3'-deoxy-3'-C-[[(2-cyanoethoxy)(diisopropyl)phosphinyl]methyl]-5'-O-(4-methoxytrityl)thymidine

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 3'-deoxy-3'-C-[[(2-cyanoethoxy)(diisopropyl)phosphinyl]methyl]-5'-O-(4-methoxytrityl)thymidine
• 英文别名: 3-[[di(propan-2-yl)amino]-[[(2S,3S,5R)-2-[[(4-methoxyphenyl)-diphenylmethoxy]methyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]methyl]phosphanyl]oxypropanenitrile
• 化学式: C₄₀H₄₉N₄O₆P
• 分子量: 712.826
• InChiKey: ZOBOADAEVGGQPV-YBUYZXCRSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.8
• 重原子数：
  51
• 可旋转键数：
  16
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.42
• 拓扑面积：
  113
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  3'-deoxy-3'-C-(iodomethyl)-5'-O-(4-methoxytrityl)thymidine 在 吡啶 、 双(三甲基硅基)亚磷酸盐 、 chlorotriphenylphosphonium chloride 、 N,N-二异丙基乙胺 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 27.0h， 生成 3'-deoxy-3'-C-[[(2-cyanoethoxy)(diisopropyl)phosphinyl]methyl]-5'-O-(4-methoxytrityl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  新型3'-C-亚甲基胸苷和5-甲基尿苷/胞苷H-膦酸酯和亚膦酸酯的合成，用于寡核苷酸的新骨架修饰。

  摘要：

  新型5'-O-DMT-和MMT保护的3'-C-亚甲基修饰的胸苷，5-甲基尿苷和5-甲基胞苷H-膦酸酯1-7与O-甲基，氟，氢和O-（2通过一种新的有效策略，由相应的关键中间体3'-C-碘甲基核苷和中间体BTSP（通过Arbuzov反应原位制备）合成了2'-位的-甲氧基乙基）取代基。Arbuzov反应的修饰反应条件防止了DMT和MMT保护基的丢失，并直接提供了所需的5'-O-DMT-和/或MMT保护的3'-C-亚甲基修饰的H-膦酸酯1 -6虽然在PC键形成后也通过操纵保护基制备了一些。3'-C-碘甲基-5-甲基胞嘧啶53的修饰Arbuzov反应 由其5-甲基尿苷衍生物42制备，并用BTSP提供5-甲基胞嘧啶H-膦酸酯54，将其进一步转移到相应的4-N-（N-甲基吡咯烷-2-亚基）-保护的H-膦酸酯单体7。5使用DCC作为偶联剂，将'-O-MMT保护的3'-C-亚甲基改性的H-膦酸酯5、3和7

  DOI：

  10.1021/jo001699u

文献信息

• Synthesis of Novel 3‘-<i>C</i>-Methylene Thymidine and 5-Methyluridine/Cytidine H-Phosphonates and Phosphonamidites for New Backbone Modification of Oligonucleotides
  作者：Haoyun An、Tingmin Wang、Martin A. Maier、Muthiah Manoharan、Bruce S. Ross、P. Dan Cook

  DOI：10.1021/jo001699u

  日期：2001.4.1

  ne)-protected H-phosphonate monomer 7. 5'-O-MMT-protected 3'-C-methylene-modified H-phosphonates 5, 3, and 7 were converted to the corresponding cyanoethyl H-phosphonates 50, 51, and 56 using DCC as a coupling reagent. One-pot three-step reactions of 50, 51, and 56 provided the desired 3'-C-methylene-modified phosphonamidite monomers 8-10. Some of these new 3'-methylene-modified monomers 1-10 have

  新型5'-O-DMT-和MMT保护的3'-C-亚甲基修饰的胸苷，5-甲基尿苷和5-甲基胞苷H-膦酸酯1-7与O-甲基，氟，氢和O-（2通过一种新的有效策略，由相应的关键中间体3'-C-碘甲基核苷和中间体BTSP（通过Arbuzov反应原位制备）合成了2'-位的-甲氧基乙基）取代基。Arbuzov反应的修饰反应条件防止了DMT和MMT保护基的丢失，并直接提供了所需的5'-O-DMT-和/或MMT保护的3'-C-亚甲基修饰的H-膦酸酯1 -6虽然在PC键形成后也通过操纵保护基制备了一些。3'-C-碘甲基-5-甲基胞嘧啶53的修饰Arbuzov反应 由其5-甲基尿苷衍生物42制备，并用BTSP提供5-甲基胞嘧啶H-膦酸酯54，将其进一步转移到相应的4-N-（N-甲基吡咯烷-2-亚基）-保护的H-膦酸酯单体7。5使用DCC作为偶联剂，将'-O-MMT保护的3'-C-亚甲基改性的H-膦酸酯5、3和7