ON。

  DOI：

  10.1021/acs.bioconjchem.3c00284

文献信息

• OLIGONUCLEOTIDE LIGATION
  申请人：Brown Tom

  公开号：US20130231473A1

  公开（公告）日：2013-09-05

  A method for joining oligonucleotides. The method includes joining together one or more oligonucleotides by reacting an alkyne group lined to an oligonucleotide with an azide group linked to an oligonucleotide to form a triazole linkage. The alkyne group is a strained alkyne group. The method can include ligating together ends of one or more oligonucleotides or cross-linking strands of an oligonucleotide duplex. The methods described allow oligonucleotide strands to be ligated together without the need for a ligase enzyme.

  一种连接寡核苷酸的方法。该方法包括通过将连接到寡核苷酸的炔基与连接到寡核苷酸的叠氮基反应以形成三唑键来连接一个或多个寡核苷酸。炔基是一种受应力的炔基。该方法可以包括连接一个或多个寡核苷酸的末端或交联寡核苷酸双链的链。所描述的方法允许寡核苷酸链在无需连接酶的情况下连接在一起。
• 2′-Aminoethoxy-2-amino-3-methylpyridine in Triplex-Forming Oligonucleotides: High Affinity, Selectivity and Resistance to Enzymatic Degradation
  作者：Chenguang Lou、Montserrat Shelbourne、Keith R. Fox、Tom Brown

  DOI：10.1002/chem.201102287

  日期：2011.12.23

  monomer of the C‐nucleoside 2′‐aminoethoxy‐2‐amino‐3‐methylpyridine (AE‐MAP) has been synthesized for the first time and incorporated into triplex‐forming oligonucleotides (TFOs). Ultraviolet melting and DNase I footprinting studies show that AE‐MAP is a potent triplex‐stabilizing monomer that is selective for GC base pairs. TFOs containing AE‐MAP bind with high affinity to duplexes but only weakly

  首次合成了C-核苷 2'-氨基乙氧基-2-氨基-3-甲基吡啶 (AE-MAP)的亚磷酰胺单体，并将其整合到三链形成寡核苷酸 (TFO) 中。紫外熔解和 DNase I 足迹研究表明，AE-MAP 是一种有效的三链体稳定单体，对 GC 碱基对具有选择性。含有 AE-MAP 的 TFO 与双链体具有高亲和力，但与单链 DNA 的亲和力较弱。此外，AE-MAP 赋予寡核苷酸高核酸酶抗性。含有 AE-MAP 的 TFO 具有用于基因敲除和基因表达研究的潜力。