1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[(2S)-oxiran-2-yl]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione | 177491-15-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 2 '，5'-二脱氧核苷
• 英文名称: 1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[(2S)-oxiran-2-yl]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 177491-15-5
• 化学式: C₁₇H₂₈N₂O₅Si
• 分子量: 368.505
• InChiKey: CEPCORKAEKEVRM-FQUUOJAGSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  1.92
• 重原子数：
  25.0
• 可旋转键数：
  4.0
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.76
• 拓扑面积：
  85.85
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  6.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[(2S)-oxiran-2-yl]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione 在 sodium azide 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 3.0h， 以80%的产率得到5'-(S)-C-(azidomethyl)-3'-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  DNA拉链结构中5'-（S）-位置和小沟相互作用的具有芳香部分的双功能核苷的合成和分子建模

  摘要：

  一系列六个双功能化核苷，其中在5'-（S）-C中插入了芳香族部分位置，已合成并整合到DNA双链体中。芳香族部分为胸腺嘧啶-1-基，苯基，1,2,3-三唑-1-基，1,2,3-三唑-4-基，4-（尿嘧啶-5-基）1,2， 3-三唑-1-基和4-苯基1,2,3-三唑-1-基。用紫外线熔解曲线，CD光谱和分子建模研究了DNA双链体。结果表明，在某些情况下，芳族部分在形成DNA拉链结构的小沟中相互作用。发现两个胸腺嘧啶之间或胸腺嘧啶与苯基之间的最强特异性相互作用是在交叉的（-3）-拉链基序中（即，两个碱基对在修饰之间进行间隔）。建模显示，相互作用是整个小沟槽之间的芳香堆积。同样，扩展的尿嘧啶-三唑部分在小沟中表现出拉链接触，并与沟底结合。

  DOI：

  10.1002/chem.201001253
• 作为产物：
  描述：

  5′-deoxy-5′-C-methenyl-3′-O-(tert-butyldimethylsilyl)thymidine 在 间氯过氧苯甲酸 作用下， 生成 1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[(2S)-oxiran-2-yl]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione 、 1-[(2R,4S,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-[(2R)-oxiran-2-yl]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  5'- C-支链胸苷：合成，立体化学，并纳入寡脱氧核苷酸

  摘要：

  胸苷转化为其5'（小号） -环氧衍生物，其与亲核试剂反应，得到5'（小号） - Ç氨基甲基，5'（小号） - Ç -azidomethyl-，5'（小号） - Ç -氰基甲基，和5'（小号） - c ^甲氧基甲基-胸苷与定义的立体化学。由醛衍生物制备5'- C-烯丙基-和5'- C-硝基甲基胸苷。在NOE实验的帮助下确定了5'- C-支化胸苷的立体化学。将四个5'- C-支化的胸苷掺入寡脱氧核苷酸中。

  DOI：

  10.1016/0040-4039(96)00418-2

文献信息

• Double-headed nucleotides in DNA-zipper structures; base–base interactions and UV-induced cross-coupling in the minor groove
  作者：Charlotte S. Madsen、Lise J. Nielsen、Nikolai S. Pedersen、Anne Lauritsen、Poul Nielsen

  DOI：10.1039/c3ra40857d

  日期：——

  Nucleic acids containing double-headed nucleotides with additional nucleobases attached to the 5′(S)-position of thymidine through a methylene linker are studied. The additional bases are oriented towards base-base interactions in the minor groove of the DNA-double helix. Two new examples with adenine or cytosine as the additional bases as well as an analogue with a 4N-methylpiperazine in the same position are introduced, and in a combined study with the original double-headed nucleotide containing two thymines, interactions between the additional nucleobases across the minor groove are detected. Finally, a duplex with two thymines in the minor groove is cross-linked using UV irradiation.

  本研究对含有双头核苷酸的核酸进行了研究，这些双头核苷酸通过亚甲基连接体在胸苷的 5â²（S）位上连接了额外的核碱基。附加碱基的方向与 DNA 双螺旋小沟中的碱基相互作用有关。介绍了两个以腺嘌呤或胞嘧啶作为附加碱基的新例子，以及一个在相同位置上含有 4N 甲基哌嗪的类似物，在与含有两个胸腺嘧啶的原始双头核苷酸的组合研究中，检测到了附加核碱基在小沟中的相互作用。最后，在紫外线照射下，在小凹槽中含有两个甲状腺素的双链体发生了交联。
• Synthesis of 5′-<i>C</i>-Branched Thymidines and Conversion to Phosphoramidites
  作者：Guangyi Wang、Patrick J. Middleton

  DOI：10.1080/07328319808004219

  日期：1998.6

  Thymidine was converted to its 5'-epoxy derivative, which was reacted with nucleophiles to give 5'-C-aminomethyl-, 5'-C-bromomethyl-, 5'-C-cyanomethyl, and 5'-C-methoxymethylthymidine derivatives with defined stereochemistry. 5'-C-ally-, 5'-C-hydroxymethyl-, 5'-C-hydroxypropyl-, and 5'-C-(imidazole-4-acetamido)metbylthymidine derivatives were also prepared. The 5'-C-branched thymidines were converted to the corresponding phosphoramidites.