1-[3-(4,4'-dimethoxytrityloxymethyl)-5-(hydroxymethyl)phenyl]naphthalene | 1196511-53-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 1-[3-(4,4'-dimethoxytrityloxymethyl)-5-(hydroxymethyl)phenyl]naphthalene
• 英文别名: 1-(3-Hydroxymethyl-5-(4,4'-dimethoxytrityloxy)methylphenyl)-naphthalene；[3-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-naphthalen-1-ylphenyl]methanol
• CAS: 1196511-53-1
• 化学式: C₃₉H₃₄O₄
• 分子量: 566.697
• InChiKey: RQHAFPCQDHTYDL-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  8.2
• 重原子数：
  43
• 可旋转键数：
  10
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.13
• 拓扑面积：
  47.9
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  4

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-[3-(4,4'-dimethoxytrityloxymethyl)-5-(hydroxymethyl)phenyl]naphthalene 、 2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 1.0h， 以88%的产率得到1-[3-{[(2-cyanoethoxy)(N,N-diisopropylamino)phosphanyl]oxymethyl}-5-(4,4'-dimethoxytrityloxymethyl)phenyl]naphthalene
  参考文献：
  名称：

  含有新型荧光联芳基单元的寡核苷酸的合成与性质

  摘要：

  我们描述了含有联芳基单元的寡核苷酸 (ON) 的合成和特性，这些单元由双（羟甲基）苯残基和萘或芘部分组成。我们发现通过将联芳基单元引入 ONs，芳香族发色团在 DNA 中被适当地排列。此外，我们通过使用含有联芳基单元的 ON 作为分子信标，成功地检测了 RNA 中的单碱基错配。(© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451 Weinheim, Germany, 2009)

  DOI：

  10.1002/ejoc.200900567
• 作为产物：
  描述：

  3-(3,5-Bis-tert-butyldimethylsilyloxymethylphenyl)-naphthalene 、 4,4'-双甲氧基三苯甲基氯 在 氯仿 、 水 、 碳酸氢钠 、 氯化钠 、 NaSO4 、 silica gel 作用下， 以 氯仿 为溶剂， 反应 18.0h， 以0.4293 g (0.75 mmol, 37%) of Compound (7) was isolated by silica gel chromatography (chloroform only→chloroform的产率得到1-[3-(4,4'-dimethoxytrityloxymethyl)-5-(hydroxymethyl)phenyl]naphthalene
  参考文献：
  名称：

  OLIGONUCLEOTIDE DERIVATIVE, LABELING AGENT AND USE FOR LABELING AGENT

  摘要：

  本规范的披露提供了适用于实际使用的寡核苷酸衍生物，以及荧光染料簇及其使用。本规范的披露使用包含由下式（1）表示的多个核苷酸衍生物单元的标记剂：（其中，Z表示氮原子或CH，Y表示未缩合的芳香族碳氢基团或缩合的多环碳氢基团，X1表示O，S或Se，X2表示SH（或S−），S或Se−，CI-4烷基或morpholino基团。）

  公开号：

  US20120126175A1

文献信息

• OLIGONUCLEOTIDE DERIVATIVE, LABELING AGENT AND USE FOR LABELING AGENT
  申请人：Ueno Yoshihito

  公开号：US20120126175A1

  公开（公告）日：2012-05-24

  The disclosures of the Specification provide an oligonucleotide derivative suited to practical use, as well as a fluorescent dye cluster and use therefor. The disclosures of the Specification use a labeling agent comprising a plurality of nucleotide derivative units represented by Formula (1) below: (where, Z represents a nitrogen atom or CH, Y represents an uncondensed aromatic hydrocarbon group or condensed polycyclic hydrocarbon group, X 1 represents O, S or Se, and X 2 represents SH (or S − ), S or Se − , a C I-4 alkyl or a morpholino group.)

  本规范的披露提供了适用于实际使用的寡核苷酸衍生物，以及荧光染料簇及其使用。本规范的披露使用包含由下式（1）表示的多个核苷酸衍生物单元的标记剂：（其中，Z表示氮原子或CH，Y表示未缩合的芳香族碳氢基团或缩合的多环碳氢基团，X1表示O，S或Se，X2表示SH（或S−），S或Se−，CI-4烷基或morpholino基团。）
• OLIGONUCLEOTIDE DERIVATIVE, LABELING AGENT, AND USE OF THE LABELING AGENT
  申请人：Japan Science and Technology Agency

  公开号：EP2366785A1

  公开（公告）日：2011-09-21

  The disclosures of the Specification provide an oligonucleotide derivative suited to practical use, as well as a fluorescent dye cluster and use therefor. The disclosures of the Specification use a labeling agent comprising a plurality of nucleotide derivative units represented by Formula (1) below: (where, Z represents a nitrogen atom or CH, Y represents an uncondensed aromatic hydrocarbon group or condensed polycyclic hydrocarbon group, X1 represents O, S or Se, and X2 represents SH (or S-), S or Se-, a C1-4 alkyl or a morpholino group.)

  本说明书的公开内容提供了一种适合实际使用的寡核苷酸衍生物，以及荧光染料簇及其用途。本说明书公开的内容使用一种标记剂，该标记剂由多个核苷酸衍生物单元组成，如下式（1）所示： (其中，Z 代表氮原子或 CH，Y 代表未缩合的芳香烃基团或缩合的多环烃基；X1 代表 O、S 或 Se；X2 代表 SH（或 S-）、S 或 Se-、C1-4 烷基或吗啉基）。
• US8354515B2
  申请人：——

  公开号：US8354515B2

  公开（公告）日：2013-01-15
• [EN] OLIGONUCLEOTIDE DERIVATIVE, LABELING AGENT, AND USE OF THE LABELING AGENT<br/>[FR] DÉRIVÉ D'OLIGONUCLÉOTIDE, AGENT DE MARQUAGE ET UTILISATION DE L'AGENT DE MARQUAGE
  申请人：JAPAN SCIENCE & TECH AGENCY

  公开号：WO2010055789A1

  公开（公告）日：2010-05-20

  本明細書の開示は、より実用的なオリゴヌクレオチド誘導体、ラベル化剤及びその利用を提供する。本明細書の開示によれば、以下の式（１）で表される、複数のヌクレオチド誘導体単位を備えるラベル化剤を用いる。 （ただし、式（１）中、Ｚは、窒素原子又はＣＨを表し、Ｙは、縮合していない芳香族系炭化水素基又は縮合多環系炭化水素基を表し、Ｘ1は、Ｏ、Ｓ又はＳｅを表し、Ｘ2は、ＳＨ（若しくはＳ－）、Ｓ又はＳｅ－、炭素数１～４個のアルキル基又はモルホリノ基を表す。）
• Synthesis and Properties of Oligonucleotides Containing Novel Fluorescent Biaryl Units
  作者：Yoshihito Ueno、Shinji Komatsuzaki、Keiji Takasu、Satoru Kawai、Yoshiaki Kitamura、Yukio Kitade

  DOI：10.1002/ejoc.200900567

  日期：2009.10

  describe the synthesis and properties of oligonucleotides (ONs) containing biaryl units, which are composed of a bis(hydroxymethyl)benzene residue and a naphthalene or pyrene moiety. We found that by introducing the biaryl units into the ONs, the aromatic chromophores were suitably arrayed in the DNAs. Further, we succeeded in the detection of a single-base mismatch in RNA by using the ON containing the biaryl

  我们描述了含有联芳基单元的寡核苷酸 (ON) 的合成和特性，这些单元由双（羟甲基）苯残基和萘或芘部分组成。我们发现通过将联芳基单元引入 ONs，芳香族发色团在 DNA 中被适当地排列。此外，我们通过使用含有联芳基单元的 ON 作为分子信标，成功地检测了 RNA 中的单碱基错配。(© Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, 69451 Weinheim, Germany, 2009)