(R)-methodol | 301205-63-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 萘
• 英文名称: (R)-methodol
• 英文别名: (R)-4-hydroxy-4-(6-methoxynaphthalen-2-yl)butan-2-one；(4R)-4-hydroxy-4-(6-methoxynaphthalen-2-yl)butan-2-one
• CAS: 301205-63-0
• 化学式: C₁₅H₁₆O₃
• 分子量: 244.29
• InChiKey: HLOFWGGVFLUZMZ-OAHLLOKOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.1
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  4
• 环数：
  2.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.27
• 拓扑面积：
  46.5
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  3

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (R)-methodol 在 (retro-)aldolase RA_95.5-8 作用下， 以 aq. buffer 为溶剂， 反应 3.0h， 生成 d₅-(R)-methodol
  参考文献：
  名称：

  沿着计算设计的（逆向）醛缩酶的进化轨迹优化酶机制

  摘要：

  从头生物催化剂已通过计算设计和随后的实验优化成功生成。在这里，我们研究了计算设计的（逆）醛缩酶 RA95 的进化历史。起始酶的适度活性先前在多轮诱变和筛选中提高了 105 倍，以提供用于对映选择性裂解和 β-羟基酮合成的有效生物催化剂。使用一组具有代表性的 RA95 变体，我们探索了多步反应途径中的各个步骤，以确定哪些过程限制了稳态周转，以及沿进化轨迹积累的突变如何影响动力学机制。我们发现醛醇裂解的总体限速步骤从计算设计的 CC 键断裂（或途径中的早期步骤）转变为进化酶的产物释放。具体来说，在丙酮和催化赖氨酸残基之间共价形成的希夫碱和烯胺中间体的相互转化被发现是最活跃的变体的最慢步骤。在实验室进化后期安装的四个活性位点残基的复杂氢键网络显然增强了赖氨酸反应性并促进了有效的质子改组。这种催化四分体解释了在机制的所有步骤中观察到的巨大速率加速，最显着的是席夫碱形成和水解。

  DOI：

  10.1021/jacs.7b05796
• 作为产物：
  描述：

  d₅-(R)-methodol 在 (retro-)aldolase RA_95.5-8 作用下， 以 aq. buffer 为溶剂， 生成 (R)-methodol
  参考文献：
  名称：

  沿着计算设计的（逆向）醛缩酶的进化轨迹优化酶机制

  摘要：

  从头生物催化剂已通过计算设计和随后的实验优化成功生成。在这里，我们研究了计算设计的（逆）醛缩酶 RA95 的进化历史。起始酶的适度活性先前在多轮诱变和筛选中提高了 105 倍，以提供用于对映选择性裂解和 β-羟基酮合成的有效生物催化剂。使用一组具有代表性的 RA95 变体，我们探索了多步反应途径中的各个步骤，以确定哪些过程限制了稳态周转，以及沿进化轨迹积累的突变如何影响动力学机制。我们发现醛醇裂解的总体限速步骤从计算设计的 CC 键断裂（或途径中的早期步骤）转变为进化酶的产物释放。具体来说，在丙酮和催化赖氨酸残基之间共价形成的希夫碱和烯胺中间体的相互转化被发现是最活跃的变体的最慢步骤。在实验室进化后期安装的四个活性位点残基的复杂氢键网络显然增强了赖氨酸反应性并促进了有效的质子改组。这种催化四分体解释了在机制的所有步骤中观察到的巨大速率加速，最显着的是席夫碱形成和水解。

  DOI：

  10.1021/jacs.7b05796

文献信息

• Aldolase activity of serum albumins
  作者：Fabio Benedetti、Federico Berti、Silvia Bidoggia

  DOI：10.1039/c0ob01219j

  日期：——

  Bovine and human serum albumins catalyze the aldol reaction of aromatic aldehyedes and acetone, with saturation kinetics and moderate and opposite enantioselectivity. The reaction occurs at the binding site in domain IIa, and is inhibited by warfarin. Kinetic data are consistent with an enamine mechanism. The activity is conserved in a 103 aminoacid peptide derived from the albumin sequence.

  牛和人类血清白蛋白能催化芳香醛和丙酮的醛醇反应，反应动力学达到饱和，对映体选择性适中且相反。该反应发生在结构域 IIa 的结合位点，并受华法林的抑制。动力学数据与烯胺类机制一致。该活性在源自白蛋白序列的 103 个氨基酸肽中保持不变。
• Emergence of a catalytic tetrad during evolution of a highly active artificial aldolase
  作者：Richard Obexer、Alexei Godina、Xavier Garrabou、Peer R. E. Mittl、David Baker、Andrew D. Griffiths、Donald Hilvert

  DOI：10.1038/nchem.2596

  日期：2017.1

  artificial aldolase by an additional factor of 30 to give a >109 rate enhancement that rivals the efficiency of class I aldolases. The resulting enzyme catalyses a reversible aldol reaction with high stereoselectivity and tolerates a broad range of substrates. Biochemical and structural studies show that catalysis depends on a Lys-Tyr-Asn-Tyr tetrad that emerged adjacent to a computationally designed hydrophobic

  设计达到天然酶的速率和选择性的催化剂是蛋白质化学领域的长期目标。在这里，我们显示了基于超高通量液滴的微流体筛选平台可用于将先前优化的人工醛缩酶提高30倍，从而得到> 10 9速率提高，可与I类醛缩酶的效率相媲美。所得的酶以高的立体选择性催化可逆的羟醛反应，并耐受多种底物。生化和结构研究表明，催化作用取决于Lys-Tyr-Asn-Tyr四联体，该四联体在定向进化过程中与计算设计的疏水性囊袋相邻出现。这种残留物构图可以通过席夫碱形成激活底物，促进具有机械重要性的质子转移，并沿着复杂的反应坐标稳定多个过渡态。如此复杂的催化中心的出现表明，天然存在的酶的催化活性或机制，或产生这些酶的进化过程，没有什么神奇的。