1',2'-dideoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-1'-(1,2,4-trimethylphenyl)-β-D-ribofuranose | 162517-33-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 1',2'-dideoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-1'-(1,2,4-trimethylphenyl)-β-D-ribofuranose
• 英文别名: (2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(2,4,5-trimethylphenyl)oxolan-3-ol
• CAS: 162517-33-1
• 化学式: C₃₅H₃₈O₅
• 分子量: 538.684
• InChiKey: DNODHQWJHMPTED-LBFZIJHGSA-N

物化性质

• 沸点：
  688.7±55.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.147±0.06 g/cm3(Temp: 20 °C; Press: 760 Torr)(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.7
• 重原子数：
  40
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.31
• 拓扑面积：
  57.2
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 、 1',2'-dideoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-1'-(1,2,4-trimethylphenyl)-β-D-ribofuranose 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 4.0h， 以89%的产率得到1',2'-dideoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-1'-(1,2,4-trimethylphenyl)-β-D-ribofuranose cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoroamidite
  参考文献：
  名称：

  萘、菲和芘作为 DNA 碱基类似物：DNA 中的合成、结构和荧光

  摘要：

  我们描述了携带多环芳烃的脱氧核糖核苷的合成、结构和 DNA 掺入作为 DNA“基础”类似物。新的多环化合物是 1-萘基、2-萘基、9-菲基和 1-芘基脱氧核苷。这些化合物是使用最近开发的 C-糖苷键形成方法合成的，该方法涉及芳香族化合物的有机镉衍生物与 1α-氯代脱氧核糖前体偶联。这种偶联的主要产物是脱氧核糖苷的 α-端基异构体。还开发了一种通过酸催化平衡将 α-端基异构体差向异构化为 β-端基异构体的有效方法；这种异构化成功地对四个多环核苷以及两个取代的苯基核苷进行。异头取代的几何形状源自 (1)H NOE 实验，并且还与一种 α-异构体的单晶 X 射线结构相关。三种多环 C-核苷衍生物通过其亚磷酰胺衍生物整合到 DNA 寡核苷酸中；芘基和菲基衍生物在 DNA 序列中显示出荧光。结果 (1) 拓宽了我们的 C-糖苷偶联反应的范围，(2) 证明（使用新的酸催化差向异构化）α-和 β-异头物

  DOI：

  10.1021/ja9612763
• 作为产物：
  描述：

  1-Α-氯-3,5-二-O-对甲苯甲酰基-2-脱氧-D-呋喃核糖 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 碘 、 sodium methylate 、 magnesium 、 cadmium(II) chloride 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 14.0h， 生成 1',2'-dideoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-1'-(1,2,4-trimethylphenyl)-β-D-ribofuranose
  参考文献：
  名称：

  萘、菲和芘作为 DNA 碱基类似物：DNA 中的合成、结构和荧光

  摘要：

  我们描述了携带多环芳烃的脱氧核糖核苷的合成、结构和 DNA 掺入作为 DNA“基础”类似物。新的多环化合物是 1-萘基、2-萘基、9-菲基和 1-芘基脱氧核苷。这些化合物是使用最近开发的 C-糖苷键形成方法合成的，该方法涉及芳香族化合物的有机镉衍生物与 1α-氯代脱氧核糖前体偶联。这种偶联的主要产物是脱氧核糖苷的 α-端基异构体。还开发了一种通过酸催化平衡将 α-端基异构体差向异构化为 β-端基异构体的有效方法；这种异构化成功地对四个多环核苷以及两个取代的苯基核苷进行。异头取代的几何形状源自 (1)H NOE 实验，并且还与一种 α-异构体的单晶 X 射线结构相关。三种多环 C-核苷衍生物通过其亚磷酰胺衍生物整合到 DNA 寡核苷酸中；芘基和菲基衍生物在 DNA 序列中显示出荧光。结果 (1) 拓宽了我们的 C-糖苷偶联反应的范围，(2) 证明（使用新的酸催化差向异构化）α-和 β-异头物

  DOI：

  10.1021/ja9612763

文献信息

• Hydrophobic, Non-Hydrogen-Bonding Bases and Base Pairs in DNA
  作者：Barbara A. Schweitzer、Eric T. Kool

  DOI：10.1021/ja00112a001

  日期：1995.2

  pyrimidines and purines in synthetic DNA duplexes. Phenyl nucleosides 1 and 2 are nonpolar isosteres of the natural thymidine nucleoside, and indole nucleoside 3 is an analog of the complementary purine 2-aminodeoxyadenosine. The nucleosides were incorporated into synthetic oligodeoxynucleotides and were paired against each other and against the natural bases. Thermal denaturation experiments were used

  我们报告了合成 DNA 双链体中嘧啶和嘌呤的疏水等排体的特性。苯基核苷 1 和 2 是天然胸苷核苷的非极性等排体，吲哚核苷 3 是互补嘌呤 2-氨基脱氧腺苷的类似物。核苷被掺入合成的寡脱氧核苷酸中，并相互配对并与天然碱基配对。热变性实验用于测量双链体在中性 pH 值下的稳定性。发现疏水性碱基类似物在与四种天然碱基配对时是非选择性的，但对彼此配对而不是与天然碱基配对时具有选择性。例如，化合物 2 选择性地与其自身配对，而不是与 A、T、G 或 C；发现这种选择性的大小为 6.5-9.3 °C，Tm 或 1.5-1。8 kcal/mol 的自由能 (25 °C)。检查了所有可能的疏水配对组合 1、2 和 3。结果显示配对亲和力取决于配对的性质和双链体中的位置。发现最高亲和力对是 1-1 和 2-2 自对和 1-2 杂对。当线对放置在双工的末端而不是内部时，稳定性最佳；不完美的空间模拟可能会破坏
• Naphthalene, Phenanthrene, and Pyrene as DNA Base Analogues:  Synthesis, Structure, and Fluorescence in DNA
  作者：Rex X.-F. Ren、Narayan C. Chaudhuri、Pamela L. Paris、Rumney、Eric T. Kool

  DOI：10.1021/ja9612763

  日期：1996.1.1

  efficient method has also been developed for epimerization of the α-anomers to β-anomers by acid-catalyzed equilibration; this isomerization is successfully carried out on the four polycyclic nucleosides as well as two substituted phenyl nucleosides. The geometry of the anomeric substitution is derived from (1)H NOE experiments and is also correlated with a single-crystal X-ray structure of one α-isomer

  我们描述了携带多环芳烃的脱氧核糖核苷的合成、结构和 DNA 掺入作为 DNA“基础”类似物。新的多环化合物是 1-萘基、2-萘基、9-菲基和 1-芘基脱氧核苷。这些化合物是使用最近开发的 C-糖苷键形成方法合成的，该方法涉及芳香族化合物的有机镉衍生物与 1α-氯代脱氧核糖前体偶联。这种偶联的主要产物是脱氧核糖苷的 α-端基异构体。还开发了一种通过酸催化平衡将 α-端基异构体差向异构化为 β-端基异构体的有效方法；这种异构化成功地对四个多环核苷以及两个取代的苯基核苷进行。异头取代的几何形状源自 (1)H NOE 实验，并且还与一种 α-异构体的单晶 X 射线结构相关。三种多环 C-核苷衍生物通过其亚磷酰胺衍生物整合到 DNA 寡核苷酸中；芘基和菲基衍生物在 DNA 序列中显示出荧光。结果 (1) 拓宽了我们的 C-糖苷偶联反应的范围，(2) 证明（使用新的酸催化差向异构化）α-和 β-异头物
• Efforts toward the Expansion of the Genetic Alphabet:  Information Storage and Replication with Unnatural Hydrophobic Base Pairs
  作者：Anthony K. Ogawa、Yiqin Wu、Dustin L. McMinn、Jianquan Liu、Peter G. Schultz、Floyd E. Romesberg

  DOI：10.1021/ja9940064

  日期：2000.4.1

  whose pairing in duplex DNA is based on interbase hydrophobic interactions. We show that the stability and selectivity of such unnatural base pairs may be comparable to, or even exceed, that of native pairs. We also demonstrate that several unnatural base pairs are incorporated into DNA by Klenow fragment of Escherichia coli DNA polymerase I with an efficiency equivalent to that of native DNA synthesis

  对互补核碱基之间的链间氢键的忠实识别构成了遗传密码的基础。复制包含稳定第三个碱基对的 DNA 的能力将允许通过用第三个补充遗传字母表的现有两个碱基对来扩展 DNA 的信息内容。我们报告了非天然核碱基的优化，其在双链 DNA 中的配对基于碱基间疏水相互作用。我们表明，这种非天然碱基对的稳定性和选择性可能与天然碱基对相当，甚至超过。我们还证明了几个非天然碱基对通过大肠杆菌 DNA 聚合酶 I 的 Klenow 片段掺入 DNA，其效率与天然 DNA 合成的效率相当。而且，