5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-3'-O-dephosphinicothymidylyl(6,9-dioxa-3,12-diazatetradecane-1,14-diyl)-(3'-5')-3'-O-[(tert-butyl)dimethylsilyl]thymidine | 929075-74-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-3'-O-dephosphinicothymidylyl(6,9-dioxa-3,12-diazatetradecane-1,14-diyl)-(3'-5')-3'-O-[(tert-butyl)dimethylsilyl]thymidine
• 英文别名: 1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[2-[2-[2-[2-[2-[[(2R,3S,5R)-3-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]ethylamino]ethoxy]ethoxy]ethylamino]ethoxy]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 929075-74-1
• 化学式: C₅₇H₈₀N₆O₁₄Si
• 分子量: 1101.38
• InChiKey: VMYHKGJHAGNEOE-DBRHVCOJSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.31
• 重原子数：
  78
• 可旋转键数：
  31
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.54
• 拓扑面积：
  215
• 氢给体数：
  4
• 氢受体数：
  16

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-3'-O-dephosphinicothymidylyl(6,9-dioxa-3,12-diazatetradecane-1,14-diyl)-(3'-5')-3'-O-[(tert-butyl)dimethylsilyl]thymidine 在 甲酸 作用下， 反应 0.25h， 以88%的产率得到1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-[2-[2-[2-[2-[2-[(2R,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxyethylamino]ethoxy]ethoxy]ethylamino]ethoxymethyl]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  带有长链接头的寡脱氧核苷酸的合成和杂交特性

  摘要：

  在其主链的长链连接基（6,9-二氧杂-3,12- diazatetradecane -1,14-二基）新合成寡核苷酸，并可以通过测量进行了研究其杂交性质Ť米曲线和荧光光谱。所述Ť米分析表明，这些寡核苷酸可以结合它们的互补链，尽管长链连接基的存在。我们还证明了在长链接头中两个N原子之一上具有蒽9-基甲基的寡聚脱氧核苷酸的有趣荧光性质。这些寡核苷酸与互补链杂交后，其荧光强度增加，并且对特定位置错配碱基对的存在敏感。

  DOI：

  10.1002/hlca.200790203
• 作为产物：
  描述：

  5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-3'-(2-oxoethyl)thymidine 、 5'-O-[2-{{2-[2-(2-aminoethoxy)ethoxy]ethyl}amino}ethyl]-3'-O-[(tert-butyl)dimethylsilyl]thymidine 在 三乙酰氧基硼氢化钠 作用下， 以 氯仿 为溶剂， 反应 0.25h， 以54%的产率得到5'-O-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethyl]-3'-O-dephosphinicothymidylyl(6,9-dioxa-3,12-diazatetradecane-1,14-diyl)-(3'-5')-3'-O-[(tert-butyl)dimethylsilyl]thymidine
  参考文献：
  名称：

  带有长链接头的寡脱氧核苷酸的合成和杂交特性

  摘要：

  在其主链的长链连接基（6,9-二氧杂-3,12- diazatetradecane -1,14-二基）新合成寡核苷酸，并可以通过测量进行了研究其杂交性质Ť米曲线和荧光光谱。所述Ť米分析表明，这些寡核苷酸可以结合它们的互补链，尽管长链连接基的存在。我们还证明了在长链接头中两个N原子之一上具有蒽9-基甲基的寡聚脱氧核苷酸的有趣荧光性质。这些寡核苷酸与互补链杂交后，其荧光强度增加，并且对特定位置错配碱基对的存在敏感。

  DOI：

  10.1002/hlca.200790203

文献信息

• Synthesis and Hybridization Properties of Oligodeoxynucleotides with Long-Chain Linkers
  作者：Kohji Seio、Takeshi Terada、Masahiro Mizuta、Akihiro Ohkubo、Haruhiko Taguchi、Mitsuo Sekine

  DOI：10.1002/hlca.200790203

  日期：2007.10

  their backbone were synthesized, and their hybridization properties were studied by measurement of their Tm curves and fluorescence spectra. The Tm analyses revealed that these oligonucleotides could bind to their complementary strands despite the presence of the long-chain linker. We also demonstrated interesting fluorescence properties of oligodeoxynucleotides with an anthracen-9-ylmethyl group on one

  在其主链的长链连接基（6,9-二氧杂-3,12- diazatetradecane -1,14-二基）新合成寡核苷酸，并可以通过测量进行了研究其杂交性质Ť米曲线和荧光光谱。所述Ť米分析表明，这些寡核苷酸可以结合它们的互补链，尽管长链连接基的存在。我们还证明了在长链接头中两个N原子之一上具有蒽9-基甲基的寡聚脱氧核苷酸的有趣荧光性质。这些寡核苷酸与互补链杂交后，其荧光强度增加，并且对特定位置错配碱基对的存在敏感。