5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-(N,N-diethylamino)[3-(N-tert-butylaminocarbonyl)-1-propyloxy]phosphinylthymidine | 340026-91-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-(N,N-diethylamino)[3-(N-tert-butylaminocarbonyl)-1-propyloxy]phosphinylthymidine
• 英文别名: 4-[[(2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-(diethylamino)phosphanyl]oxy-N-tert-butylbutanamide
• CAS: 340026-91-7
• 化学式: C₄₃H₅₇N₄O₉P
• 分子量: 804.921
• InChiKey: RGWYNUHMYHPPBW-DKIARUMKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.7
• 重原子数：
  57
• 可旋转键数：
  20
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.47
• 拓扑面积：
  137
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-(N,N-diethylamino)[3-(N-tert-butylaminocarbonyl)-1-propyloxy]phosphinylthymidine 、 alkaline earth salt of/the/ methylsulfuric acid 反应 3.0h， 生成 (3'-5')-TpT triethylammonium salt
  参考文献：
  名称：

  The 2-(N-Formyl-N-methyl)aminoethyl Group as a Potential Phosphate/Thiophosphate Protecting Group in Solid-Phase Oligodeoxyribonucleotide Synthesis

  摘要：

  [GRAPHICS]The 2-(N-formyl-N-methyl)aminoethyl deoxyribonucleoside phosphoramidite 1 has been synthesized and used in the solid-phase synthesis of an octadecathymidylic acid as a cost-efficient monomer for potential application in the preparation of therapeutic oligonucleotides, The 2-(N-formyl-N-methyl)aminoethyl group can be cleaved from oligonucleotides according to a unique thermolytic cyclodeesterification process at pH 7.0. In addition to being cost-effective, the use of 1 simplifies oligonucleotide postsynthesis processing by eliminating the utilization of concentrated ammonium hydroxide in oligonucleotide deprotection.

  DOI：

  10.1021/ol0156852
• 作为产物：
  描述：

  保护胸苷 在 diethylammonium tetrazolide 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 8.33h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-(N,N-diethylamino)[3-(N-tert-butylaminocarbonyl)-1-propyloxy]phosphinylthymidine
  参考文献：
  名称：

  3-（N-叔丁基甲酰胺基）-1-丙基是有吸引力的磷酸酯/硫代磷酸酯保护基，用于固相寡聚脱氧核糖核苷酸合成。

  摘要：

  在适用于固相寡核苷酸合成的各种磷酸酯/硫代磷酸酯保护基中，3-（N-叔丁基甲酰胺基）-1-丙基是最方便的基团之一，因为可以根据需要在热解下容易地将其除去。 pH中性条件。脱保护反应通过涉及酰胺功能的分子内环脱酯反应迅速进行（t（1/2）约100 s），并以2-（叔丁基亚氨基）四氢呋喃盐形式释放出磷酸/硫代磷酸酯基。使用廉价的原料将3-（N-叔丁基甲酰胺基）-1-丙基结合到脱氧核糖核苷亚磷酰胺1a-d中。1a-d在d（ATCCGTAGCTAAGGTCATGC）及其硫代磷酸酯类似物的固相合成中的偶联效率与市售的2-氰基乙基脱氧核糖核苷亚磷酰胺相当。将这些寡核苷酸在磷酸盐缓冲盐水（PBS缓冲液，pH 7.2）中于90摄氏度加热30分钟后，将其磷酸盐/硫代磷酸盐去保护。由于没有可检测到的核碱基修饰或明显的硫代磷酸酯脱硫发生，因此3-（N-叔丁基甲酰胺基）-1-丙基代表了2-氰乙基对于大规模制备治疗性寡核苷酸的有吸引力的替代方案。

  DOI：

  10.1021/jo0258608

文献信息

• The 2-(<i>N-</i>Formyl-<i>N-</i>methyl)aminoethyl Group as a Potential Phosphate/Thiophosphate Protecting Group in Solid-Phase Oligodeoxyribonucleotide Synthesis
  作者：Andrzej Grajkowski、Andrzej Wilk、Marcin K. Chmielewski、Lawrence R. Phillips、Serge L. Beaucage

  DOI：10.1021/ol0156852

  日期：2001.5.1

  [GRAPHICS]The 2-(N-formyl-N-methyl)aminoethyl deoxyribonucleoside phosphoramidite 1 has been synthesized and used in the solid-phase synthesis of an octadecathymidylic acid as a cost-efficient monomer for potential application in the preparation of therapeutic oligonucleotides, The 2-(N-formyl-N-methyl)aminoethyl group can be cleaved from oligonucleotides according to a unique thermolytic cyclodeesterification process at pH 7.0. In addition to being cost-effective, the use of 1 simplifies oligonucleotide postsynthesis processing by eliminating the utilization of concentrated ammonium hydroxide in oligonucleotide deprotection.
• The 3-(<i>N</i>-<i>tert</i>-Butylcarboxamido)-1-propyl Group as an Attractive Phosphate/Thiophosphate Protecting Group for Solid-Phase Oligodeoxyribonucleotide Synthesis
  作者：Andrzej Wilk、Marcin K. Chmielewski、Andrzej Grajkowski、Lawrence R. Phillips、Serge L. Beaucage

  DOI：10.1021/jo0258608

  日期：2002.9.1

  Among the various phosphate/thiophosphate protecting groups suitable for solid-phase oligonucleotide synthesis, the 3-(N-tert-butylcarboxamido)-1-propyl group is one of the most convenient, as it can be readily removed, as needed, under thermolytic conditions at neutral pH. The deprotection reaction proceeds rapidly (t(1/2) approximately 100 s) through an intramolecular cyclodeesterification reaction

  在适用于固相寡核苷酸合成的各种磷酸酯/硫代磷酸酯保护基中，3-（N-叔丁基甲酰胺基）-1-丙基是最方便的基团之一，因为可以根据需要在热解下容易地将其除去。 pH中性条件。脱保护反应通过涉及酰胺功能的分子内环脱酯反应迅速进行（t（1/2）约100 s），并以2-（叔丁基亚氨基）四氢呋喃盐形式释放出磷酸/硫代磷酸酯基。使用廉价的原料将3-（N-叔丁基甲酰胺基）-1-丙基结合到脱氧核糖核苷亚磷酰胺1a-d中。1a-d在d（ATCCGTAGCTAAGGTCATGC）及其硫代磷酸酯类似物的固相合成中的偶联效率与市售的2-氰基乙基脱氧核糖核苷亚磷酰胺相当。将这些寡核苷酸在磷酸盐缓冲盐水（PBS缓冲液，pH 7.2）中于90摄氏度加热30分钟后，将其磷酸盐/硫代磷酸盐去保护。由于没有可检测到的核碱基修饰或明显的硫代磷酸酯脱硫发生，因此3-（N-叔丁基甲酰胺基）-1-丙基代表了2-氰乙基对于大规模制备治疗性寡核苷酸的有吸引力的替代方案。