CK-1-41

• 分子结构分类: 有机化合物 - 有机杂环化合物 - 二嗪烷类
• 英文名称: CK-1-41
• 英文别名: 4-[4-(2-Phenylethyl)piperazin-1-yl]-2,6-dipyrrolidin-1-ylpyrimidine；4-[4-(2-phenylethyl)piperazin-1-yl]-2,6-dipyrrolidin-1-ylpyrimidine
• 化学式: C₂₄H₃₄N₆
• 分子量: 406.574
• InChiKey: GRTICURLEQIPRO-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.3
• 重原子数：
  30
• 可旋转键数：
  6
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.58
• 拓扑面积：
  38.7
• 氢给体数：
  0
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  CK-1-41 在 对甲苯磺酸 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 以77.6 %的产率得到
  参考文献：
  名称：

  三氨基嘧啶 caspase-1 抑制剂的结构、计算、对接和生物学研究

  摘要：

  为了更全面地表征 caspase-1 的有效、低纳摩尔 IC50 （半数最大抑制浓度） 抑制剂 CK-1-41 的结合特性和活性，设计了一系列实验来探究其结构和功能。为了实现这一目标，使用微波方法在短短 30 分钟内以高效方式合成了大量分子。抑制剂的结构是通过 X 射线晶体学以中性和质子化形式确定的，从而产生有用的结构信息。发现 X 射线结构中的质子化位点是三烷基氨基碱性位点，但核磁共振 （NMR） H/D 交换实验表明，三氨基嘧啶 sp2 C 的质子化也可以在溶液中实现。进行了密度泛函理论 （DFT） 计算并支持实验 H/D 交换结果。与 caspase-1 的几种质子化形式的抑制剂的对接研究表明，该化合物在变构位点具有良好的结合力，其中质子与 sp2 C 结合的质子化形式结合最强。由于 caspase-1 参与炎症性癌症，CK-1-41 针对一组癌细胞系进行了筛选，这些细胞系对一些测试

  DOI：

  10.1016/j.molstruc.2024.139297
• 作为产物：
  描述：

  4-(1-哌嗪)-2,6-双-(1-吡咯烷)-嘧啶 、 乙基溴苯 在 三乙胺 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 192.0h， 生成 CK-1-41
  参考文献：
  名称：

  Variation of the aryl substituent on the piperazine ring within the 4-(piperazin-1-yl)-2,6-di(pyrrolidin-1-yl)pyrimidine scaffold unveils potent, non-competitive inhibitors of the inflammatory caspases

  摘要：

  The inflammatory caspases (caspase-1, -4 and -5) are potential therapeutic targets for autoimmune and inflammatory diseases due to their involvement in the immune response upon inflammasome formation. A series of small molecules based on the 4-(piperazin-1-yl)-2,6-di(pyrrolidin-1-yl)pyrimidine scaffold were synthesized with varying substituents on the piperazine ring. Several compounds were pan-selective inhibitors of the inflammatory caspases, caspase-1, -4 and -5, with the ethylbenzene derivative CK-1-41 displaying low nanomolar Ki values across this family of caspases. Three analogs were nearly 10 fold selective for caspase-5 over caspase-1 and -4. The compounds display non-competitive, time dependent inhibition profiles. To our knowledge, this series is the first example of small molecule inhibitors of all three inflammatory caspases (C) 2016 Elsevier Ltd. All rights reserved.

  DOI：

  10.1016/j.bmcl.2016.10.025

文献信息

• Variation of the aryl substituent on the piperazine ring within the 4-(piperazin-1-yl)-2,6-di(pyrrolidin-1-yl)pyrimidine scaffold unveils potent, non-competitive inhibitors of the inflammatory caspases
  作者：Courtney R. Kent、Magdalena Bryja、Helen A. Gustafson、Margaret Y. Kawarski、Gena Lenti、Emily N. Pierce、Rachel C. Knopp、Victor Ceja、Bhabna Pati、D. Eric Walters、Caitlin E. Karver

  DOI：10.1016/j.bmcl.2016.10.025

  日期：2016.11

  The inflammatory caspases (caspase-1, -4 and -5) are potential therapeutic targets for autoimmune and inflammatory diseases due to their involvement in the immune response upon inflammasome formation. A series of small molecules based on the 4-(piperazin-1-yl)-2,6-di(pyrrolidin-1-yl)pyrimidine scaffold were synthesized with varying substituents on the piperazine ring. Several compounds were pan-selective inhibitors of the inflammatory caspases, caspase-1, -4 and -5, with the ethylbenzene derivative CK-1-41 displaying low nanomolar Ki values across this family of caspases. Three analogs were nearly 10 fold selective for caspase-5 over caspase-1 and -4. The compounds display non-competitive, time dependent inhibition profiles. To our knowledge, this series is the first example of small molecule inhibitors of all three inflammatory caspases (C) 2016 Elsevier Ltd. All rights reserved.
• 10.1016/j.molstruc.2024.139297
  作者：Grice, Kyle A.、Varsbergs, Zoe M.、Zhang, Yingjie、Zingales, Sarah K.、Johnson, Adam R.、Sommer, Roger D.、Karver, Caitlin E.

  DOI：10.1016/j.molstruc.2024.139297

  日期：——

  structure of the inhibitor was determined by X-ray crystallography in its neutral and protonated form yielding useful structural information. The protonation site in the X-ray structure was found to be the trialkylamine basic site, but nuclear magnetic resonance (NMR) H/D exchange experiments shows that protonation at the triaminopyrimidine sp2 C is also accessible in solution. Density Functional Theory

  为了更全面地表征 caspase-1 的有效、低纳摩尔 IC50 （半数最大抑制浓度） 抑制剂 CK-1-41 的结合特性和活性，设计了一系列实验来探究其结构和功能。为了实现这一目标，使用微波方法在短短 30 分钟内以高效方式合成了大量分子。抑制剂的结构是通过 X 射线晶体学以中性和质子化形式确定的，从而产生有用的结构信息。发现 X 射线结构中的质子化位点是三烷基氨基碱性位点，但核磁共振 （NMR） H/D 交换实验表明，三氨基嘧啶 sp2 C 的质子化也可以在溶液中实现。进行了密度泛函理论 （DFT） 计算并支持实验 H/D 交换结果。与 caspase-1 的几种质子化形式的抑制剂的对接研究表明，该化合物在变构位点具有良好的结合力，其中质子与 sp2 C 结合的质子化形式结合最强。由于 caspase-1 参与炎症性癌症，CK-1-41 针对一组癌细胞系进行了筛选，这些细胞系对一些测试