3'-O-(diisopropylamino)phosphinoacetic acid α,α-dimethyl-β-cyanoethyl ester 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine | 411234-18-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 3'-O-(diisopropylamino)phosphinoacetic acid α,α-dimethyl-β-cyanoethyl ester 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine
• 英文别名: (1-cyano-2-methylpropan-2-yl) 2-[[(2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-[di(propan-2-yl)amino]phosphanyl]acetate
• CAS: 411234-18-9
• 化学式: C₄₄H₅₅N₄O₉P
• 分子量: 814.916
• InChiKey: IQKYFMWTPXOULM-CNGLVTPWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  6.1
• 重原子数：
  58
• 可旋转键数：
  19
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.45
• 拓扑面积：
  149
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  11

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  3'-O-(diisopropylamino)phosphinoacetic acid α,α-dimethyl-β-cyanoethyl ester 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine 在 四氮唑 、 苯基二硫化物 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 生成 [(2R,3S,5R)-3-acetyloxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-[(2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-[2-(1-cyano-2-methylpropan-2-yl)oxy-2-oxoethyl]-sulfidophosphanium
  参考文献：
  名称：

  膦酰乙酸酯和硫代膦酰乙酸酯寡脱氧核苷酸的固相化学合成

  摘要：

  Phosphonoacetate 和 thiophosphonoacetate 寡脱氧核苷酸是通过固相合成策略制备的。在 Reformatsky 反应条件下，合成了新型酯化乙酸膦酰二亚胺，并与适当保护的 5'-O-(4, 4'-二甲氧基三苯甲基)-2'-脱氧核苷缩合，生成 3'-O-膦亚酰胺反应单体。这些合成子在用四唑激活时与自动 DNA 合成仪一起使用，以在受控孔玻璃上制备膦酰乙酸修饰的核苷酸间连接。在每一步用 (1S)-(+)-(10-樟脑磺酰基)恶氮丙啶或 3H-1,2-苯二硫醇-3-one-1 定量氧化膦基乙酸酯偶联产物，1-二氧化物产生混合序列膦酰乙酸酯和硫代膦酰乙酸酯寡脱氧核苷酸，平均每循环偶联效率大于 97%。完全脱保护、修饰的寡脱氧核苷酸通过反相 HPLC 纯化，并通过离子交换 HPLC、(31) P NMR 和 MALDI/TOF 质谱进行表征。两种类似物都对蛇毒磷酸二酯酶的水解稳定并刺激

  DOI：

  10.1021/ja027983f
• 作为产物：
  描述：

  1-cyano-2-methylpropan-2-yl 2-bromoacetate 在 四氮唑 、 锌 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙醚 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 48.5h， 生成 3'-O-(diisopropylamino)phosphinoacetic acid α,α-dimethyl-β-cyanoethyl ester 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)thymidine
  参考文献：
  名称：

  膦酰乙酸酯和硫代膦酰乙酸酯寡脱氧核苷酸的固相化学合成

  摘要：

  Phosphonoacetate 和 thiophosphonoacetate 寡脱氧核苷酸是通过固相合成策略制备的。在 Reformatsky 反应条件下，合成了新型酯化乙酸膦酰二亚胺，并与适当保护的 5'-O-(4, 4'-二甲氧基三苯甲基)-2'-脱氧核苷缩合，生成 3'-O-膦亚酰胺反应单体。这些合成子在用四唑激活时与自动 DNA 合成仪一起使用，以在受控孔玻璃上制备膦酰乙酸修饰的核苷酸间连接。在每一步用 (1S)-(+)-(10-樟脑磺酰基)恶氮丙啶或 3H-1,2-苯二硫醇-3-one-1 定量氧化膦基乙酸酯偶联产物，1-二氧化物产生混合序列膦酰乙酸酯和硫代膦酰乙酸酯寡脱氧核苷酸，平均每循环偶联效率大于 97%。完全脱保护、修饰的寡脱氧核苷酸通过反相 HPLC 纯化，并通过离子交换 HPLC、(31) P NMR 和 MALDI/TOF 质谱进行表征。两种类似物都对蛇毒磷酸二酯酶的水解稳定并刺激

  DOI：

  10.1021/ja027983f