5'-amino-N6-benzoyl-5'-deoxy-2'-O-(triisopropylsilyloxymethyl)adenosine | 1287721-54-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 5'-脱氧核糖核苷
• 英文名称: 5'-amino-N6-benzoyl-5'-deoxy-2'-O-(triisopropylsilyloxymethyl)adenosine
• CAS: 1287721-54-3
• 化学式: C₂₇H₄₀N₆O₅Si
• 分子量: 556.737
• InChiKey: XJODEPVHPPEUDC-TXJANDSUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.83
• 重原子数：
  39.0
• 可旋转键数：
  11.0
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.56
• 拓扑面积：
  146.64
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  10.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-amino-N6-benzoyl-5'-deoxy-2'-O-(triisopropylsilyloxymethyl)adenosine 、 2-((2S,3R,4R,5R)-4-acetoxy-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-2-(((4-methoxyphenyl)diphenylmethoxy)methyl)tetrahydrofuran-3-yl)acetic acid 在 1-羟基苯并三唑 、 O-(1H-benzotriazol-1-yl)-N,N,N',N'-tetramethyluronium hexafluorophosphate 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 12.0h， 以54%的产率得到
  参考文献：
  名称：

  酰胺作为 RNA 中磷酸盐键的极好模拟物

  摘要：

  不太可能的替代品：尽管它们的化学结构和局部构象不同，酰胺键（图中突出显示）是 RNA 中磷酸二酯键的极好模拟。它们对 RNA 的整体 A 型结构、热稳定性和水合作用几乎没有影响，因此可能是优化 siRNA 的有希望的修饰。

  DOI：

  10.1002/anie.201007012
• 作为产物：
  描述：

  (异丙氧基硅)氯甲烷 在 palladium 10% on activated carbon 、 二丁基二氯化锡 、 氢气 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 15.5h， 生成 5'-amino-N6-benzoyl-5'-deoxy-2'-O-(triisopropylsilyloxymethyl)adenosine
  参考文献：
  名称：

  酰胺作为 RNA 中磷酸盐键的极好模拟物

  摘要：

  不太可能的替代品：尽管它们的化学结构和局部构象不同，酰胺键（图中突出显示）是 RNA 中磷酸二酯键的极好模拟。它们对 RNA 的整体 A 型结构、热稳定性和水合作用几乎没有影响，因此可能是优化 siRNA 的有希望的修饰。

  DOI：

  10.1002/anie.201007012

文献信息

• Amides are excellent mimics of phosphate internucleoside linkages and are well tolerated in short interfering RNAs
  作者：Daniel Mutisya、Chelliah Selvam、Benjamin D. Lunstad、Pradeep S. Pallan、Amanda Haas、Devin Leake、Martin Egli、Eriks Rozners

  DOI：10.1093/nar/gku235

  日期：2014.6.2

  study demonstrates that 3'-CH2-CO-NH-5' amides are excellent replacements for phosphodiester internucleoside linkages in RNA. The crystal structure shows that amide-modified RNA forms a typical A-form duplex. The amide carbonyl group points into the major groove and assumes an orientation that is similar to the P-OP2 bond in the phosphate linkage. Amide linkages are well hydrated by tandem waters linking

  RNA 干扰 (RNAi) 已成为功能基因组学的重要工具，并具有令人着迷的治疗潜力。然而，目前的短干扰 RNA (siRNA) 设计对于体内应用来说并不是最佳的。非离子磷酸盐主链修饰可能具有改善 siRNA 特性的潜力，但在 RNAi 技术中很少得到探索。使用 X 射线晶体学和 RNAi 活性测定，本研究表明 3'-CH2-CO-NH-5' 酰胺是 RNA 中磷酸二酯核苷间键的极好替代品。晶体结构显示酰胺修饰的RNA形成典型的A型双链体。酰胺羰基指向主沟并呈现类似于磷酸键中的 P-OP2 键的方向。酰胺键通过连接羰基和相邻磷酸氧的串联水充分水合。酰胺在 siRNA 的引导链和过客链的内部位置均具有耐受性，当放置在过客链 5' 端附近时，可能会增加沉默活性。因此，含有八个酰胺键的 siRNA 比未修饰的对照活性更高。结果表明，RNAi 可以耐受更广泛的酰胺修饰，这可能有助于优化体内应用的 siRNA。
• Synthesis and Properties of RNA Modified with Cationic Amine Internucleoside Linkage
  作者：Chandan Pal、Michael Richter、Eriks Rozners

  DOI：10.1021/acschembio.3c00784

  日期：2024.2.16

  modifications of RNA are important tools for the development of RNA therapeutics. The present study reports a novel RNA backbone modification that replaces the negatively charged phosphate with a positively charged amine linkage. Despite being thermally destabilizing in RNA duplexes, the amine linkage caused a relatively modest decrease of activity of a modified short interfering RNA (siRNA). At position

  RNA 的化学修饰是 RNA 疗法开发的重要工具。本研究报告了一种新型 RNA 主链修饰，用带正电的胺键取代带负电的磷酸盐。尽管RNA双链体受热不稳定，但胺键导致修饰的短干扰RNA (siRNA)的活性相对适度降低。在引导链的位置 2，胺修饰极大地增强了 siRNA 的特异性，同时导致靶向活性下降约 5 倍。这些结果支持胺作为阳离子 RNA 修饰和调节蛋白质-RNA 相互作用的新工具的未来发展。