2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-(4-(6-((2,2':6',2''-terpyridin-4'-yl)oxy)hexanoyl)piperazino)-2',3'-secouridine | 1197336-32-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-(4-(6-((2,2':6',2''-terpyridin-4'-yl)oxy)hexanoyl)piperazino)-2',3'-secouridine
• 英文别名: 1-[(1R)-1-[(2S)-1-[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]-3-hydroxypropan-2-yl]oxy-2-[4-[6-(2,6-dipyridin-2-ylpyridin-4-yl)oxyhexanoyl]piperazin-1-yl]ethyl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 1197336-32-5
• 化学式: C₅₅H₅₉N₇O₉
• 分子量: 962.115
• InChiKey: AHIWPPRFMHGQBC-LMGZNZFQSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.2
• 重原子数：
  71
• 可旋转键数：
  23
• 环数：
  8.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.31
• 拓扑面积：
  178
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  13

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-(4-(6-((2,2':6',2''-terpyridin-4'-yl)oxy)hexanoyl)piperazino)-2',3'-secouridine 、 2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 4.5h， 以94%的产率得到3'-O-(2-cyanoethoxy(diisopropylamino)phosphino)-2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-(4-(6-((2,2':6',2''-terpyridin-4'-yl)oxy)hexanoyl)piperazino)-2',3'-secouridine
  参考文献：
  名称：

  解锁的核酸三联吡啶单体的合成和核酸双链体中二价金属离子的结合

  摘要：

  本文中，我们介绍了含有解锁核酸（UNA）吡啶吡啶单体的修饰寡核苷酸的合成和热稳定性研究。将该单体掺入DNA双链体的两条链中，可在添加或撤出二价金属离子时进行可逆的热稳定性调节。这种现象的可能解释是两个三联吡啶单元与金属离子之间的链间络合。该系统可用于基于DNA杂交的纳米级设备的开发。

  DOI：

  10.1021/jo9019978
• 作为产物：
  描述：

  3'-O-tert-butyldimethylsilyl-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-(4-(6-((2,2':6',2''-terpyridin-4'-yl)oxy)hexanoyl)-piperazino)-2',3'-secouridine 在 四丁基氟化铵 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 24.0h， 以88%的产率得到2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-(4-(6-((2,2':6',2''-terpyridin-4'-yl)oxy)hexanoyl)piperazino)-2',3'-secouridine
  参考文献：
  名称：

  解锁的核酸三联吡啶单体的合成和核酸双链体中二价金属离子的结合

  摘要：

  本文中，我们介绍了含有解锁核酸（UNA）吡啶吡啶单体的修饰寡核苷酸的合成和热稳定性研究。将该单体掺入DNA双链体的两条链中，可在添加或撤出二价金属离子时进行可逆的热稳定性调节。这种现象的可能解释是两个三联吡啶单元与金属离子之间的链间络合。该系统可用于基于DNA杂交的纳米级设备的开发。

  DOI：

  10.1021/jo9019978

文献信息

• Synthesis of an Unlocked Nucleic Acid Terpyridine Monomer and Binding of Divalent Metal Ion in Nucleic Acid Duplexes
  作者：Kasper K. Karlsen、Troels B. Jensen、Jesper Wengel

  DOI：10.1021/jo9019978

  日期：2009.11.20

  Herein we present the synthesis and thermal stability studies of modified oligonucleotides containing an unlocked nucleic acid (UNA) terpyridine monomer. Incorporation of this monomer into both strands of a DNA duplex allowed reversible thermal stability modulation upon addition or withdrawal of divalent metal ions. A likely explanation of this phenomenon is interstrand complexation between two terpyridine

  本文中，我们介绍了含有解锁核酸（UNA）吡啶吡啶单体的修饰寡核苷酸的合成和热稳定性研究。将该单体掺入DNA双链体的两条链中，可在添加或撤出二价金属离子时进行可逆的热稳定性调节。这种现象的可能解释是两个三联吡啶单元与金属离子之间的链间络合。该系统可用于基于DNA杂交的纳米级设备的开发。