β-D-1-(3-methyl-pyrimido[4,5-d]pyrimido[1,6-a]indol-10-yl)-5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2-deoxyribose-3-(2-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite) | 1356140-72-1

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: β-D-1-(3-methyl-pyrimido[4,5-d]pyrimido[1,6-a]indol-10-yl)-5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2-deoxyribose-3-(2-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite)
• 英文别名: 3-[[(2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(14-methyl-5,9-dioxo-4,6,8,10-tetrazatetracyclo[8.7.0.02,7.011,16]heptadeca-1(17),2,6,11(16),12,14-hexaen-4-yl)oxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]oxypropanenitrile
• CAS: 1356140-72-1
• 化学式: C₄₉H₅₃N₆O₈P
• 分子量: 884.969
• InChiKey: XTGHDUBXJHLUOL-BPCVHGFDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7.4
• 重原子数：
  64
• 可旋转键数：
  17
• 环数：
  8.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.35
• 拓扑面积：
  149
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  10

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  1-(叔丁氧羰基)-5-甲基吲哚 在 吡啶 、 四氮唑 、 硼酸三异丙酯 、 palladium diacetate 、 sodium carbonate 、 二异丙胺 、 trisodium triphenylphosphine‐3,3′,3″‐trisulfonate 、 lithium diisopropyl amide 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 、 水 、 乙腈 为溶剂， 反应 29.0h， 生成 β-D-1-(3-methyl-pyrimido[4,5-d]pyrimido[1,6-a]indol-10-yl)-5-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2-deoxyribose-3-(2-cyanoethyl N,N-diisopropylphosphoramidite)
  参考文献：
  名称：

  DNA双链体和形成三链体的寡脱氧核苷酸结合了修饰的核苷，形成稳定且选择性的三链体†

  摘要：

  我们以前曾报道过含有非天然碱基三联体G-PPI·C3的DNA三链体，其中 生产者价格指数 是吲哚融合的 胞嘧啶 衍生物掺入DNA双链体中，C3是由三聚体形成的三链体形成寡核苷酸（TFO）的无碱基位点 丙烯链接器。在这项研究中，我们开发了一个新的非自然基础三合会A-ψ·C R1，其中ψ和C R1 是基本部分 2'-脱氧伪神经杜里定 和5-取代的 脱氧胞苷， 分别。我们检查了R1的几个吸电子取代基，发现5-溴胞嘧啶 （碳溴）可以选择性地识别ψ。此外，我们开发了新的生产者价格指数 衍生物， PPI我，在吲哚环上具有一个甲基，以便在结合了各种Watson-Crick碱基对的DNA双链体之间实现选择性的三链体形成，例如 TA， CG， -， 和 G-PPI我以及包含T，C， 碳溴和C3。我们使用紫外熔融和凝胶迁移率迁移分析研究了这些双链体和TFO之间的选择性三链体形成。

  DOI：

  10.1039/c1ob06411h

文献信息

• DNA duplexes and triplex-forming oligodeoxynucleotides incorporating modified nucleosides forming stable and selective triplexes
  作者：Takashi Kanamori、Yoshiaki Masaki、Masahiro Mizuta、Hirosuke Tsunoda、Akihiro Ohkubo、Mitsuo Sekine、Kohji Seio

  DOI：10.1039/c1ob06411h

  日期：——

  an abasic site in triplex-forming oligonucleotides (TFOs) introduced by a propylene linker. In this study, we developed a new unnatural base triad A-ψ·CR1 where ψ and CR1 are base moieties 2′-deoxypseudouridine and 5-substituted deoxycytidine, respectively. We examined several electron-withdrawing substituents for R1 and found that 5-bromocytosine (CBr) could selectively recognize ψ. In addition, we

  我们以前曾报道过含有非天然碱基三联体G-PPI·C3的DNA三链体，其中 生产者价格指数 是吲哚融合的 胞嘧啶 衍生物掺入DNA双链体中，C3是由三聚体形成的三链体形成寡核苷酸（TFO）的无碱基位点 丙烯链接器。在这项研究中，我们开发了一个新的非自然基础三合会A-ψ·C R1，其中ψ和C R1 是基本部分 2'-脱氧伪神经杜里定 和5-取代的 脱氧胞苷， 分别。我们检查了R1的几个吸电子取代基，发现5-溴胞嘧啶 （碳溴）可以选择性地识别ψ。此外，我们开发了新的生产者价格指数 衍生物， PPI我，在吲哚环上具有一个甲基，以便在结合了各种Watson-Crick碱基对的DNA双链体之间实现选择性的三链体形成，例如 TA， CG， -， 和 G-PPI我以及包含T，C， 碳溴和C3。我们使用紫外熔融和凝胶迁移率迁移分析研究了这些双链体和TFO之间的选择性三链体形成。