5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-O⁴-isopropylthymidine | 117775-89-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-O⁴-isopropylthymidine
• 英文别名: 1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]-5-methyl-4-propan-2-yloxypyrimidin-2-one
• CAS: 117775-89-0
• 化学式: C₃₄H₃₈N₂O₇
• 分子量: 586.685
• InChiKey: BVONXWKYXKPLJW-OJDZSJEKSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.1
• 重原子数：
  43
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  99
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-(4-nitrophenyl)ethyl diisopropylphosphoramidochloridite 、 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-O⁴-isopropylthymidine 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 0.5h， 以71%的产率得到5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-O⁴-isopropylthymidine 3'-[2-(4-nitrophenyl)ethyl diisopropylphosphoramidite]
  参考文献：
  名称：

  Nucleotides, Part LXIII, New 2-(4-Nitrophenyl)ethyl(Npe)- and 2-(4-Nitrophenyl)ethoxycarbonyl(Npeoc)-Protected 2′-Deoxyribonucleosides and Their 3′-Phosphoramidites - Versatile Building Blocks for Oligonucleotide Synthesis

  摘要：

  A series of new base-protected and 5'-O-(4-monomethoxytrityl)- or 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-substituted 3'-(2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidites) and 3'-[2-(4-nitrophenyl)ethyl diisopropylphosphoramidites] 52-66 and 67-82, respectively, are prepared as potential building blocks for oligonucleotide synthesis (see Scheme). Thus, 3',5'-di-O-acyl- and N-2,3'-O,5'-O-triacyl-2'-deoxyguanosines can easily be converted into the corresponding O-6-alkyl derivatives 6, 8, 10, 12, 14, and 16 by a Mitsunobu reaction using the appropriate alcohol. Mild hydrolysis removes the acyl groups from the sugar moiety (--> 9, 11, 13, 15, and 19 (via 18), resp.) which can then be tritylated (--> 38-42) and phosphitylated (--> 57-61) in the usual manner. N-2-[2-(4-nitrophenyl)ethoxycarbonyl]-substituted and N-2-[2-(4-nitrophenyl)ethoxycarbonyl]-O-6-[2-(4-nitrophenyl)ethyl]-substituted 2'-deoxyguanosines 5 and 7, respectively, are synthesized as new starting materials for tritylation (--> 28, 35, and 37) and phosphitylation (--> 54, 56, 70, and 78). Various O-4-alkylthymidines (see 20-24) are also converted to their 5'-O-dimethoxytrityl derivatives (see 43-47) and the corresponding phosphoramidites (see 62-66 and 79-82).

  DOI：

  10.1002/(sici)1522-2675(19991215)82:12<2172::aid-hlca2172>3.0.co;2-r
• 作为产物：
  描述：

  3',5'-bis(O-tert-butyldimethylsilyl)-4-(1,2,4-1H-triazol-1-yl)-thymidine 在 吡啶 、 4-二甲氨基吡啶 、 四丁基氟化铵 、 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙腈 为溶剂， 反应 20.0h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-O⁴-isopropylthymidine
  参考文献：
  名称：

  Cytotoxic and mutagenic properties ofO⁴-alkylthymidine lesions inEscherichia colicells

  摘要：

  由于活细胞和环境中大量存在烷基化剂，DNA烷基化通常是不可避免的。在烷基化 DNA 损伤中，已知 O4-烷基胸苷 (O4-烷基dT) 在哺乳动物组织中具有高度诱变性和持久性。关于烷基的结构如何影响 O4-烷基dT 损伤的修复和复制旁路，或者后一个过程如何由跨损伤合成聚合酶调节，人们知之甚少。在此，我们合成了含有八个位点特异性插入的 O4-烷基dT 损伤的寡脱氧核糖核苷酸，并检查了它们对大肠杆菌细胞中 DNA 复制的影响。我们表明，除了 (S)-和 (R)-sBudT 之外，经过所有 O4-烷基dT 损伤的复制都是高效的，并且这些损伤导致大肠杆菌细胞中非常高频率的 dGMP 错误掺入。虽然 SOS 诱导的 DNA 聚合酶在绕过大多数 O4-烷基dT 损伤方面发挥着多余的作用，但 (S)-和 (R)-sBudT 的绕过需要 Pol V。此外，Ada 不参与任何 O4-烷基dT 的修复Ogt 能够修复 O4-MedT，并在较小程度上修复 O4-EtdT 和 O4-nPrdT，但不能修复其他 O4-烷基dT 损伤。总之，我们的研究提供了有关 O4-烷基dT 损伤修复及其被大肠杆菌复制机制识别的重要新知识。

  DOI：

  10.1093/nar/gkv941