(2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(4-nitrobenzimidazol-1-yl)oxolan-3-ol | 177162-27-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: (2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(4-nitrobenzimidazol-1-yl)oxolan-3-ol
• CAS: 177162-27-5
• 化学式: C₃₃H₃₁N₃O₇
• 分子量: 581.625
• InChiKey: HBRPHLBNRRJHRY-OJDZSJEKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.2
• 重原子数：
  43
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.24
• 拓扑面积：
  121
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 、 (2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(4-nitrobenzimidazol-1-yl)oxolan-3-ol 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 0.5h， 以80%的产率得到3-[[(2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(4-nitrobenzimidazol-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile
  参考文献：
  名称：

  银（I）介导的胞嘧啶自配对优于带有人工核碱基1,3-dideaza-6-nitropurine的hoogsteen型碱基对。

  摘要：

  合成了含有1，3-二氮杂-6-硝基嘌呤的2'-脱氧核糖核苷，并将其掺入寡核苷酸中。通过依赖pD的1 H NMR光谱研究了该核苷和相应的N9-甲基化衍生物的酸碱性质。在存在和不存在Ag（I）的情况下，分别在中性和酸性条件下，通过紫外（UV）和圆二色性（CD）光谱研究了可能存在的带有胞嘧啶的Hoogsteen型碱基对。在每种情况下，均未获得形成Hoogsteen型碱基对的迹象，这归因于胞嘧啶在酸性条件下形成自身互补的半质子化碱基对的亲和力更高，并且在金属离子存在下金属介导的均质碱基对的形成。 Ag（I）。

  DOI：

  10.1080/15257770903451579
• 作为产物：
  描述：

  1-Α-氯-3,5-二-O-对甲苯甲酰基-2-脱氧-D-呋喃核糖 在 氢氧化钾 、 三(3,6-二氧杂庚基)胺 、 sodium methylate 作用下， 以 吡啶 、 甲醇 为溶剂， 反应 1.0h， 生成 (2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(4-nitrobenzimidazol-1-yl)oxolan-3-ol
  参考文献：
  名称：

  4-取代的1 H-苯并咪唑2'-脱氧核糖核苷的合成及4-硝基化合物作为通用碱的用途

  摘要：

  描述了4-取代的1 H-苯并咪唑2'-脱氧核糖核苷的立体选择性合成。形成了区域异构体（N 1和N 3）β-D-脱氧核糖核苷2a–c和3a–c。13 C-NMR 1 H-苯并咪唑2'-脱氧-β-D-呋喃呋喃糖苷的化学位移与C原子的点电荷以及环外取代基的Hammett常数相关。制备了4-硝基-1 H-苯并咪唑2'-脱氧核糖呋喃糖苷（2a）的膦酸酯和亚磷酰胺结构单元（参见4a，b）。d（A合成了20）型，其中两个中心dA碱基被4-硝基-1 H-苯并咪唑残基取代。它们与具有与4-硝基-1 H-苯并咪唑部分相反的其他常规碱基的低聚dT和相关的低聚物杂交。在这些双链体（12· 13、12 · 14、12 ·15和12·16）中，不稳定几乎与通用碱基所需的不匹配无关。热力学数据表明4-硝基-1 H-苯并咪唑残基不与相反的碱基形成氢键，而是通过堆积相互作用和有利的熵变来稳定双链体。

  DOI：

  10.1002/hlca.19960790216

文献信息

• Synthesis of 4-Substituted 1H-Benzimidazole 2?-Deoxyribonucleosides and Utility of the 4-Nitro Compound as Universal Base
  作者：Frank Seela、Werner Bourgeois、Helmut Rosemeyer、Thomas Wenzel

  DOI：10.1002/hlca.19960790216

  日期：1996.3.20

  The stereoselective synthesis of 4-substituted 1H-benzimidazole 2′-deoxyribonucleosides is described. Regioisomeric (N1 and N3) β-D-deoxyribonucleosides 2a–c and 3a–c were formed. 13C-NMR Chemical shifts of the 1H-benzimidazole 2′-deoxy-β-D-ribofuranosides were correlated with point charges of C-atoms as well as with Hammett constants of the exocyclic substituents. Phosphonate and phosphoramidite building

  描述了4-取代的1 H-苯并咪唑2'-脱氧核糖核苷的立体选择性合成。形成了区域异构体（N 1和N 3）β-D-脱氧核糖核苷2a–c和3a–c。13 C-NMR 1 H-苯并咪唑2'-脱氧-β-D-呋喃呋喃糖苷的化学位移与C原子的点电荷以及环外取代基的Hammett常数相关。制备了4-硝基-1 H-苯并咪唑2'-脱氧核糖呋喃糖苷（2a）的膦酸酯和亚磷酰胺结构单元（参见4a，b）。d（A合成了20）型，其中两个中心dA碱基被4-硝基-1 H-苯并咪唑残基取代。它们与具有与4-硝基-1 H-苯并咪唑部分相反的其他常规碱基的低聚dT和相关的低聚物杂交。在这些双链体（12· 13、12 · 14、12 ·15和12·16）中，不稳定几乎与通用碱基所需的不匹配无关。热力学数据表明4-硝基-1 H-苯并咪唑残基不与相反的碱基形成氢键，而是通过堆积相互作用和有利的熵变来稳定双链体。
• Silver(I)-Mediated Cytosine Self-Pairing is Preferred Over Hoogsteen-Type Base Pairs with the Artificial Nucleobase 1,3-Dideaza-6-Nitropurine
  作者：Dominik A. Megger、Jens Müller

  DOI：10.1080/15257770903451579

  日期：2010.1

  incorporated into oligonucleotides. The acid-base properties of this nucleoside and the corresponding N9-methylated derivative were investigated by pD-dependent 1H NMR spectroscopy. A possible formation of Hoogsteen-type base pairs with cytosine was studied by ultraviolet (UV) and circular dichroism (CD) spectroscopy in the presence and absence of Ag(I) and under neutral and acidic conditions, respectively. In

  合成了含有1，3-二氮杂-6-硝基嘌呤的2'-脱氧核糖核苷，并将其掺入寡核苷酸中。通过依赖pD的1 H NMR光谱研究了该核苷和相应的N9-甲基化衍生物的酸碱性质。在存在和不存在Ag（I）的情况下，分别在中性和酸性条件下，通过紫外（UV）和圆二色性（CD）光谱研究了可能存在的带有胞嘧啶的Hoogsteen型碱基对。在每种情况下，均未获得形成Hoogsteen型碱基对的迹象，这归因于胞嘧啶在酸性条件下形成自身互补的半质子化碱基对的亲和力更高，并且在金属离子存在下金属介导的均质碱基对的形成。 Ag（I）。