C40-azidohexanyl-rapamycin | 1562421-32-2

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯丙烷和聚酮 - 大环内酯内酰胺
• 英文名称: C40-azidohexanyl-rapamycin
• CAS: 1562421-32-2
• 化学式: C₅₇H₈₈N₄O₁₄
• 分子量: 1053.34
• InChiKey: KWZSWFUYTDPXOP-MCEVNTIDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  8.6
• 重原子数：
  75.0
• 可旋转键数：
  13.0
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.75
• 拓扑面积：
  250.26
• 氢给体数：
  2.0
• 氢受体数：
  15.0

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  6-叠氮基己酸 、 雷帕霉素 在 2,4,6-三氯苯甲酰氯 、 三乙胺 、 4-二甲氨基吡啶 作用下， 以 四氢呋喃 为溶剂， 反应 4.33h， 生成 C40-azidohexanyl-rapamycin
  参考文献：
  名称：

  从细胞裂解物中小分子和未纯化蛋白质靶标的组合文库中鉴定配体-靶标对

  摘要：

  我们描述了使用未纯化蛋白质 (IDUP) 进行相互作用测定的开发和验证，这是一种选择性扩增 DNA 序列的方法，可从 DNA 连接的小分子和细胞裂解物中未纯化的蛋白质靶标的混合物中识别配体+靶标对。通过在细胞裂解物中操作，IDUP 保留了天然的翻译后修饰以及与内源性结合伙伴的相互作用，从而与需要纯化蛋白质的方法相比，能够研究难以纯化的靶标并增加检测到的相互作用的潜在生物学相关性。在 IDUP 中，目标蛋白与 DNA 寡核苷酸标签相关联，或者使用 DNA 连接的抗体非共价连接，或者使用 SNAP 标签共价连接。配体-靶标结合促进自引发发夹的杂交，该发夹由 DNA 聚合酶延伸以创建包含识别靶标及其配体的序列的 DNA 链。这些编码配体+靶标对的序列通过 PCR 选择性扩增，并通过高通量 DNA 测序显示。IDUP 可以响应细胞裂解物中亲和调节接头蛋白的作用，而这在使用纯化蛋白质靶标的配体筛选或选择方法中是不存在的。在过表达

  DOI：

  10.1021/ja412934t

文献信息

• IN SITU INTERACTION DETERMINATION
  申请人：PRESIDENT AND FELLOWS OF HARVARD COLLEGE

  公开号：US20160083786A1

  公开（公告）日：2016-03-24

  Methods, reagents, compositions, and kits for in situ interaction determination (ISID) via interaction-dependent polymerase chain reaction (ID-PCR) are provided herein. ISID technology is useful for rapidly evaluating potential small molecule-target interactions from mixtures in a single solution. ISID is compatible with unpurified targets in biological samples and can be used to evaluate ligand-binding in DNA-encoded chemical libraries in cell lysates. ISID is also useful to screen ligand interactions of proteins or other molecules in their native state, including their native post-translational modifications and any interactions with accessory proteins and metabolites, in ways that better reflect their relevant biological environment. Because ISID is compatible with crude cell lysates, difficult-to-purify, poorly soluble, intrinsically unstable, and aggregation-prone targets may also be compatible with this method, without requiring truncation or other strategies used to promote heterologous expression.

  本文提供了用于通过依赖于相互作用的聚合酶链反应(ID-PCR)的原位相互作用确定(ISID)的方法、试剂、组成物和试剂盒。 ISID技术可用于快速评估单个溶液中来自混合物的潜在小分子-靶标相互作用。 ISID兼容生物样品中未纯化的靶标，并可用于评估细胞裂解物中DNA编码化学文库中的配体结合。 ISID还可用于筛选蛋白质或其他分子在其天然状态下的配体相互作用，包括其天然后翻译修饰以及与辅助蛋白质和代谢物的任何相互作用，这些方法更好地反映了它们的相关生物环境。由于ISID与粗细胞裂解物兼容，因此难以纯化、溶解度差、本质上不稳定和易于聚集的靶标也可能与该方法兼容，而无需使用截断或其他促进异源表达的策略。