5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁴-benzoyl-2'-deoxy-2',2'-difluorocytidine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁴-benzoyl-2'-deoxy-2',2'-difluorocytidine
• 英文别名: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁴-benzoyl-2',2'-difluoro-2'deoxycytidine；N-[1-[(2R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethoxy]methyl]-3,3-difluoro-4-hydroxytetrahydrofuran-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]benzamide；5'-dimethoxytrityl-N4-benzoyl-2',2'-difluoro-2'-deoxycytidine；5'-O-DMT-(N-Bz)-2'-deoxy-2',2'-difluorocytidine hydrochloride；N4-Benzoyl-2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2',2'-difluorocytidine；N-[1-[(2R,4R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-3,3-difluoro-4-hydroxyoxolan-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]benzamide
• 化学式: C₃₇H₃₃F₂N₃O₇
• 分子量: 669.682
• InChiKey: WTSBHVUMDHCRKO-LIAFXSCVSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.1
• 重原子数：
  49
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.22
• 拓扑面积：
  119
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁴-benzoyl-2'-deoxy-2',2'-difluorocytidine 、 2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 生成 N-[1-[(2R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethoxy]methyl]-4-[2-cyanoethoxy(diisopropylamino)phosphanyl]oxy-3,3-difluoro-tetrahydrofuran-2-yl]-2-oxopyrimidin-4-yl]benzamide
  参考文献：
  名称：

  Biological and physicochemical characterization of siRNAs modified with 2′,2′-difluoro-2′-deoxycytidine (gemcitabine)

  摘要：

  目前，使用合成短干扰 RNA（siRNA）是操纵哺乳动物细胞基因表达的首选方法。人们通过在 siRNA 链中引入各种化学修饰，努力提高 siRNA 的生物活性，包括增强沉默特性、提高底物特异性和细胞稳定性、降低细胞毒性以及改善靶向传递。在这些研究中，我们介绍了用 2â²,2â²-二氟-2â²-脱氧胞苷（gemcitabine，dFdC）替换一个胞苷单位的寡核苷酸的合成，并将其用于一系列 siRNA 的基因沉默实验。dFdC 修饰位于反义链的六个不同位置，这些位置对 siRNA 的沉默活性至关重要。结果表明，dFdC 修饰的耐受性与位置有关。位于 "种子区 "第1位或第8位的吉西他滨单位在相应的双链中只产生了¼15%的沉默活性。位于第 10 位的 dFdC 单元实际上关闭了沉默活性（低于 10%），而位于第 2、4 或 5 位的 dFdC 单元产生的双链体的沉默潜力与未修饰的双链体相当（70% 的沉默）。圆二色性分析表明，dFdC 修饰对 siRNA 双链体的结构影响很小，而熔化实验则表明它们的热稳定性较低。

  DOI：

  10.1039/b9nj00746f
• 作为产物：
  描述：

  吉西他滨 在 4-二甲氨基吡啶 、 三甲基氯硅烷 作用下， 以 吡啶 为溶剂， 反应 5.0h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁴-benzoyl-2'-deoxy-2',2'-difluorocytidine
  参考文献：
  名称：

  完全由治疗性核苷类似物构建的适体用于靶向癌症治疗

  摘要：

  由于适体对其靶标的特异性和高结合亲和力，适体-药物偶联物（ApDCs）已成为靶向癌症治疗的有前途的药物递送系统。然而，在传统的 ApDC 中，适体片段通常仅用作靶向部分，并且只有有限数量的药物分子顺序缀合到寡核苷酸上，从而提供相对较低的载药能力。为了应对这一挑战，我们在此使用四种临床批准的核苷类似物，包括氯法拉滨 (Clo)、ara-鸟苷 (AraG)、吉西他滨 (Ge) 和氟尿苷 (FdU)，以取代适体序列中的所有天然核苷，生成一系列整个药物组成的 DNA 样寡聚体，称为药物调节剂。与它们的亲本适体相似，得到的药物调节剂保持靶向能力，可以特异性结合癌细胞表面过表达的靶受体。凭借100%的载药率、主动靶向能力和酶介导的活性药物释放，我们的药物驯化剂可以强烈诱导癌细胞凋亡并抑制肿瘤进展，为更好的靶向癌症治疗提供了新的潜力。

  DOI：

  10.1021/jacs.1c09574

文献信息

• [EN] COMPOSITION CONTAINING MODIFIED DERIVATIVES OF A CYTIDINE ANTIMETABOLITE FOR THE TREATMENT OF SUSCEPTIBLE DISEASE<br/>[FR] COMPOSITION CONTENANT DES DÉRIVÉS MODIFIÉS D'UN ANTIMÉTABOLITE DE LA CYTIDINE POUR LE TRAITEMENT D'UNE MALADIE SENSIBLE
  申请人：ASTERIAPHARMA GMBH

  公开号：WO2015003747A1

  公开（公告）日：2015-01-15

  The present invention relates to homo-oligomeric derivatives of a cytidine antimetabolite and its use for the treatment of susceptible diseases. The cytidine antimetabolite is preferably a compound made of 2-20 units of dFdC linked with 5' - 3' phosphate bonds.

  本发明涉及一种胞嘧啶类抗代谢物的同型寡聚体衍生物及其用于治疗易感疾病的用途。该胞嘧啶类抗代谢物通常是由2-20个dFdC单元组成，通过5'-3'磷酸键连接的化合物。
• Novel oligonucleotides and related compounds
  申请人：Srivastava C. Suresh

  公开号：US20050159375A1

  公开（公告）日：2005-07-21

  The present invention relates generally to oligonucleotides and more specifically to oligonucleotides which have a sequence including at least two CDG dinucleotides and a prodrug of an antimetabolite. The prodrug can be part of a CpG dinucleotide or may be attached elsewhere on the oligonucleotide.

  本发明一般涉及寡核苷酸，更具体地涉及具有至少两个CDG二核苷酸和一种抗代谢物的前药的寡核苷酸序列。前药可以是CpG二核苷酸的一部分，也可以附加在寡核苷酸的其他位置上。
• COMPOSITIONS COMPRISING OLIGOMERS OF GEMCITABINE FOR USE IN THERAPY
  申请人：Asteriapharma GmbH

  公开号：EP2854864B1

  公开（公告）日：2016-05-04
• COMPOSITION CONTAINING MODIFIED DERIVATIVES OF A CYTIDINE ANTIMETABOLITE FOR THE TREATMENT OF SUSCEPTIBLE DISEASE
  申请人：ASTERIAPHARMA GMBH

  公开号：US20160324885A1

  公开（公告）日：2016-11-10

  The present invention relates to homo-oligomeric derivatives of a cytidine antimetabolite and its use for the treatment of susceptible diseases. The cytidine antimetabolite is preferably a compound made of 2-20 units of dFdC linked with 5′-3′ phosphate bonds.
• [EN] OLIGONUCLEOTIDES WITH 2'-DEOXY-2'-F-2'-C-METHYL NUCLEOTIDES<br/>[FR] OLIGONUCLÉOTIDES À NUCLÉOTIDES 2'-DÉSOXY-2'-F-2'-C-MÉTHYLE
  申请人：[en]ALNYLAM PHARMACEUTICALS, INC.

  公开号：WO2023069495A1

  公开（公告）日：2023-04-27

  The present disclosure relates generally to 2'-geminal substituted nucleosides and nucleotides, and oligonucleotides and dsRNA molecules comprising such 2'-geminal substituted nucleosides and nucleotides.