1-(3',6'-Dihydroxy-3-oxospiro[2-benzofuran-1,9'-xanthene]-5-yl)-3-(2-tritylsulfanylethyl)thiourea | 1228294-30-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 1-(3',6'-Dihydroxy-3-oxospiro[2-benzofuran-1,9'-xanthene]-5-yl)-3-(2-tritylsulfanylethyl)thiourea
• CAS: 1228294-30-1
• 化学式: C₄₂H₃₂N₂O₅S₂
• 分子量: 708.858
• InChiKey: VBSBGEGPEJCGLL-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  8.3
• 重原子数：
  51
• 可旋转键数：
  8
• 环数：
  8.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.1
• 拓扑面积：
  157
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-(3',6'-Dihydroxy-3-oxospiro[2-benzofuran-1,9'-xanthene]-5-yl)-3-(2-tritylsulfanylethyl)thiourea 在 三异丙基硅烷 、 ammonium acetate 、 三氟乙酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 C12-SS-Flu
  参考文献：
  名称：

  Cell permeable ITAM constructs for the modulation of mediator release in mast cells

  摘要：

  脾酪氨酸激酶（Syk）对高亲和力IgE受体（FcεRI）介导的肥大细胞脱颗粒至关重要。一旦FcεRI被刺激，受体的细胞内ITAM基序会发生双磷酸化（dpITAM），Syk通过其SH2二聚体与dpITAM结合被招募到受体上，导致Syk的激活，并最终导致脱颗粒。为了研究ITAM模仿物的细胞内效应，合成了与不同细胞穿透肽结合的ITAM模仿物构建体，即Tat、TP10、八铵和K（Myr）KKK，或一个亲脂性的C12链。在大多数构建体中，载荷与载体通过二硫化物桥连接，这便于将不同的载荷与不同的载体结合，并且具有优点，即载荷和载体可以在细胞内通过还原二硫化物分开。这些ITAM构建体对RBL-2H3细胞的标记能力通过流式细胞术进行评估。荧光显微镜显示，八铵-SS-Flu-ITAM构建体存在于细胞的多个部分，尽管分布并不均匀。此外，还合成了没有荧光标签的细胞穿透构建体，以检查RBL-2H3细胞的脱颗粒。八铵-SS-ITAM刺激介质释放增加了140%，表明ITAM模仿物可能具有激活非受体结合的Syk的能力。

  DOI：

  10.1039/c0ob00441c
• 作为产物：
  描述：

  三苯基氯甲烷 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 4.0h， 生成 1-(3',6'-Dihydroxy-3-oxospiro[2-benzofuran-1,9'-xanthene]-5-yl)-3-(2-tritylsulfanylethyl)thiourea
  参考文献：
  名称：

  Cell permeable ITAM constructs for the modulation of mediator release in mast cells

  摘要：

  脾酪氨酸激酶（Syk）对高亲和力IgE受体（FcεRI）介导的肥大细胞脱颗粒至关重要。一旦FcεRI被刺激，受体的细胞内ITAM基序会发生双磷酸化（dpITAM），Syk通过其SH2二聚体与dpITAM结合被招募到受体上，导致Syk的激活，并最终导致脱颗粒。为了研究ITAM模仿物的细胞内效应，合成了与不同细胞穿透肽结合的ITAM模仿物构建体，即Tat、TP10、八铵和K（Myr）KKK，或一个亲脂性的C12链。在大多数构建体中，载荷与载体通过二硫化物桥连接，这便于将不同的载荷与不同的载体结合，并且具有优点，即载荷和载体可以在细胞内通过还原二硫化物分开。这些ITAM构建体对RBL-2H3细胞的标记能力通过流式细胞术进行评估。荧光显微镜显示，八铵-SS-Flu-ITAM构建体存在于细胞的多个部分，尽管分布并不均匀。此外，还合成了没有荧光标签的细胞穿透构建体，以检查RBL-2H3细胞的脱颗粒。八铵-SS-ITAM刺激介质释放增加了140%，表明ITAM模仿物可能具有激活非受体结合的Syk的能力。

  DOI：

  10.1039/c0ob00441c

文献信息

• Molecular Determinants of Microbial Resistance to Thiopeptide Antibiotics
  作者：Sascha Baumann、Sebastian Schoof、Marcel Bolten、Claudia Haering、Motoki Takagi、Kazuo Shin-ya、Hans-Dieter Arndt

  DOI：10.1021/ja909317n

  日期：2010.5.26

  Ribosomally produced thiopeptide antibiotics are highly promising lead compounds targeting the GTPase-associated region (GAR) of the bacterial ribosome. A representative panel of GAR mutants suspected to confer resistance against thiopeptide antibiotics was reconstituted in vitro and quantitatively studied with fluorescent probes. It was found that single-site mutations of the ribosomal 23S rRNA binding

  核糖体产生的硫肽抗生素是非常有前途的先导化合物，靶向细菌核糖体的 GTP 酶相关区域 (GAR)。一组被怀疑赋予硫肽抗生素抗性的代表性 GAR 突变体在体外重组，并用荧光探针进行定量研究。发现核糖体 23S rRNA 结合位点区域的单点突变直接影响硫肽亲和力。定量平衡结合数据清楚地表明 A1067 是对结合环境贡献最大的碱基。核糖体蛋白 L11 上的 P25 残基对于单环硫肽微球菌素和 promothiocin B 的结合是必不可少的，这证实了生产者生物体中该残基的突变赋予了自我抗性。对于双环硫肽类硫链丝菌肽和那西肽，所有研究的 L11 蛋白单位点抗性突变仍然完全能够在较高 pM 范围内结合配体，无论是在 RNA-蛋白质复合物还是在分离的 70S 核糖体中。这些单点突变体随后在枯草芽孢杆菌中特异性重组，证实了它们具有赋予抗性的功效。因此有理由认为，与 GAR 中 23S rRNA 的修饰相反，L11
• PROBES AND ASSAYS FOR MEASURING E3 LIGASE ACTIVITY
  申请人：NORTHWESTERN UNIVERSITY

  公开号：US20160076074A1

  公开（公告）日：2016-03-17

  Provided herein is technology relating to the biological process of protein ubiquitination and particularly, but not exclusively, to compositions and methods for studying protein ubiquitination and developing therapeutics to modulate protein ubiquitination.

  本文提供了与蛋白泛素化生物过程相关的技术，特别是但不仅限于用于研究蛋白质泛素化和开发调节蛋白质泛素化的治疗药物的组合物和方法。
• Probes and assays for measuring E3 ligase activity
  申请人：NORTHWESTERN UNIVERSITY

  公开号：US10590462B2

  公开（公告）日：2020-03-17

  Provided herein is technology relating to the biological process of protein ubiquitination and particularly, but not exclusively, to compositions and methods for studying protein ubiquitination and developing therapeutics to modulate protein ubiquitination.

  本文提供的技术涉及蛋白质泛素化的生物学过程，特别是（但不限于）用于研究蛋白质泛素化和开发调节蛋白质泛素化的疗法的组合物和方法。
• UbMES and UbFluor: Novel probes for ring-between-ring (RBR) E3 ubiquitin ligase PARKIN
  作者：Sungjin Park、Peter K. Foote、David T. Krist、Sarah E. Rice、Alexander V. Statsyuk

  DOI：10.1074/jbc.m116.773200

  日期：2017.10

  Ring-between-ring (RBR) E3 ligases have been implicated in autoimmune disorders and neurodegenerative diseases. The functions of many RBR E3s are poorly defined, and their regulation is complex, involving post-translational modifications and allosteric regulation with other protein partners. The functional complexity of RBRs, coupled with the complexity of the native ubiquitination reaction that requires ATP and E1 and E2 enzymes, makes it difficult to study these ligases for basic research and therapeutic purposes. To address this challenge, we developed novel chemical probes, ubiquitin C-terminal fluorescein thioesters UbMES and UbFluor, to qualitatively and quantitatively assess the activity of the RBR E3 ligase PARKIN in a simple experimental setup and in real time using fluorescence polarization. First, we confirmed that PARKIN does not require an E2 enzyme for substrate ubiquitination, lysine selection, and polyubiquitin chain formation. Second, we confirmed that UbFluor quantitatively detects naturally occurring activation states of PARKIN caused by Ser65 phosphorylation (pPARKIN) and phosphorylated ubiquitin (pUb). Third, we showed that both pUb and the ubiquitin-accepting substrate contribute to maximal pPARKIN ubiquitin conjugation turnover. pUb enhances the transthiolation step, whereas the substrate clears the pPARKIN similar to Ub thioester intermediate. Finally, we established that UbFluor can quantify activation or inhibition of PARKIN by structural mutations. These results demonstrate the feasibility of using UbFluor for quantitative studies of the biochemistry of RBR E3s and for high-throughput screening of small-molecule activators or inhibitors of PARKIN and other RBR E3 ligases.
• US9951371B2
  申请人：——

  公开号：US9951371B2

  公开（公告）日：2018-04-24