5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-[[(triisopropylsilyl)oxy]methyl]-6-13C-uridine | 1373621-10-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-[[(triisopropylsilyl)oxy]methyl]-6-13C-uridine
• 英文别名: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-[[(triisopropylsilyl)oxy]methyl]-6-¹³C-uridine；5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-[[(triisopropylsilyl)oxy]methyl]-6-(13)C-uridine
• CAS: 1373621-10-3
• 化学式: C₄₀H₅₂N₂O₉Si
• 分子量: 733.935
• InChiKey: HCWXSPAXEQSMLP-AOQBFZHASA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.36
• 重原子数：
  52.0
• 可旋转键数：
  16.0
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.45
• 拓扑面积：
  130.47
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  10.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-[[(triisopropylsilyl)oxy]methyl]-6-13C-uridine 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 三乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 24.17h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-[[(triisopropylsilyl)oxy]methyl]-6-¹³C-cytidine
  参考文献：
  名称：

  Stable Isotope-Labeled RNA Phosphoramidites to Facilitate Dynamics by NMR

  摘要：

  DOI：

  10.1016/bs.mie.2015.06.013
• 作为产物：
  描述：

  4,4'-双甲氧基三苯甲基氯 在 吡啶 、 二丁基二氯化锡 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 1,2-二氯乙烷 为溶剂， 反应 5.5h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-[[(triisopropylsilyl)oxy]methyl]-6-13C-uridine
  参考文献：
  名称：

  Stable Isotope-Labeled RNA Phosphoramidites to Facilitate Dynamics by NMR

  摘要：

  DOI：

  10.1016/bs.mie.2015.06.013

文献信息

• Synthesis of (6-¹³C)Pyrimidine Nucleotides as Spin-Labels for RNA Dynamics
  作者：Christoph H. Wunderlich、Romana Spitzer、Tobias Santner、Katja Fauster、Martin Tollinger、Christoph Kreutz

  DOI：10.1021/ja302148g

  日期：2012.5.2

  blocks, site-specific labels can be incorporated into a target RNA via chemical oligonucleotide solid-phase synthesis. This labeling scheme is particularly useful for studying milli- to microsecond dynamics via NMR spectroscopy, as an isolated spin system is a crucial prerequisite to apply Carr-Purcell-Meiboom-Gill (CPMG) relaxation dispersion type experiments. We demonstrate the applicability for the

  我们提出了基于 (13) C 的 RNA 同位素标记协议。使用 (6-(13)C) 嘧啶亚磷酰胺构件，可以通过化学寡核苷酸固相合成将位点特异性标记并入目标 RNA。这种标记方案对于通过 NMR 光谱研究毫秒到微秒动力学特别有用，因为孤立的自旋系统是应用 Carr-Purcell-Meiboom-Gill (CPMG) 弛豫色散类型实验的关键先决条件。我们通过将 (6-(13)C) 尿苷和 -胞苷标记纳入生物相关的 RNA，证明了在不同时间尺度上表征和检测功能动力学的适用性。研究了参与由 preQ(1) 核糖开关类 I 控制的基因调控过程的双稳态终止子抗终止子片段的重折叠动力学。