5-(N-trifluoroacetamidomethyl)-2'-deoxy-3'-O-succinyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine | 1370546-07-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5-(N-trifluoroacetamidomethyl)-2'-deoxy-3'-O-succinyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine
• CAS: 1370546-07-8
• 化学式: C₃₇H₃₆F₃N₃O₁₁
• 分子量: 755.702
• InChiKey: RPPCEZLTAIPFIS-FRXPANAUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.81
• 重原子数：
  54.0
• 可旋转键数：
  15.0
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.32
• 拓扑面积：
  184.48
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  11.0

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  4,4'-双甲氧基三苯甲基氯 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 5%-palladium/activated carbon 、 氢气 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 79.0h， 生成 5-(N-trifluoroacetamidomethyl)-2'-deoxy-3'-O-succinyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine
  参考文献：
  名称：

  Double-stranded oligonucleotides containing 5-aminomethyl-2′-deoxyuridine form thermostable anti-parallel triplexes with single-stranded DNA or RNA

  摘要：

  This Letter describes the synthesis and properties of double-stranded antisense oligonucleotides connected with a pentaerythritol linker. We found that double-stranded antisense oligonucleotides with aminomethyl residues have high affinity for single-stranded DNA or RNA in buffer solutions with and without MgCl2. Thus, these oligonucleotides would be useful as antisense oligonucleotides for targeting single-stranded RNA through triplex formation. (C) 2012 Elsevier Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2012.03.024