3'-O-(4-methoxytrityl)thymidine 5'-(2'-O-tert-butyldimethylsilyl-5'-O-(4-methoxytrityl)uridine 3'-deoxy-3'-C-methylenephosphinate) | 1032747-89-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 3'-O-(4-methoxytrityl)thymidine 5'-(2'-O-tert-butyldimethylsilyl-5'-O-(4-methoxytrityl)uridine 3'-deoxy-3'-C-methylenephosphinate)
• 英文别名: 3'-O-(4-methoxytrityl)thymidine [2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3'-deoxy-5'-O-(4-methoxytrityl)uridine 3'-C-methylenephosphinate]；1-[(2R,4S,5R)-5-[[[(2S,3R,4R,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-2-[[(4-methoxyphenyl)-diphenylmethoxy]methyl]oxolan-3-yl]methyl-oxidophosphaniumyl]oxymethyl]-4-[(4-methoxyphenyl)-diphenylmethoxy]oxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 1032747-89-9
• 化学式: C₆₆H₇₃N₄O₁₃PSi
• 分子量: 1189.38
• InChiKey: OSYFWVQPDPHXLD-MHNPGXQGSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  9.41
• 重原子数：
  85
• 可旋转键数：
  23
• 环数：
  10.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  196
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  13

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-O-(4-methoxytrityl)thymidine 5'-(2'-O-tert-butyldimethylsilyl-5'-O-(4-methoxytrityl)uridine 3'-deoxy-3'-C-methylenephosphinate) 在 水 、 碘 、 吡啶盐酸盐 作用下， 以 吡啶 为溶剂， 生成 [(2S,3R,4R,5R)-4-[tert-butyl(dimethyl)silyl]oxy-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-2-[[(4-methoxyphenyl)-diphenylmethoxy]methyl]oxolan-3-yl]methyl-[[(2R,3S,5R)-3-[(4-methoxyphenyl)-diphenylmethoxy]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphinic acid
  参考文献：
  名称：

  具有 3'-脱氧-3'-C-亚甲基膦酸酯键的核酸片段的合成 - 核苷 3'-脱氧-3'-C-亚甲基次膦酸酯的氧化

  摘要：

  受保护的胸苷 5'-(尿苷 3'-脱氧-3'-C-亚甲基次膦酸) (1) 碘氧化为相应胸苷 5'-(尿苷 3'-脱氧-3'-C-亚甲基膦酸) 的研究(2) 报道。在吡啶/水 (98:2, v/v) 中用 80 mM 碘氧化需要 24 小时才能完成。该反应由吡啶鎓离子以及三乙胺 (TEA) 催化。反应似乎通过 1 的三配位形式发生：TEA 促进反应中的阴离子和酸（吡啶鎓离子）催化反应的中性互变异构体。建议使用几组条件将低聚（核苷亚甲基次膦酸盐）氧化成相应的膦酸盐。200 mM I2 在吡啶/水中的溶液与 1 M TEA 或 1 M 吡啶盐酸盐的半衰期分别小于 2 分钟和 10 分钟。(© Wiley-VCH Verlag GmbH,

  DOI：

  10.1002/1099-0690(200209)2002:18<3140::aid-ejoc3140>3.0.co;2-x
• 作为产物：
  描述：

  3'-O-monomethoxytritylthymidine 、 triethylammonium 2'-O-(tert-butyldimethylsilyl)-3'-deoxy-5'-O-(4-methoxytriphenylmethyl)uridine 3'-C-methylenephosphinate 在 吡啶 、 <<(6-Trifluoromethyl)benzotriazol-1-yl>oxy>tris(pyrrolidino)phosphonium hexafluorophosphate 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 反应 0.5h， 以99%的产率得到3'-O-(4-methoxytrityl)thymidine 5'-(2'-O-tert-butyldimethylsilyl-5'-O-(4-methoxytrityl)uridine 3'-deoxy-3'-C-methylenephosphinate)
  参考文献：
  名称：

  5′-羟基核苷功能次膦酸酯缩合剂的研究

  摘要：

  研究了尿苷 3'-脱氧-3'-C-亚甲基次膦酸酯与胸苷和鸟苷衍生物的缩合反应，以形成亚甲基次膦酸酯。对许多不同的缩合剂进行了比较，其中包括新戊酰氯、三异丙基苯磺酰氯 (TPS-Cl)、鏻和脲衍生物、许多氯磷酸盐和双 (2-oxo-3-oxazolidinyl) 次膦酰氯 (OXP)。在亚甲基次膦酸盐的预活化过程中，鏻衍生物产生缓慢的缩合或氧化副反应（羟基苯并三唑衍生物）。新戊酰氯具有较长的偶联时间，并且检测到竞争性 5'-O-新戊酰化。TPS-Cl 使产物快速缩合，但也使产物快速氧化。大多数氯磷酸盐使核苷组分发生竞争性 5'-O-磷酸化，以及碱基磷酸化。然而，2-氯-5,5-二甲基-2-氧代-1,3,2-二氧杂膦烷（DMOCP）以合适的速率形成了相当有效的二核苷亚甲基次膦酸酯。然而，使用该试剂可能需要对鸟嘌呤进行 O6 保护，因为在延长反应时间后，即使使用低浓度 (60 mM) 的 DMOCP（相当于次膦酸盐）也能检测到

  DOI：

  10.1002/ejoc.200700528

文献信息

• Investigation on Condensing Agents for Phosphinate Ester Formation with Nucleoside 5′-Hydroxyl Functions
  作者：Anna Winqvist、Roger Strömberg

  DOI：10.1002/ejoc.200700528

  日期：2008.4

  Condensation of a uridine 3′-deoxy-3′-C-methylenephosphinate with thymidine and guanosine derivatives to form methylenephosphinate esters was investigated. A number of different condensing agents were compared, and these include pivaloyl chloride, triisopropylbenzenesulfonyl chloride (TPS-Cl), phosphonium and uronium derivatives, numerous chlorophosphates and bis(2-oxo-3-oxazolidinyl)phosphinic chloride

  研究了尿苷 3'-脱氧-3'-C-亚甲基次膦酸酯与胸苷和鸟苷衍生物的缩合反应，以形成亚甲基次膦酸酯。对许多不同的缩合剂进行了比较，其中包括新戊酰氯、三异丙基苯磺酰氯 (TPS-Cl)、鏻和脲衍生物、许多氯磷酸盐和双 (2-oxo-3-oxazolidinyl) 次膦酰氯 (OXP)。在亚甲基次膦酸盐的预活化过程中，鏻衍生物产生缓慢的缩合或氧化副反应（羟基苯并三唑衍生物）。新戊酰氯具有较长的偶联时间，并且检测到竞争性 5'-O-新戊酰化。TPS-Cl 使产物快速缩合，但也使产物快速氧化。大多数氯磷酸盐使核苷组分发生竞争性 5'-O-磷酸化，以及碱基磷酸化。然而，2-氯-5,5-二甲基-2-氧代-1,3,2-二氧杂膦烷（DMOCP）以合适的速率形成了相当有效的二核苷亚甲基次膦酸酯。然而，使用该试剂可能需要对鸟嘌呤进行 O6 保护，因为在延长反应时间后，即使使用低浓度 (60 mM) 的 DMOCP（相当于次膦酸盐）也能检测到
• Synthesis of Nucleic Acid Fragments with 3′-Deoxy-3′-C-Methylenephosphonate Linkages − Oxidation Of Nucleoside 3′-Deoxy-3′-C-Methylenephosphinate Esters
  作者：Anna Winqvist、Roger Strömberg

  DOI：10.1002/1099-0690(200209)2002:18<3140::aid-ejoc3140>3.0.co;2-x

  日期：2002.9

  A study on the iodine oxidation of protected thymidine 5′-(uridine 3′-deoxy-3′-C-methylenephosphinate) (1) to the corresponding thymidine 5′-(uridine 3′-deoxy-3′-C-methylenephosphonate) (2) is reported. Oxidation with 80 mM iodine in pyridine/water (98:2, v/v) required 24 h for completion. The reaction is catalyzed by pyridinium ion as well as by triethylamine (TEA). The reactions appear to occur via

  受保护的胸苷 5'-(尿苷 3'-脱氧-3'-C-亚甲基次膦酸) (1) 碘氧化为相应胸苷 5'-(尿苷 3'-脱氧-3'-C-亚甲基膦酸) 的研究(2) 报道。在吡啶/水 (98:2, v/v) 中用 80 mM 碘氧化需要 24 小时才能完成。该反应由吡啶鎓离子以及三乙胺 (TEA) 催化。反应似乎通过 1 的三配位形式发生：TEA 促进反应中的阴离子和酸（吡啶鎓离子）催化反应的中性互变异构体。建议使用几组条件将低聚（核苷亚甲基次膦酸盐）氧化成相应的膦酸盐。200 mM I2 在吡啶/水中的溶液与 1 M TEA 或 1 M 吡啶盐酸盐的半衰期分别小于 2 分钟和 10 分钟。(© Wiley-VCH Verlag GmbH,