(R)-9-(3-(4,4′-dimethoxytrityloxy)-2-hydroxypropyl)-N6-benzoyladenine | 115233-93-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: (R)-9-(3-(4,4′-dimethoxytrityloxy)-2-hydroxypropyl)-N6-benzoyladenine
• 英文别名: N-[9-[(2R)-3-[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]-2-hydroxypropyl]purin-6-yl]benzamide
• CAS: 115233-93-7
• 化学式: C₃₆H₃₃N₅O₅
• 分子量: 615.689
• InChiKey: NZLGUIHHZARULF-GDLZYMKVSA-N

物化性质

• 密度：
  1.26±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  5.47
• 重原子数：
  46.0
• 可旋转键数：
  12.0
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.17
• 拓扑面积：
  120.62
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  9.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (R)-9-(3-(4,4′-dimethoxytrityloxy)-2-hydroxypropyl)-N6-benzoyladenine 在 1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯 、 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 乙腈 为溶剂， 反应 31.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  乙二醇核酸的 P-立体定义的硫代磷酸酯类似物——合成和结构特性†‡

  摘要：

  对映体纯、受保护的 GNA 型无环核苷（乙二醇核酸）( G N')，从 ( R )-(+)- 和 ( S )-(−)-缩水甘油和四个典型 DNA 核碱基 (Ade、 Cyt、Gua 和 Thy）被转化为 3'- O -DMT 保护的 2-硫代-4,4-五亚甲基-1,3,2-氧杂硫磷烷衍生物 (OTP- G N')，其在磷原子。这些单体通过色谱分离成P-非对映异构体，进一步用于合成P-立体定义的“二核苷”硫代磷酸酯G N PS T ( G N = G A, G C, G G, G T)。所有八个G N PS T 的磷原子的绝对构型均通过酶法建立并经过化学验证，并与 OTP- G N' 单体在硅胶上的色谱迁移率相关。 G N PS单元（源自 ( R )-(+)-缩水甘油）被引入自互补 PS-(DNA/GNA) 八聚体中，该八聚体具有预选的 P 原子绝对构型。 热解离实验表明，双链体的热力学稳定

  DOI：

  10.1039/c8ra05568h
• 作为产物：
  描述：

  4,4'-双甲氧基三苯甲基氯 在 吡啶 、 三甲基氯硅烷 、 sodium hydride 、 三乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 N,N-二甲基甲酰胺 、 mineral oil 为溶剂， 反应 38.0h， 生成 (R)-9-(3-(4,4′-dimethoxytrityloxy)-2-hydroxypropyl)-N6-benzoyladenine
  参考文献：
  名称：

  乙二醇核酸的 P-立体定义的硫代磷酸酯类似物——合成和结构特性†‡

  摘要：

  对映体纯、受保护的 GNA 型无环核苷（乙二醇核酸）( G N')，从 ( R )-(+)- 和 ( S )-(−)-缩水甘油和四个典型 DNA 核碱基 (Ade、 Cyt、Gua 和 Thy）被转化为 3'- O -DMT 保护的 2-硫代-4,4-五亚甲基-1,3,2-氧杂硫磷烷衍生物 (OTP- G N')，其在磷原子。这些单体通过色谱分离成P-非对映异构体，进一步用于合成P-立体定义的“二核苷”硫代磷酸酯G N PS T ( G N = G A, G C, G G, G T)。所有八个G N PS T 的磷原子的绝对构型均通过酶法建立并经过化学验证，并与 OTP- G N' 单体在硅胶上的色谱迁移率相关。 G N PS单元（源自 ( R )-(+)-缩水甘油）被引入自互补 PS-(DNA/GNA) 八聚体中，该八聚体具有预选的 P 原子绝对构型。 热解离实验表明，双链体的热力学稳定

  DOI：

  10.1039/c8ra05568h

文献信息

• Chirality Dependent Potency Enhancement and Structural Impact of Glycol Nucleic Acid Modification on siRNA
  作者：Mark K. Schlegel、Donald J. Foster、Alexander V. Kel’in、Ivan Zlatev、Anna Bisbe、Muthusamy Jayaraman、Jeremy G. Lackey、Kallanthottathil G. Rajeev、Klaus Charissé、Joel Harp、Pradeep S. Pallan、Martin A. Maier、Martin Egli、Muthiah Manoharan

  DOI：10.1021/jacs.7b02694

  日期：2017.6.28

  hydrogen bonding of an adjacent base pair. In addition, the GNA-T nucleobase adopts a rotated conformation in which the 5-methyl group points into the minor groove, rather than the major groove as in a normal Watson-Crick base pair. This observation of reverse Watson-Crick base pairing is further supported by thermal melting analysis of GNA-C and GNA-G containing duplexes where it was demonstrated that

  在这里，我们报告了对作为 siRNA 双链体修饰的无环核酸类似物乙二醇核酸 (GNA) 的研究。我们通过确定三个单独的晶体结构来评估 (S)-或 (R)-GNA 核苷酸掺入对 RNA 双链结构的影响。这些结构表明，(S)-核苷酸骨架采用了对整体双链体结构几乎没有影响的构象，而(R)-核苷酸破坏了相邻碱基对的磷酸骨架和氢键。此外，GNA-T 核碱基采用旋转构象，其中 5-甲基基团指向小沟，而不是正常沃森-克里克碱基对中的大沟。对含有双链体的 GNA-C 和 GNA-G 的热熔分析进一步支持了反向 Watson-Crick 碱基配对的这一观察结果，其中证明更高的热稳定性分别与异鸟嘌呤和异胞嘧啶碱基配对相关，超过了经典核碱基. 此外，还表明 GNA 核苷酸或二核苷酸掺入增加了对蛇毒磷酸二酯酶的抵抗力。与结构数据一致，用 (S)-GNA 修饰 siRNA 导致比含有 (R)-GNA 的相同序列更大的体外效力。(S)-GNA
• A Simple Glycol Nucleic Acid
  作者：Lilu Zhang、Adam Peritz、Eric Meggers

  DOI：10.1021/ja042564z

  日期：2005.3.1

  A glycol nucleic acid (GNA) with an acyclic propylene glycol phosphodiester backbone forms stable antiparallel duplexes following the Watson-Crick base pairing rules.
• Chen, Jesse J.; Cai, Xin; Szostak, Jack W., Journal of the American Chemical Society, 2009, vol. 131, p. 2119 - 2121
  作者：Chen, Jesse J.、Cai, Xin、Szostak, Jack W.

  DOI：——

  日期：——