5'-O-{4,4'-dimethoxy-4''-[2-(N-succinimidyloxycarbonyl)ethyl]trityl}thymidine | 845273-58-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-{4,4'-dimethoxy-4''-[2-(N-succinimidyloxycarbonyl)ethyl]trityl}thymidine
• 英文别名: 5'-O-{4,4'-dimethoxy-4"-[2-(N-succinimidyloxycarbonyl)ethyl]trityl}thymidine；(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 3-[4-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-bis(4-methoxyphenyl)methyl]phenyl]propanoate
• CAS: 845273-58-7
• 化学式: C₃₈H₃₉N₃O₁₁
• 分子量: 713.741
• InChiKey: VEVVAMIWFXPSLD-BEJSXWRTSA-N

物化性质

• 密度：
  1.42±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.6
• 重原子数：
  52
• 可旋转键数：
  14
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.34
• 拓扑面积：
  170
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  11

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-{4,4'-dimethoxy-4''-[2-(N-succinimidyloxycarbonyl)ethyl]trityl}thymidine 、 双(二异丙基氨基)(2-氰基乙氧基)膦 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 5'-O-{4,4'-dimethoxy-4''-[2-(N-succinimidyloxycarbonyl)ethyl]trityl}-3'-O-(diisopropylamino-2-cyanoethoxyphophinyl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  Derivatised molecules for mass spectrometry

  摘要：

  式（IIa）的化合物如下所示： 其中： X是一个能够从α-碳原子上被切断以形成式（I'）离子的基团； C是带有单一正电荷或单一负电荷的碳原子； 本发明还提供了式（IIb）的化合物： 其中： X是C的对离子。 式（IIa）和（IIb）的化合物可以通过在式（IIa）的化合物中切断X和α-碳原子之间的C-X键，或在式（IIb）的化合物中解离X，形成式（I'）离子。

  公开号：

  EP1506959A2
• 作为产物：
  描述：

  3-{4-[chlorobis(4-methoxyphenyl)methyl]phenyl}propionic acid, N-oxysuccinimide ester 、 beta-胸苷 在 吡啶 作用下， 反应 4.0h， 以68%的产率得到5'-O-{4,4'-dimethoxy-4''-[2-(N-succinimidyloxycarbonyl)ethyl]trityl}thymidine
  参考文献：
  名称：

  Novel Mass Tags for Single Nucleotide Polymorphism Detection

  摘要：

  基于寡核苷酸探针延伸，一种适用于单核苷酸多态性检测和其他应用的新方法应运而生。该方法以质谱法为基础，利用单一表面对延伸探针进行亲和纯化，并对可裂解标签进行基质无关的解吸/电离。本研究采用了一种新的硫键激光可裂解三苯甲基标签系列，其飞行能力大大提高。同时还介绍了与自动寡核苷酸合成兼容的相应试剂。证明了这种方法在 SNP 基因分型中的实用性。

  DOI：

  10.1021/ac071291y

文献信息

• Derivatised molecules for mass spectrometry
  申请人：OXFORD GENE TECHNOLOGY IP LIMITED

  公开号：EP1506959A2

  公开（公告）日：2005-02-16

  Compounds of formula (IIa): are provided where: X is a group capable of being cleaved from the α-carbon atom to form an ion of formula (I') C is a carbon atom bearing a single positive charge or a single negative charge; The invention further provides compounds of formula (IIb): where: X is a counter-ion to C. The compounds of formula (IIa) and (IIb) may form ions of formula (I') by either cleaving the C-X bond between X and the α-carbon atoms in the case of the compounds of formula (IIa) or dissociating X in the case of compounds of formula (IIb).

  式（IIa）的化合物如下所示： 其中： X是一个能够从α-碳原子上被切断以形成式（I'）离子的基团； C是带有单一正电荷或单一负电荷的碳原子； 本发明还提供了式（IIb）的化合物： 其中： X是C的对离子。 式（IIa）和（IIb）的化合物可以通过在式（IIa）的化合物中切断X和α-碳原子之间的C-X键，或在式（IIb）的化合物中解离X，形成式（I'）离子。
• Novel Mass Tags for Single Nucleotide Polymorphism Detection
  作者：Klara R. Birikh、Vladimir A. Korshun、Pablo L Bernad、Andrei D. Malakhov、Natalie Milner、Safraz Khan、Edwin M. Southern、Mikhail S. Shchepinov

  DOI：10.1021/ac071291y

  日期：2008.4.1

  A new method suitable for single nucleotide polymorphism detection and other applications based on oligonucleotide probe extension has been developed. The method is based on mass spectrometry and utilizes a single surface for affinity purification of extended probes and matrix-independent desorption/ionization of the cleavable labels. A new family of sulfur-linked laser-cleavable trityl labels with vastly improved flying abilities is implemented in this study. Corresponding reagents compatible with automated oligonucleotide synthesis are presented. Utility of this method for SNP genotyping is demonstrated.

  基于寡核苷酸探针延伸，一种适用于单核苷酸多态性检测和其他应用的新方法应运而生。该方法以质谱法为基础，利用单一表面对延伸探针进行亲和纯化，并对可裂解标签进行基质无关的解吸/电离。本研究采用了一种新的硫键激光可裂解三苯甲基标签系列，其飞行能力大大提高。同时还介绍了与自动寡核苷酸合成兼容的相应试剂。证明了这种方法在 SNP 基因分型中的实用性。