5'-deoxyadenosyl radical

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - 5'-脱氧核糖核苷
• 英文名称: 5'-deoxyadenosyl radical
• 化学式: C₁₀H₁₂N₅O₃
• 分子量: 250.237
• InChiKey: FMJPFPZKXLRBOJ-KQYNXXCUSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -0.6
• 重原子数：
  18
• 可旋转键数：
  1
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.4
• 拓扑面积：
  119
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  S-腺苷-L-蛋氨酸 在 pyruvate formate-lyase activating enzyme, [4Fe−4S]⁺ state 作用下， 生成 5'-deoxyadenosyl radical
  参考文献：
  名称：

  难以捉摸的 5'-脱氧腺苷自由基：由 EPR 和 ENDOR 光谱捕获和表征

  摘要：

  5'-脱氧腺苷自由基 (5'-dAdo·) 提取底物 H 原子，作为由腺苷钴胺素依赖性和自由基 S-腺苷-l-甲硫氨酸 (RS) 酶催化的基于自由基的转化的第一步。尽管 5'-dAdo· 具有重要的生物学作用，但经过半个多世纪的努力，却一直未能对其进行表征。在这里，我们报告了在 12 K 的 RS 酶活性位点中产生 5'-dAdo· 的方法，该方法涉及从 [4Fe-4S]+ 簇到配位 S-腺苷甲硫氨酸 (SAM) 的低温光诱导电子转移以诱导均裂S-C5' 键断裂。我们通过使用带有同位素标记的电子顺磁共振 (EPR) 和电子核双共振 (ENDOR) 光谱明确揭示了这种长期寻找的自由基物种的结构，由密度泛函计算补充：平面 C5' (2pπ) 自由基（~70% 自旋占有率）；C5'(H)2 平面相对于 C5'-C4'-(C4'-H) 平面旋转了 ~37°（实验）/39°（DFT），...

  DOI：

  10.1021/jacs.9b05926

文献信息

• The First Experimental Test of the Hypothesis that Enzymes Have Evolved To Enhance Hydrogen Tunneling
  作者：Kenneth M. Doll、Bruce R. Bender、Richard G. Finke

  DOI：10.1021/ja030120h

  日期：2003.9.1

  strong evidence for the expected quantum mechanical tunneling in the Ado(*) and 8-MeOAdo(*)-mediated H(*) abstraction reactions from ethylene glycol. More importantly, a comparison of these enzyme-free tunneling data to the same KIE, (E(D) - E(H)) and A(H)/A(D) data for a closely related, Ado(*)-mediated H(*) abstraction reaction from a primary CH(3)- group in AdoCbl-dependent methylmalonyl-CoA mutase

  文献假设“酶催化的优化可能需要化学策略的进化实施，以增加量子力学隧穿的可能性”在本文中首次被实验测试。所采用的系统是能够提供“增强氢隧穿”假设的第一次实验测试的关键，该假设需要对相同或几乎相同反应的三个隧穿诊断标准（见下文）进行比较有和没有酶。具体而言，本文研究的是(i)的腺苷钴胺素(AdoCbl，也称为辅酶B(12))依赖性二醇脱水酶模型反应。H(D)(*) 原子从乙二醇-d(0) 和乙二醇-d(4) 溶剂中通过 5'-脱氧腺苷基团 (Ado(*)) 和 (ii. ) 8-甲氧基-5'-脱氧腺苷基 (8-MeOAdo(*)) 的相同 H(*) 提取反应。Ado(*) 和 8-MeOAdo(*) 自由基是通过 Co-C 热解它们各自的前体 AdoCbl 和 8-MeOAdoCbl 产生的。已在 80-120 摄氏度的温度范围内测量了乙二醇 H(*)(D(*)) 提取反应的氘动力学同位素效应
• The Elusive 5′-Deoxyadenosyl Radical: Captured and Characterized by Electron Paramagnetic Resonance and Electron Nuclear Double Resonance Spectroscopies
  作者：Hao Yang、Elizabeth C. McDaniel、Stella Impano、Amanda S. Byer、Richard J. Jodts、Kenichi Yokoyama、William E. Broderick、Joan B. Broderick、Brian M. Hoffman

  DOI：10.1021/jacs.9b05926

  日期：2019.7.31

  active site at 12 K using a novel approach involving cryogenic photoinduced electron transfer from the [4Fe–4S]+ cluster to the coordinated S-adenosylmethionine (SAM) to induce homolytic S–C5′ bond cleavage. We unequivocally reveal the structure of this long-sought radical species through the use of electron paramagnetic resonance (EPR) and electron nuclear double resonance (ENDOR) spectroscopies with

  5'-脱氧腺苷自由基 (5'-dAdo·) 提取底物 H 原子，作为由腺苷钴胺素依赖性和自由基 S-腺苷-l-甲硫氨酸 (RS) 酶催化的基于自由基的转化的第一步。尽管 5'-dAdo· 具有重要的生物学作用，但经过半个多世纪的努力，却一直未能对其进行表征。在这里，我们报告了在 12 K 的 RS 酶活性位点中产生 5'-dAdo· 的方法，该方法涉及从 [4Fe-4S]+ 簇到配位 S-腺苷甲硫氨酸 (SAM) 的低温光诱导电子转移以诱导均裂S-C5' 键断裂。我们通过使用带有同位素标记的电子顺磁共振 (EPR) 和电子核双共振 (ENDOR) 光谱明确揭示了这种长期寻找的自由基物种的结构，由密度泛函计算补充：平面 C5' (2pπ) 自由基（~70% 自旋占有率）；C5'(H)2 平面相对于 C5'-C4'-(C4'-H) 平面旋转了 ~37°（实验）/39°（DFT），...