N-[5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-2-trityloxymethyl-tetrahydro-furan-3-yl]-succinamic acid | 1192229-26-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: N-[5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-2-trityloxymethyl-tetrahydro-furan-3-yl]-succinamic acid
• CAS: 1192229-26-7
• 化学式: C₃₃H₃₃N₃O₇
• 分子量: 583.641
• InChiKey: KLIZLHLKAYGDBI-YIKNKFAXSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.49
• 重原子数：
  43.0
• 可旋转键数：
  11.0
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.27
• 拓扑面积：
  139.72
• 氢给体数：
  3.0
• 氢受体数：
  7.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N-[5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-2-trityloxymethyl-tetrahydro-furan-3-yl]-succinamic acid 在 1-羟基苯并三唑 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 、 三氟乙酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 29.0h， 生成 N-[[(2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl]-N'-[(2S,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]butanediamide
  参考文献：
  名称：

  具有非天然骨架的双核苷：一类新的核糖核酸酶A和血管生成素抑制剂

  摘要：

  核糖核酸酶A（RNase A）在鉴定和开发作为核糖核酸酶超家族成员的蛋白质的抑制剂中，是一种方便的模型酶。这主要是因为这些蛋白质（例如血管生成素）的生物学活性与它们的催化核糖核酸分解活性有关。为了抑制涉及新血管形成的血管生成素的生物活性，我们采用了具有不同非天然骨架的不同二核苷。这些化合物是通过将氨基核苷与二元羧酸偶联以及将氨基和羧基核苷与氨基酸偶联而合成的。这些分子表现出竞争抑制作用，其抑制常数（K i）值为（59±3）和（155±5）μM还发现该化合物与相应的K i以竞争方式抑制血管生成素值在微摩尔范围内。发现与二核苷主链连接的另一个极性基团的存在是造成与两种蛋白质紧密结合的原因。由于在两个核苷部分之间掺入了非天然骨架，因此发现了不同的核糖核酸水解亚位点的特异性发生了变化。尽管磷酸酯基团被非天然接头取代，但发现这些分子与血管生成素的核糖核酸裂解位点残基选择性相互作用，而细胞结合位点和核

  DOI：

  10.1002/chem.201102816
• 作为产物：
  描述：

  丁二酸酐 、 3'-amino-3'-deoxy-5'-O-triphenylmethyl-β-D-thymidine 在 三乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 16.0h， 以68%的产率得到N-[5-(5-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydro-2H-pyrimidin-1-yl)-2-trityloxymethyl-tetrahydro-furan-3-yl]-succinamic acid
  参考文献：
  名称：

  具有非天然骨架的双核苷：一类新的核糖核酸酶A和血管生成素抑制剂

  摘要：

  核糖核酸酶A（RNase A）在鉴定和开发作为核糖核酸酶超家族成员的蛋白质的抑制剂中，是一种方便的模型酶。这主要是因为这些蛋白质（例如血管生成素）的生物学活性与它们的催化核糖核酸分解活性有关。为了抑制涉及新血管形成的血管生成素的生物活性，我们采用了具有不同非天然骨架的不同二核苷。这些化合物是通过将氨基核苷与二元羧酸偶联以及将氨基和羧基核苷与氨基酸偶联而合成的。这些分子表现出竞争抑制作用，其抑制常数（K i）值为（59±3）和（155±5）μM还发现该化合物与相应的K i以竞争方式抑制血管生成素值在微摩尔范围内。发现与二核苷主链连接的另一个极性基团的存在是造成与两种蛋白质紧密结合的原因。由于在两个核苷部分之间掺入了非天然骨架，因此发现了不同的核糖核酸水解亚位点的特异性发生了变化。尽管磷酸酯基团被非天然接头取代，但发现这些分子与血管生成素的核糖核酸裂解位点残基选择性相互作用，而细胞结合位点和核

  DOI：

  10.1002/chem.201102816

文献信息

• Amino and carboxy functionalized modified nucleosides: A potential class of inhibitors for angiogenin
  作者：Joy Debnath、Swagata Dasgupta、Tanmaya Pathak

  DOI：10.1016/j.bioorg.2013.11.005

  日期：2014.2

  The 3'-amino and carboxy functionalize thymidines execute their ribonucleolytic inhibition activity for angiogenin. These modified nucleosidic molecules inhibit the ribonucleolytic activity of angiogenin in a competitive manner like the other conventional nucleotidic inhibitors, which have been confirmed from kinetic experiments. The improved inhibition constant (K-i) values 427 +/- 7, 775 +/- 6 mu M clearly indicate modified nucleosides are an obvious option for the designing of inhibitors of angiogenesis process. The chorioallantoic membrane (CAM) assay qualitatively suggests that amino functionalized nucleosides have an effective potency to inhibited angiogenin-induced angiogenesis. Docking studies further demonstrate the interaction of their polar amino group with the P-1 site residues of angiogenin, i.e., His-13 and His-114 residues. (C) 2013 Elsevier Inc. All rights reserved.
• Inhibition of ribonuclease A by nucleoside–dibasic acid conjugates
  作者：Joy Debnath、Swagata Dasgupta、Tanmaya Pathak

  DOI：10.1016/j.bmc.2009.08.018

  日期：2009.9

  We report the inhibition of the ribonucleolytic activity of ribonuclease A (RNase A) by nucleoside-dibasic acid conjugates for the first time. Agarose gel and precipitation assays show that the spacer length and the pK(a) of the carboxylic group have an important role in the inhibitory capacity. Kinetic experiments indicate a competitive mode of inhibition with inhibition constant (K-i) value of 132 +/- 3 mu M for Oxa-aT. Docking studies revealed that the carboxylic group of the most active compounds is within hydrogen bonding distance of His-12, Lys-41 and His-119. (C) 2009 Elsevier Ltd. All rights reserved.