(1-cyano-2-methylpropan-2-yl) 2-[[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-benzamidopurin-9-yl)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-methoxyoxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]acetate | 1355047-24-3

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: (1-cyano-2-methylpropan-2-yl) 2-[[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-benzamidopurin-9-yl)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-methoxyoxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]acetate
• CAS: 1355047-24-3
• 化学式: C₅₂H₆₀N₇O₉P
• 分子量: 958.064
• InChiKey: JWEJRQXHPXDTPT-GCZIAXJXSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.2
• 重原子数：
  69
• 可旋转键数：
  22
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.38
• 拓扑面积：
  181
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  14

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  N-(9-((2r,3r,4r,5r)-5-((双(4-甲氧基苯基)(苯基)甲氧基)甲基)-4-羟基-3-甲氧基四氢呋喃-2-基)-9h-嘌呤-6-基)苯甲酰胺 、 1-cyano-2-methylpropan-2-yl 2-(bis(diisopropylamino)phosphaneyl)acetate 在 4,5-二氰基咪唑 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 6.0h， 以84%的产率得到(1-cyano-2-methylpropan-2-yl) 2-[[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-benzamidopurin-9-yl)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-methoxyoxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]acetate
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and biological activity of phosphonoacetate- and thiophosphonoacetate-modified 2′-O-methyl oligoribonucleotides

  摘要：

  通过固相合成法制备了含有核苷酸内连接的嵌合 2â²-O-甲基寡核苷酸（2â²-OMe ORNs），这些嵌合寡核苷酸经磷酸乙酸酯（PACE）或硫代磷酸乙酸酯（thioPACE）修饰。经修饰的2â²-OMe ORN包含一个中心磷酸或硫代磷酸序列，在ORN的两端分别有多达4个PACE或thioPACE修饰，形成一个 "间隙 "图案。PACE 和 thioPACE 2â²-OMe ORN 都能与互补 RNA 形成稳定的双链体。与未修饰的 RNA:RNA 双链相比，这些双链中的大多数具有更高的热熔温度。修饰的 2-OMe ORN 与互补的、未修饰的 siRNA 是有效的客链，可在有脂质转染剂存在的双荧光素酶试验中诱导 siRNA 活性。作为单链，thioPACE 2â²-OMe ORNs 能在没有脂质转染剂的情况下被 HeLa 细胞有效吸收。此外，硫代PACE修饰大大提高了2â²-OMe硫代磷酸酯ORN在Huh7细胞中作为microRNA-122抑制剂的效力，而无需脂质转染。

  DOI：

  10.1039/c1ob06614e

文献信息

• Synthesis and biological activity of phosphonoacetate- and thiophosphonoacetate-modified 2′-O-methyl oligoribonucleotides
  作者：Richard N. Threlfall、Adrian G. Torres、Angelika Krivenko、Michael J. Gait、Marvin H. Caruthers

  DOI：10.1039/c1ob06614e

  日期：——

  Chimeric 2′-O-methyl oligoribonucleotides (2′-OMe ORNs) containing internucleotide linkages which were modified with phosphonoacetate (PACE) or thiophosphonoacetate (thioPACE) were prepared by solid-phase synthesis. The modified 2′-OMe ORNs contained a central phosphate or phosphorothioate sequence with up to 4 PACE or thioPACE modifications, respectively, at either end of the ORN in a “gapmer” motif. Both PACE and thioPACE 2′-OMe ORNs formed stable duplexes with complementary RNA. The majority of these duplexes had higher thermal melting temperatures than an unmodified RNA:RNA duplex. The modified 2′-OMe ORNs were effective passenger strands with complementary, unmodified siRNAs, for inducing siRNA activity in a dual luciferase assay in the presence of a lipid transfecting agent. As single strands, thioPACE 2′-OMe ORNs were efficiently taken up by HeLa cells in the absence of a lipid transfecting agent. Furthermore, thioPACE modifications greatly improved the potency of a 2′-OMe phosphorothioate ORN as an inhibitor of microRNA-122 in Huh7 cells, without lipid transfection.

  通过固相合成法制备了含有核苷酸内连接的嵌合 2â²-O-甲基寡核苷酸（2â²-OMe ORNs），这些嵌合寡核苷酸经磷酸乙酸酯（PACE）或硫代磷酸乙酸酯（thioPACE）修饰。经修饰的2â²-OMe ORN包含一个中心磷酸或硫代磷酸序列，在ORN的两端分别有多达4个PACE或thioPACE修饰，形成一个 "间隙 "图案。PACE 和 thioPACE 2â²-OMe ORN 都能与互补 RNA 形成稳定的双链体。与未修饰的 RNA:RNA 双链相比，这些双链中的大多数具有更高的热熔温度。修饰的 2-OMe ORN 与互补的、未修饰的 siRNA 是有效的客链，可在有脂质转染剂存在的双荧光素酶试验中诱导 siRNA 活性。作为单链，thioPACE 2â²-OMe ORNs 能在没有脂质转染剂的情况下被 HeLa 细胞有效吸收。此外，硫代PACE修饰大大提高了2â²-OMe硫代磷酸酯ORN在Huh7细胞中作为microRNA-122抑制剂的效力，而无需脂质转染。