为了更好地理解杂环阳离子识别DNA小沟的分子基础,制备了一系列“反脒”取代的杂环。靶向小沟的脒衍
生物具有连接到中心杂环系统的脒碳,而在相反方向,脒氮提供连接。反向系统具有更大的二面角以及相对于脒与凹槽的修改空间关系。由于大的二面角,相对于类似的脒,反向脒与 DNA 的结合应该减少。在使用 DB613 的足迹、圆二色性 (CD)、
生物传感器表面等离子体共振 (
SPR) 和等温滴定量热 (ITC) 实验中观察到这种减少,其具有中心苯基-
呋喃-苯基杂环系统。当
吡咯 (DB884) 代替
呋喃时,没有看到减少。许多衍
生物的分析将
吡咯和反向脒基上的末端苯基取代基定义为 DB884 强结合的关键成分。ITC 和
SPR 的比较表明,DB884 更好的结合是由于更有利的结合焓,并且它与 DNA 的解离速度异常缓慢。结合
AATT 位点的 DB884 的晶体学分析表明,如 CD 溶液研究所示,该化合物以 1:1