5'-O-dimethoxytrityl-N²-tert-butylphenoxyacetyl-2'-deoxyriboguanosine 3'-O-ethynylphosphinoamidite | 1384953-16-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-dimethoxytrityl-N²-tert-butylphenoxyacetyl-2'-deoxyriboguanosine 3'-O-ethynylphosphinoamidite
• 英文别名: 5’-O-dimethoxytrityl-N²-tertbutylphenoxyacetyl-2’-deoxyriboguanosine 3’-O-ethynylphosphinoamidite
• CAS: 1384953-16-5
• 化学式: C₅₁H₅₉N₆O₈P
• 分子量: 915.039
• InChiKey: KGOGINIECPSANP-BEOVIGQOSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  9.15
• 重原子数：
  66.0
• 可旋转键数：
  18.0
• 环数：
  7.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.37
• 拓扑面积：
  151.29
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  12.0

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  双二异丙基氨基氯化磷 在 四氮唑 作用下， 以 四氢呋喃 、 乙醚 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 2.25h， 生成 5'-O-dimethoxytrityl-N²-tert-butylphenoxyacetyl-2'-deoxyriboguanosine 3'-O-ethynylphosphinoamidite
  参考文献：
  名称：

  炔基膦酸酯 DNA：用于基于 DNA 的生物应用的多功能“点击”骨架

  摘要：

  与基于 DNA 的生物应用相关的主要障碍包括靶向细胞递送、不良的非特异性效应、与各种类似物或用于将寡核苷酸递送至细胞的试剂相关的毒性以及对细胞内酶的稳定性。尽管已经研究了大量不同的类似物，但尚未开发出一种可以系统地解决这些挑战的通用方法。在这篇文章中，我们提出了一种新的、可点击的、多功能的化学物质，可用于快速引入用于研究这些不同问题的多种功能。作为该方法的演示，我们合成了核心类似物，可用于引入额外的功能，三唑基膦酸酯，并提供其生物学特性的初步数据。我们开发了一种新的亚磷酰胺合成子——炔基亚磷酰胺，它与传统的固相寡核苷酸合成兼容。合成后，炔基膦酸酯可通过“点击”化学功能化以生成 1,2,3-三唑基或取代的 1,2,3-三唑基膦酸酯-2'-脱氧核糖核苷酸核苷酸间键。本手稿描述了具有 1,2,3-三唑基膦酸酯 (TP) 以及磷酸或硫代磷酸酯核苷酸间连接以及 2'-OMe 核糖核苷酸和锁核酸 (LNA)

  DOI：

  10.1021/ja3026714

文献信息

• Binding of a Telomestatin Derivative Changes the Mechanical Anisotropy of a Human Telomeric G‐Quadruplex
  作者：Sagun Jonchhe、Chiran Ghimire、Yunxi Cui、Shogo Sasaki、Mason McCool、Soyoung Park、Keisuke Iida、Kazuo Nagasawa、Hiroshi Sugiyama、Hanbin Mao

  DOI：10.1002/anie.201811046

  日期：2019.1.14

  squeezed in certain directions. Such a squeezed balloon effect strengthens the G-tetrad planes, but dislocates and weakens the loops in the G-quadruplex upon ligand binding. These dynamic interactions indicate that the binding between the ligand and G-quadruplex follows the induced-fit model. We anticipate that the altered mechanical anisotropy of the ligand-G-quadruplex complex can add additional level

  机械各向异性是生物分子在力学生物学中承担结构和功能作用的基本特性。但是，关于配体-生物分子复合物的机械各向异性的信息不足。在本文中，我们使用光镊研究了与端粒他汀结合的单个人类端粒G-四链体的机械性能。配体堆叠到G-四联体平面上会改变G-四联体的构象，该构象类似于在某些方向上挤压的气球。这种挤压的气球效应会增强G-四联体平面，但在配体结合后会移位并削弱G-四联体中的环。这些动态相互作用表明，配体和G-四链体之间的结合遵循诱导拟合模型。
• Direct Quantification of Loop Interaction and π–π Stacking for G-Quadruplex Stability at the Submolecular Level
  作者：Chiran Ghimire、Soyoung Park、Keisuke Iida、Philip Yangyuoru、Haruka Otomo、Zhongbo Yu、Kazuo Nagasawa、Hiroshi Sugiyama、Hanbin Mao

  DOI：10.1021/ja503585h

  日期：2014.11.5

  The well-demonstrated biological functions of DNA G-quadruplex inside cells call for small molecules that can modulate these activities by interacting with G-quadruplexes. However, the paucity of the understanding of the G-quadruplex stability contributed from submolecular elements, such as loops and tetraguanine (G) planes (or G-quartets), has hindered the development of small-molecule binders. Assisted by click chemistry, herein, we attached pulling handles via two modified guanines in each of the three G-quartets in human telomeric G-quadruplex. Mechanical unfolding using these handles revealed that the loop interaction contributed more to the G-quadruplex stability than the stacking of G-quartets. This result was further confirmed by the binding of stacking ligands, such as telomestatin derivatives, which led to similar mechanical stability for all three G-quartets by significant reduction of loop interactions for the top and bottom G-quartets. The direct comparison of loop interaction and G-quartet stacking in G-quadruplex provides unprecedented insights for the design of more efficient G-quadruplex-interacting molecules. Compared to traditional experiments, in which mutations are employed to elucidate the roles of specific residues in a biological molecule, our submolecular dissection offers a complementary approach to evaluate individual domains inside a molecule with fewer disturbances to the native structure.