5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-[2-(methylamino)-2-oxoethyl]-5-methyluridine | 1025783-17-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-[2-(methylamino)-2-oxoethyl]-5-methyluridine
• 英文别名: 2-(((2R,3R,4R,5R)-5-((Bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-hydroxy-2-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2h)-yl)tetrahydrofuran-3-yl)oxy)-N-methylacetamide；2-[(2R,3R,4R,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxy-2-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-N-methylacetamide
• CAS: 1025783-17-8
• 化学式: C₃₄H₃₇N₃O₉
• 分子量: 631.682
• InChiKey: JAXWIYUQKIBYAA-SSKIFPDDSA-N

物化性质

• 密度：
  1.35±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  2.6
• 重原子数：
  46
• 可旋转键数：
  12
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.32
• 拓扑面积：
  145
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  9

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-[2-(methylamino)-2-oxoethyl]-5-methyluridine 在 咪唑 、 三氟乙酸 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 19.0h， 生成 5-methyl-3'-O-[(1,1-dimethylethyl)-dimethylsilyl]-2'-O-[2-(methylamino)-2-oxoethyl]uridine
  参考文献：
  名称：

  5'-（E）-和5'-（Z）-乙烯基膦酸酯修饰的siRNA的体内合成的简便合成，几何形状和2'-取代基的体内活性

  摘要：

  （E）-乙烯基膦酸酯（（E）-VP）是一种在反义链5'端具有代谢稳定性的磷酸盐模拟物，可增强siRNA的体内效力。在这里，我们描述了一种简单的合成方法，通过利用新戊酰氧基甲基（POM）保护的VP-核苷亚磷酰胺，在标准固相合成和脱保护条件下并入在寡核苷酸的5'-末端带有乙烯基膦酸酯（VP）部分的核苷酸。POM保护提高了5'-VP修饰的寡核苷酸的范围和可扩展性，并且从更广泛的意义上说，增强了用膦酸酯部分修饰的寡核苷酸的合成。三价N-乙酰半乳糖胺缀合的小干扰RNA（GalNAc-siRNA），包含（E与类似的（Z）异构体相比，VP的几何异构体在小鼠中具有强大的RNAi介导的基因沉默，从而改善了RISC装载，尽管组织积累相似。我们还获得了结构上的见解，以了解为什么只有与5'-（E）-VP结合才能很好地耐受较大的2'-核糖替代品，例如2'- O- [2-（甲基氨基）-2-氧代乙基] 。

  DOI：

  10.1021/acs.jmedchem.7b01147
• 作为产物：
  描述：

  2'-O-[2-(methylamino)-2-oxoethyl]-5-methyluridine 、 4,4'-双甲氧基三苯甲基氯 在 吡啶 作用下， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-O-[2-(methylamino)-2-oxoethyl]-5-methyluridine
  参考文献：
  名称：

  Compounds and oligomeric compounds comprising novel nucleobases

  摘要：

  本发明涉及包含新型核碱基的核苷酸组合物以及包含至少一种此类核苷酸的寡聚合物化合物。这些寡聚合物化合物通常具有比没有这种修饰的寡聚合物化合物更强的结合亲和性能。这些寡聚合物化合物可用于调查和治疗等用途。

  公开号：

  US20040033973A1

文献信息

• Comparing In Vitro and In Vivo Activity of 2′-<i>O</i>-[2-(Methylamino)-2-oxoethyl]- and 2′-<i>O</i>-Methoxyethyl-Modified Antisense Oligonucleotides
  作者：Thazha P. Prakash、Andrew M. Kawasaki、Edward V. Wancewicz、Lijiang Shen、Brett P. Monia、Bruce S. Ross、Balkrishen Bhat、Muthiah Manoharan

  DOI：10.1021/jm701537z

  日期：2008.5.1

  A number of 2'-O-modified antisense oligonucleotides have been reported for their potential use in oligonucleotide-based therapeutics. To date, most of the in vivo data has been generated for 2'-O-MOE (2'-O-methoxyethyl)- and 2'-O-Me (2'-O-methyl)-modified ASOs (antisense oligonucleotides). We now report the synthesis and biological activity of another 2'-O-modification, namely 2'-O-[2-(methylamino)-2-oxoethyl] (2'-O-NMA). This modification resulted in an increase in the affinity of antisense oligonucleotides to complementary RNA similar to 2'-O-MOE-modified ASOs as compared to first-generation antisense oligodeoxynucleotides. The ASO modified with 2'-O-NMA reduced expression of PTEN mRNA in vitro and in vivo in a dose-dependent manner similar to 2'-O-MOE modified ASO. Importantly, toxicity parameters such as AST, ALT, organ weights, and body weights were found to be normal similar to 2'-O-MOE ASO-treated animal models. The data generated in these experiments suggest that 2'-O-NMA is a useful modification for potential application in both antisense and other oligonucleotide-based drug discovery efforts.