5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5-{6-(dipivaloyl-5-carboxyfluoresceinamido)caproamidoprop-2-ynyl}-2'-deoxyuridine | 637330-25-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5-{6-(dipivaloyl-5-carboxyfluoresceinamido)caproamidoprop-2-ynyl}-2'-deoxyuridine
• CAS: 637330-25-7
• 化学式: C₇₀H₇₀N₄O₁₆
• 分子量: 1223.34
• InChiKey: FMDZGLKATWMMIL-QIHXITFTSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  9.14
• 重原子数：
  90.0
• 可旋转键数：
  19.0
• 环数：
  10.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.33
• 拓扑面积：
  258.34
• 氢给体数：
  4.0
• 氢受体数：
  17.0

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 、 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5-{6-(dipivaloyl-5-carboxyfluoresceinamido)caproamidoprop-2-ynyl}-2'-deoxyuridine 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 1.0h， 以93%的产率得到5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5-{6-(dipivaloyl-5-carboxyfluoresceinamido)caproamidoprop-2-ynyl}-2'-deoxyuridine-3'-(2-cyanoethyl)-N,N-(diisopropyl)phosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of fluorophore and quencher monomers for use in Scorpion primers and nucleic acid structural probes

  摘要：

  我们报告了合成单体的方法，以将荧光素和美克红融入修饰的寡核苷酸的序列和末端。这些单体已应用于固相合成荧光基寡核苷酸，用于基因分析和多链核酸结构的研究。

  DOI：

  10.1039/b301859h
• 作为产物：
  描述：

  6-氨基己酸 在 四(三苯基膦)钯 吡啶 、 sodium hydroxide 、 copper(l) iodide 、 1-羟基苯并三唑 、 1-(3-二甲基氨基丙基)-3-乙基碳二亚胺 、 三乙胺 作用下， 以 甲醇 、 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 90.0h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-5-{6-(dipivaloyl-5-carboxyfluoresceinamido)caproamidoprop-2-ynyl}-2'-deoxyuridine
  参考文献：
  名称：

  Synthesis of fluorophore and quencher monomers for use in Scorpion primers and nucleic acid structural probes

  摘要：

  我们报告了合成单体的方法，以将荧光素和美克红融入修饰的寡核苷酸的序列和末端。这些单体已应用于固相合成荧光基寡核苷酸，用于基因分析和多链核酸结构的研究。

  DOI：

  10.1039/b301859h