1-((2R,4R,5R)-4-Azidomethyl-4-hydroxy-5-trityloxymethyl-tetrahydro-furan-2-yl)-5-methyl-1H-pyrimidine-2,4-dione | 853067-12-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 1-((2R,4R,5R)-4-Azidomethyl-4-hydroxy-5-trityloxymethyl-tetrahydro-furan-2-yl)-5-methyl-1H-pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 853067-12-6
• 化学式: C₃₀H₂₉N₅O₅
• 分子量: 539.591
• InChiKey: BCPZFASUVILIRR-WWPJHQMMSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.18
• 重原子数：
  40.0
• 可旋转键数：
  9.0
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.27
• 拓扑面积：
  142.31
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  7.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-((2R,4R,5R)-4-Azidomethyl-4-hydroxy-5-trityloxymethyl-tetrahydro-furan-2-yl)-5-methyl-1H-pyrimidine-2,4-dione 在 palladium on activated charcoal 吡啶 、 甲醇 、 camphor-10-sulfonic acid 、 水 、 氢气 作用下， 以 甲醇 、 二氯甲烷 为溶剂， 生成 1-(3a-hydroxy-hexahydro-furo[2,3-c]pyrrol-2-yl)-5-methyl-1H-pyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  新型桥接核酸类似物 5'-AMINO-3',5'-BNA 的合成和性质

  摘要：

  寡核苷酸P3'⇉N5'氨基磷酸酯（5'-氨基-DNA）因其在DNA测序中的应用潜力而备受关注。然而，它与互补链杂交的能力很低。为了克服 5'-氨基-DNA 的这个缺点，我们设计并成功合成了一种新型核酸类似物，它具有 P3'⇉N5' 氨基磷酸酯键和一个受约束的糖部分，5'-氨基-3'-C,5 '-N-亚甲基桥接核酸（5'-氨基-3',5'-BNA）。通过紫外熔解实验研究了 5'-amino-3',5'-BNA 对互补 DNA 和 RNA 链的结合亲和力。包含 5'-amino-3',5'-BNA 及其互补链的双链体的解链温度 (Tm) 远高于包含相应 5'-氨基-DNA 的双链体的解链温度 (Tm)。

  DOI：

  10.1081/ncn-200061836
• 作为产物：
  描述：

  5-Methyl-1-((3R,4R,6R)-4-trityloxymethyl-1,5-dioxa-spiro[2.4]hept-6-yl)-1H-pyrimidine-2,4-dione 在 sodium azide 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 1-((2R,4R,5R)-4-Azidomethyl-4-hydroxy-5-trityloxymethyl-tetrahydro-furan-2-yl)-5-methyl-1H-pyrimidine-2,4-dione
  参考文献：
  名称：

  新型桥接核酸类似物 5'-AMINO-3',5'-BNA 的合成和性质

  摘要：

  寡核苷酸P3'⇉N5'氨基磷酸酯（5'-氨基-DNA）因其在DNA测序中的应用潜力而备受关注。然而，它与互补链杂交的能力很低。为了克服 5'-氨基-DNA 的这个缺点，我们设计并成功合成了一种新型核酸类似物，它具有 P3'⇉N5' 氨基磷酸酯键和一个受约束的糖部分，5'-氨基-3'-C,5 '-N-亚甲基桥接核酸（5'-氨基-3',5'-BNA）。通过紫外熔解实验研究了 5'-amino-3',5'-BNA 对互补 DNA 和 RNA 链的结合亲和力。包含 5'-amino-3',5'-BNA 及其互补链的双链体的解链温度 (Tm) 远高于包含相应 5'-氨基-DNA 的双链体的解链温度 (Tm)。

  DOI：

  10.1081/ncn-200061836

文献信息

• Adjustment of the? Dihedral Angle of an Oligonucleotide P3??N5? Phosphoramidate Enhances Its Binding Affinity towards Complementary Strands
  作者：Satoshi Obika、Mitsuaki Sekiguchi、Roongjang Somjing、Takeshi Imanishi

  DOI：10.1002/anie.200461942

  日期：2005.3.18