PTC124-AMP | 1227154-38-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 嘌呤核苷酸
• 英文名称: PTC124-AMP
• 英文别名: 5'-O-[(R)-[({3-[5-(2-fluorophenyl)-1,2,4-oxadiazol-3-yl]phenyl}carbonyl)oxy](hydroxy)phosphoryl]adenosine；[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] 3-[5-(2-fluorophenyl)-1,2,4-oxadiazol-3-yl]benzoate
• CAS: 1227154-38-2
• 化学式: C₂₅H₂₁FN₇O₉P
• 分子量: 613.455
• InChiKey: XGTSAMZIYGBAIU-VEBYGKHWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  0.4
• 重原子数：
  43
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.2
• 拓扑面积：
  231
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  16

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  3-[5-(2-氟苯基)-1,2,4-恶二唑-3-基]苯甲酸 、 5’-三磷酸腺苷 在 Photinus pyralis luciferase 作用下， 生成 PTC124-AMP
  参考文献：
  名称：

  Molecular basis for the high-affinity binding and stabilization of firefly luciferase by PTC124

  摘要：

  萤火虫荧光酶（FLuc）是一种依赖ATP的生物发光报告酶，在化学生物学和药物发现实验中被广泛使用。PTC124（Ataluren；（3-[5-(2-氟苯基)-1,2,4-噁二唑-3-基]苯甲酸）是在基于FLuc的抑制无义密码子的荧光酶实验中发现的一种异常强效的FLuc抑制剂。矛盾的是，PTC124和相关类似物通过后转录稳定化增加了细胞内FLuc活性水平。在这项研究中，我们展示了FLuc的抑制和稳定是由FLuc催化的反应产生的一种抑制性产物，该反应发生在其天然底物ATP和PTC124之间。2.0 Å的共晶结构显示抑制剂是酰-AMP混合酸酐加合物PTC124-AMP，随后合成并表明它是FLuc的高亲和力多底物加合物抑制剂（MAI；KD = 120 pM）。生化测定、液相色谱/质谱和近攻击构象建模表明，这种新型MAI的形成绝对依赖于PTC124的关键meta-羧酸在FLuc活性位点内的精确定位和反应性。我们还证明了PTC124-AMP的抑制活性可以通过游离辅酶A来解除，后者是细胞基础实验中用于荧光酶检测试剂的高浓度成分。这解释了为什么PTC124在细胞基础报告基因实验中似乎会增加而不是抑制FLuc活性。据我们所知，这是一个罕见的例子，其中小分子的“非靶效应”是通过MAI机制介导的。

  DOI：

  10.1073/pnas.0909141107