2'-O-(bis(2-acetoxyethoxy)methyl)-5'-O-[bis(trimethylsiloxy)(cyclododecyloxy)silyl]-4-N-(4,4'-dimethoxytrityl)-[3-15N,4-amino-15N]cytidine | 1005482-69-8

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 2'-O-(bis(2-acetoxyethoxy)methyl)-5'-O-[bis(trimethylsiloxy)(cyclododecyloxy)silyl]-4-N-(4,4'-dimethoxytrityl)-[3-15N,4-amino-15N]cytidine
• 英文别名: 2-[2-acetyloxyethoxy-[(2R,3R,4R,5R)-2-[4-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethyl](15N)amino]-2-oxo(315N)pyrimidin-1-yl]-5-[[cyclododecyloxy-bis(trimethylsilyloxy)silyl]oxymethyl]-4-hydroxyoxolan-3-yl]oxymethoxy]ethyl acetate
• CAS: 1005482-69-8
• 化学式: C₅₇H₈₅N₃O₁₆Si₃
• 分子量: 1154.56
• InChiKey: HBKZLCQWMIEMKX-UHUWPMDSSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  9.6
• 重原子数：
  79
• 可旋转键数：
  29
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.58
• 拓扑面积：
  210
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  16

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2'-O-(bis(2-acetoxyethoxy)methyl)-5'-O-[bis(trimethylsiloxy)(cyclododecyloxy)silyl]-4-N-(4,4'-dimethoxytrityl)-[3-15N,4-amino-15N]cytidine 、 N,N,N,N-四异丙基二氨基磷酸甲酯 在 四氮唑 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 15.0h， 以100%的产率得到2'-O-(bis(2-acetoxyethoxy)methyl)-5'-O-[bis(trimethylsiloxy)(cyclododecyloxy)silyl]-4-N-(4,4'-dimethoxytrityl)-[3-15N,4-amino-15N]cytidine 3'-(N,N-diisopropyl)methoxyphosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  用于核糖体肽基转移酶反应的同位素标记 P 位点底物的合成

  摘要：

  核糖体 P 位点底物的同位素异构体，即三核苷酸肽偶联物 CCA-pcb（Zhong, M.；Strobel, SA Org. Lett. 2006 , 8 , 55-58），已通过 26-35 个步骤设计和合成。这些包括氨基酸的 α-氢、羰基碳和羰基氧、腺苷的 O2' 和 O3' 处的单个同位素取代，以及两个胞苷的 N3 和 N4 中的远程标记。这些同位素是通过将胞苷酰-(3',5')-胞苷亚磷酰胺同位素作为常见的合成中间体与同位素取代的 A-Phe-cap-生物素 (A-pcb) 偶联来合成的。1- 13 C (Phe)、2- 2 H (Phe) 和 3,4- 15 N 2的同位素富集率高于 99%(胞苷)，2'/3'- 18 O (腺苷)为 93% ，1- 18 O (Phe)为 64% 。已开发出一种高富集 [1- 18 O 2 ] 苯丙氨酸的新合成方法。[3'- 18 O]腺苷的合

  DOI：

  10.1021/jo702070m
• 作为产物：
  描述：

  2'-O-(bis(2-acetoxyethoxy)methyl)-4-N-(4,4'-dimethoxytrityl)-[3-15N,4-amino-15N]cytidine 、 bis(trimethylsilyloxy)(cyclododecyloxy)silyl chloride 在 咪唑 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 4.3h， 以89%的产率得到2'-O-(bis(2-acetoxyethoxy)methyl)-5'-O-[bis(trimethylsiloxy)(cyclododecyloxy)silyl]-4-N-(4,4'-dimethoxytrityl)-[3-15N,4-amino-15N]cytidine
  参考文献：
  名称：

  用于核糖体肽基转移酶反应的同位素标记 P 位点底物的合成

  摘要：

  核糖体 P 位点底物的同位素异构体，即三核苷酸肽偶联物 CCA-pcb（Zhong, M.；Strobel, SA Org. Lett. 2006 , 8 , 55-58），已通过 26-35 个步骤设计和合成。这些包括氨基酸的 α-氢、羰基碳和羰基氧、腺苷的 O2' 和 O3' 处的单个同位素取代，以及两个胞苷的 N3 和 N4 中的远程标记。这些同位素是通过将胞苷酰-(3',5')-胞苷亚磷酰胺同位素作为常见的合成中间体与同位素取代的 A-Phe-cap-生物素 (A-pcb) 偶联来合成的。1- 13 C (Phe)、2- 2 H (Phe) 和 3,4- 15 N 2的同位素富集率高于 99%(胞苷)，2'/3'- 18 O (腺苷)为 93% ，1- 18 O (Phe)为 64% 。已开发出一种高富集 [1- 18 O 2 ] 苯丙氨酸的新合成方法。[3'- 18 O]腺苷的合

  DOI：

  10.1021/jo702070m