2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N3-(N6-trifluoroacetamidohexyl)uridine 3'-O-(2-cyanoethyl N,N-diisopropyl)phosphoramidite

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N3-(N6-trifluoroacetamidohexyl)uridine 3'-O-(2-cyanoethyl N,N-diisopropyl)phosphoramidite
• 英文别名: N-[6-[3-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[2-cyanoethoxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxyoxolan-2-yl]-2,6-dioxopyrimidin-1-yl]hexyl]-2,2,2-trifluoroacetamide
• 化学式: C₄₇H₅₉F₃N₅O₉P
• 分子量: 925.983
• InChiKey: ILTRFZYSEOEVBY-BDDKJIMOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.3
• 重原子数：
  65
• 可旋转键数：
  24
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.49
• 拓扑面积：
  152
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  14

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  保护-2'-脱氧尿苷 在 四氮唑 、 三苯基膦 、 偶氮二甲酸二乙酯 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙腈 为溶剂， 反应 2.5h， 生成 2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N3-(N6-trifluoroacetamidohexyl)uridine 3'-O-(2-cyanoethyl N,N-diisopropyl)phosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  寡核苷酸衍生化的多功能策略。将镧系元素（III）螯合物引入寡核苷酸。

  摘要：

  [反应：见正文]通过2'-脱氧-5'-O-（4,4'-二甲氧基三苯甲基）尿苷与结构中含有共轭基团的伯醇之间的Mitsunobu反应合成了新型核苷亚磷酰胺嵌段（官能团，有机染料或镧系元素（III）螯合物的前体），然后进行磷酸化。它们以标准方式用于机器辅助DNA合成。略加修饰的脱保护程序用于制备拴在镧系元素（III）螯合物上的寡核苷酸缀合物。对于后一种应用，还合成了一个非核苷嵌段。

  DOI：

  10.1021/ol016093m

文献信息

• Versatile Strategy for Oligonucleotide Derivatization. Introduction of Lanthanide(III) Chelates to Oligonucleotides
  作者：Jari Hovinen、Harri Hakala

  DOI：10.1021/ol016093m

  日期：2001.8.9

  nucleosidic phosphoramidite blocks were synthesized by a Mitsunobu reaction between 2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)uridine and a primary alcohol containing a conjugate group in its structure (a protected functional group, an organic dye, or a precursor of a lanthanide(III) chelate) followed by phosphitylation. They were used in machine-assisted DNA synthesis in the standard manner. A slightly modified deprotection

  [反应：见正文]通过2'-脱氧-5'-O-（4,4'-二甲氧基三苯甲基）尿苷与结构中含有共轭基团的伯醇之间的Mitsunobu反应合成了新型核苷亚磷酰胺嵌段（官能团，有机染料或镧系元素（III）螯合物的前体），然后进行磷酸化。它们以标准方式用于机器辅助DNA合成。略加修饰的脱保护程序用于制备拴在镧系元素（III）螯合物上的寡核苷酸缀合物。对于后一种应用，还合成了一个非核苷嵌段。