adenosine 5'-diphosphate | 52322-03-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷酸
• 英文名称: adenosine 5'-diphosphate
• 英文别名: adenosine diphosphate；ADP；adenosine 5′-diphosphate；Adenosine-diphosphate；[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-oxidophosphoryl] phosphate
• CAS: 52322-03-9
• 化学式: C₁₀H₁₂N₅O₁₀P₂
• 分子量: 424.18
• InChiKey: XTWYTFMLZFPYCI-KQYNXXCUSA-K

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -4.9
• 重原子数：
  27
• 可旋转键数：
  5
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.5
• 拓扑面积：
  241
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  14

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  adenosine 5'-diphosphate 在 creatine phosphate 、 N,N-二羟乙基甘氨酸 作用下， 以 phosphate buffer 为溶剂， 生成 5’-三磷酸腺苷
  参考文献：
  名称：

  核苷二磷酸类似物对肌酸和丙酮酸激酶的立体特异性，底物和抑制特性。

  摘要：

  抗病毒α-P-硼烷取代的NTPs是针对HIV逆转录酶（RT）的有前途的链终止剂。可以通过丙酮酸激酶（PK）和肌酸激酶（CK）将抗病毒核苷二磷酸（NDP）激活为NTP。本文介绍了核碱基，核糖和α-磷酸取代对CK和PK底物特异性的影响。相对于底物结合，两种酶均显示出两种结合模式和负协同作用。还研究了α-P-硼烷取代的NDP（NDPalphaB）立体异构体的立体特异性和对ADP磷酸化的抑制作用。Sp-ADPalphaB异构体的CK底物比Rp异构体好70倍，而PK则更倾向于NDPalphaBs的Rp异构体。对于CK，Sp-ADPalphaB异构体是竞争性抑制剂。对于PK，Rp-ADPalphaB异构体是较差的竞争性抑制剂，而Sp-ADPalphaB异构体是较差的非竞争性抑制剂。总而言之，这些数据表明，尽管Rp-NDPalphaB异构体将被CK或PK最小程度地磷酸化，但它不应抑制任何一种酶。

  DOI：

  10.1016/j.bioorg.2008.03.001
• 作为产物：
  描述：

  adenosine-5'-monophosphate disodium salt 在 2-Chloro-1,3-dimethylimidazolidinium hexafluorophosphate 、 sodium phosphate 作用下， 以 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 adenosine 5'-diphosphate
  参考文献：
  名称：

  水介质中核苷酸的一锅法合成

  摘要：

  摘要 我们在水性介质中开发了一种一锅两步法来合成核苷 5'-二-和 5'-三磷酸、二核苷 5',5'-多磷酸以及一些在核苷或核苷上修饰的核苷酸类似物。磷酸盐部分。这种策略的吸引人的特点包括在起始材料上没有保护基团和方便的设置（即，使用水和可商购的钠盐或钾盐试剂）。图形概要

  DOI：

  10.1080/10426507.2018.1541239

文献信息

• A chemoenzymatic route to N-acetylglucosamine-1-phosphate analogues: substrate specificity investigations of N-acetylhexosamine 1-kinase
  作者：Li Cai、Wanyi Guan、Motomitsu Kitaoka、Jie Shen、Chengfeng Xia、Wenlan Chen、Peng George Wang

  DOI：10.1039/b904853g

  日期：——

  Reports an efficient chemoenzymatic production of an N-acetylhexosamine 1-phophate analogues library by N-acetylhexosamine 1-kinase (NahK) and describes the respective substrate specificity on this enzyme.

  报告了一种通过N-乙酰氨基己糖1-激酶（NahK）高效化学酶法生产N-乙酰氨基己糖1-磷酸类似物库的方法，并描述了该酶的相应底物特异性。
• The Nonribosomal Peptide Synthetase Enzyme DdaD Tethers <i>N</i>_β-Fumaramoyl-<scp>l</scp>-2,3-diaminopropionate for Fe(II)/α-Ketoglutarate-Dependent Epoxidation by DdaC during Dapdiamide Antibiotic Biosynthesis
  作者：Marie A. Hollenhorst、Stefanie B. Bumpus、Megan L. Matthews、J. Martin Bollinger、Neil L. Kelleher、Christopher T. Walsh

  DOI：10.1021/ja1072367

  日期：2010.11.10

  The gene cluster from Pantoea agglomerans responsible for biosynthesis of the dapdiamide antibiotics encodes an adenylation-thiolation didomain protein, DdaD, and an Fe(II)/α-ketoglutarate-dependent dioxygenase homologue, DdaC. Here we show that DdaD, a nonribosomal peptide synthetase module, activates and sequesters N(β)-fumaramoyl-l-2,3-diaminopropionate as a covalently tethered thioester for subsequent

  来自成团泛菌的基因簇负责 dapdiamide 抗生素的生物合成，编码腺苷酸化-硫醇化双结构域蛋白 DdaD 和 Fe(II)/α-酮戊二酸依赖性双加氧酶同源物 DdaC。在这里，我们展示了 DdaD，一种非核糖体肽合成酶模块，激活和隔离 N(β)-延胡索酰基-1-2,3-二氨基丙酸酯作为共价连接的硫酯，用于随后对延胡索酰基进行氧化修饰。DdaC 催化共价结合的 N(β)-富马甲酰基-1-2,3-二氨基丙酰基-S-DdaD 物质的 Fe(II)-和 α-酮戊二酸依赖性环氧化，生成 N(β)-环氧琥珀酰胺-DAP (DAP = 2,3-二氨基丙酸酯）与 DdaD 的硫酯连接。水解释放后，
• Ruthenium(ii) [3 + 2 + 1] mixed ligand complexes: substituent effect on photolability, photooxidation of bases, photocytotoxicity and photonuclease activity
  作者：Gopal Sathyaraj、Mathiyalagan Kiruthika、Thomas Weyhermüller、Balachandran Unni Nair

  DOI：10.1039/c2dt30260h

  日期：——

  Mixed ligand complexes of ruthenium(II), [Ru(itpy)(bpy)Cl]ClO41, [Ru(itpy)(phen)Cl]ClO42, [Ru(bitpy)(bpy)Cl]ClO43 and [Ru(bitpy)(phen)Cl]ClO44 have been synthesized and characterized. Complex 3 has also been characterized crystallographically. These complexes exhibit photolability of the Ru–Cl bond. Upon irradiation at 440 nm in the presence of nucleosides and nucleotides the complexes exchange chloride for the nucleoside or nucleotide. The photolability of the Ru–Cl bond depends on the nature of the substituent in the tridentate tpy ligand. Photolysis of the complexes in the presence of a nucleoside or nucleotide also produces 8-oxoguanine due to the oxidation of guanine by the excited states of the complexes. These four complexes exhibit photonuclease properties and bring about the cleavage of plasmid DNA when irradiated at 440 nm. These complexes have been found to be toxic towards NIH 3T3 cells under photolytic conditions.

  已经合成并表征了二价钌的混合配体络合物[Ru(itpy)(bpy)Cl]ClO4、[Ru(itpy)(phen)Cl]ClO4、[Ru(bitpy)(bpy)Cl]ClO4和[Ru(bitpy)(phen)Cl]ClO4。复合物3也进行了晶体学表征。这些复合物表现出Ru–Cl键的光解特性。在440 nm光照下，在核苷和核苷酸存在的情况下，复合物与核苷或核苷酸交换氯离子。Ru–Cl键的光解性依赖于三齿tpy配体中取代基的性质。在核苷或核苷酸的存在下，这些复合物的光分解还会产生8-氧鸟苷，这是由于复合物的激发态对鸟苷的氧化。这四个复合物表现出光核酸酶特性，在440 nm光照下能够切割质粒DNA。这些复合物在光解条件下对NIH 3T3细胞表现出毒性。
• Substrate specificity of N-acetylhexosamine kinase towards N-acetylgalactosamine derivatives
  作者：Li Cai、Wanyi Guan、Wenjun Wang、Wei Zhao、Motomitsu Kitaoka、Jie Shen、Crystal O’Neil、Peng George Wang

  DOI：10.1016/j.bmcl.2009.07.104

  日期：2009.9

  We report herein a bacterial N-acetylhexosamine kinase, NahK, with broad substrate specificity towards structurally modified GalNAc analogues, and the production of a GalNAc-1-phosphate library using this kinase.

  我们在这里报告细菌N-乙酰己糖胺激酶，NahK，对结构修饰的GalNAc类似物具有广泛的底物特异性，并使用该激酶生产GalNAc-1-磷酸文库。
• Establishment of an <i>In Vitro</i> <scp>d</scp> -Cycloserine-Synthesizing System by Using <i>O</i> -Ureido- <scp>l</scp> -Serine Synthase and <scp>d</scp> -Cycloserine Synthetase Found in the Biosynthetic Pathway
  作者：Narutoshi Uda、Yasuyuki Matoba、Takanori Kumagai、Kosuke Oda、Masafumi Noda、Masanori Sugiyama

  DOI：10.1128/aac.02291-12

  日期：2013.6

  We have recently cloned a DNA fragment containing a gene cluster that is responsible for the biosynthesis of an antituberculosis antibiotic, d -cycloserine. The gene cluster is composed of 10 open reading frames, designated dcsA to dcsJ . Judging from the sequence similarity between each putative gene product and known proteins, DcsC, which displays high homology to diaminopimelate epimerase, may catalyze the racemization of O -ureidoserine. DcsD is similar to O -acetylserine sulfhydrylase, which generates l -cysteine using O -acetyl- l -serine with sulfide, and therefore, DcsD may be a synthase to generate O -ureido- l -serine using O -acetyl- l -serine and hydroxyurea. DcsG, which exhibits similarity to a family of enzymes with an ATP-grasp fold, may be an ATP-dependent synthetase converting O -ureido- d -serine into d -cycloserine. In the present study, to characterize the enzymatic functions of DcsC, DcsD, and DcsG, each protein was overexpressed in Escherichia coli and purified to near homogeneity. The biochemical function of each of the reactions catalyzed by these three proteins was verified by thin-layer chromatography (TLC), high-performance liquid chromatography (HPLC), and, in some cases, mass spectrometry. The results from this study demonstrate that by using a mixture of the three purified enzymes and the two commercially available substrates O -acetyl- l -serine and hydroxyurea, synthesis of d -cycloserine was successfully attained. These in vitro studies yield the conclusion that DcsD and DcsG are necessary for the syntheses of O -ureido- l -serine and d -cycloserine, respectively. DcsD was also able to catalyze the synthesis of l -cysteine when sulfide was added instead of hydroxyurea. Furthermore, the present study shows that DcsG can also form other cyclic d -amino acid analogs, such as d -homocysteine thiolactone.

  摘要 我们最近克隆了一个 DNA 片段，其中含有一个负责抗结核抗生素生物合成的基因簇、 d -环丝氨酸。该基因簇由 10 个开放阅读框组成，分别为 dcsA 到 dcsJ .从每个推定基因产物与已知蛋白质之间的序列相似性来看，DcsC 与二氨基亚硒酸酯外延酶同源性很高，可能会催化 Omega 的外消旋化。 O -尿苷酸的外消旋化。DcsD 与 O -乙酰丝氨酸巯基酶相似，后者可生成 l -半胱氨酸。 O -乙酰- l 因此，DcsD 可能是生成 O-乙酰基-l-半胱氨酸的合成酶。 O -脲 l -丝氨酸的合成酶。 O -乙酰-l-丝氨酸 l -丝氨酸和羟基脲。DcsG 与具有 ATP-抓取折叠的酶家族相似，可能是一种 ATP 依赖性合成酶，能将 O-乙酰基-丝氨酸转化为丝氨酸。 O -脲 d -丝氨酸转化为 d -环丝氨酸。在本研究中，为了鉴定 DcsC、DcsD 和 DcsG 的酶功能，将每种蛋白在 大肠杆菌 并纯化至接近均一。通过薄层色谱法（TLC）、高效液相色谱法（HPLC）和质谱法（在某些情况下）验证了这三种蛋白质催化的每个反应的生化功能。这项研究的结果表明，通过使用三种纯化酶和两种市售底物的混合物 O -乙酰- l -丝氨酸和羟基脲，可合成 d -环丝氨酸的合成。这些 体外 这些体外研究得出的结论是，DcsD 和 DcsG 是合成 O-环丝氨酸的必要条件。 O -脲 l -丝氨酸和 d -环丝氨酸。DcsD 还能催化 l -丝氨酸和 d -环丝氨酸的合成。 l 当加入硫化物而不是羟基脲时，DcsD 也能催化合成 l -半胱氨酸。此外，本研究还表明，DcsG 还能形成其他环 d -氨基酸类似物，如 d -高半胱氨酸硫内酯。