Calculated and Experimental Low-Energy Conformations of Cyclic Urea HIV Protease Inhibitors
作者:C. Nicholas Hodge、Patrick Y. S. Lam、Charles J. Eyermann、Prabhakar K. Jadhav、Y. Ru、Christina H. Fernandez、George V. De Lucca、Chong-Hwan Chang、Robert F. Kaltenbach、Edward R. Holler、Francis Woerner、Wayne F. Daneker、George Emmett、Joseph C. Calabrese、Paul E. Aldrich
DOI:10.1021/ja972357h
日期:1998.5.1
limited number of studies of complex organics that compare calculated and experimentally observed conformations. To assess our ability to predict a priori favored conformations of cyclic HIV protease (HIV-1 PR) inhibitors, conformational minima for nine 4,7-bis(phen...
影响柔性配体对受体亲和力的一个重要因素是获得结合构象所需的内部应变能。对于大多数生物学感兴趣的系统,计算完全平衡的结合和游离配体和受体构象的集合在计算上是不可能的;因此,将新结构作为给定受体的潜在高亲和力配体的定性评估可以受益于考虑配体的结合和未结合(通常是水性)低能几何形状以及它们的内能差异。尽管可以使用许多计算生成和评估小分子构象偏好的技术,比较计算和实验观察到的构象的复杂有机物研究数量有限。为了评估我们预测循环 HIV 蛋白酶 (HIV-1 PR) 抑制剂的先验偏好构象的能力,九个 4,7-bis(phen...