(S)-1-(4-(bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)-2-hydroxybutyl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione | 1452390-85-0

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: (S)-1-(4-(bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)-2-hydroxybutyl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
• 英文别名: 1-[(2S)-4-[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]-2-hydroxybutyl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 1452390-85-0
• 化学式: C₃₀H₃₂N₂O₆
• 分子量: 516.594
• InChiKey: WMSOTERTJHNDCZ-VWLOTQADSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.8
• 重原子数：
  38
• 可旋转键数：
  11
• 环数：
  4.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.27
• 拓扑面积：
  97.3
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  6

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (S)-1-(4-(bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)-2-hydroxybutyl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione 、 双(二异丙基氨基)(2-氰基乙氧基)膦 以 二氯甲烷 为溶剂， 以73%的产率得到
  参考文献：
  名称：

  新型无环丁基核酸（BuNA）的设计，合成，生物物理和引物延伸研究†

  摘要：

  合成了一种新的核酸类似物，称为无环（S）-丁基核酸（BuNA），其由含有磷酸二酯键并带有天然核碱基的无环骨架组成。接下来，将（S）-BuNA核苷酸掺入DNA链中，研究其对双链体稳定性和结构构象变化的影响。圆二色性（CD），UV熔解和非变性凝胶电泳（天然PAGE）研究表明（S）-BuNA能够与其互补链形成双链体，而（S）-BuNA核苷酸整合到DNA双链体中却没有改变双链体的B型螺旋结构。此外，（S）-BuNA寡核苷酸和（S）-BuNA取代的DNA链被DNA聚合酶研究为引物延伸。这项研究表明，无环支架可以被酶所耐受，因此在某种程度上具有生物相容性。

  DOI：

  10.1039/c3ob41244j
• 作为产物：
  描述：

  (S)-2-(2-(bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)ethyl)oxirane 、 胸腺嘧啶 在 sodium hydride 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 以45%的产率得到(S)-1-(4-(bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)-2-hydroxybutyl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
  参考文献：
  名称：

  新型无环丁基核酸（BuNA）的设计，合成，生物物理和引物延伸研究†

  摘要：

  合成了一种新的核酸类似物，称为无环（S）-丁基核酸（BuNA），其由含有磷酸二酯键并带有天然核碱基的无环骨架组成。接下来，将（S）-BuNA核苷酸掺入DNA链中，研究其对双链体稳定性和结构构象变化的影响。圆二色性（CD），UV熔解和非变性凝胶电泳（天然PAGE）研究表明（S）-BuNA能够与其互补链形成双链体，而（S）-BuNA核苷酸整合到DNA双链体中却没有改变双链体的B型螺旋结构。此外，（S）-BuNA寡核苷酸和（S）-BuNA取代的DNA链被DNA聚合酶研究为引物延伸。这项研究表明，无环支架可以被酶所耐受，因此在某种程度上具有生物相容性。

  DOI：

  10.1039/c3ob41244j

文献信息

• Acyclic butyl nucleic acid (BuNA): a novel scaffold for A-switch
  作者：Vipin Kumar、Venkitasamy Kesavan

  DOI：10.1039/c3ra41255e

  日期：——

  The construction of an A-switch, derived from the artificial nucleic acid called acyclic Butyl Nucleic Acid (BuNA) was accomplished. The phosphoramidite building blocks of (S)-BuNA were synthesized from (R)-aspartic acid. To demonstrate its use as an A-switch, a stretch of polyadenine nucleotides of (S)-BuNA was studied by circular dichroism (CD) and ultraviolet (UV) spectroscopy under neutral and acidic conditions. Acid–base titration revealed two state transitions at pH 4.8 and highly pH-dependent structural conformation reversibility. Thermal melting (Tm) studies suggest that at neutral pH, poly BuNA(A) is a weakly organized single strand, while at low pH it adopts a highly organized and rigid structure. Furthermore, MALDI-TOF-MS data revealed intermolecular interactions which led to the formation of an A-motif composed of a double helical structure. Since BuNA does not suffer from depurination under acidic conditions, this allowed us to determine the thermodynamic parameters of the A-motif. This is the first report of the construction of an A-switch using artificial nucleic acids.

  构建了一种A开关，该开关源自一种名为无环丁基核酸（BuNA）的人工核酸。首先，合成了(S)-BuNA的磷酰胺化学构件，原料为(R)-天冬氨酸。为了展示其作为A开关的用途，研究了(S)-BuNA的聚腺苷酸核苷酸序列在中性和酸性条件下的圆二色性（CD）和紫外光（UV）光谱。酸碱滴定揭示了在pH 4.8处的两个状态转变以及高度pH依赖的结构构象可逆性。热融化（Tm）研究表明，在中性pH下，聚BuNA(A)是一个弱有序的单链，而在低pH下，它则采用高度有序和刚性结构。此外，MALDI-TOF-MS数据显示出分子间的相互作用，这导致形成了由双螺旋结构组成的A基元。由于BuNA在酸性条件下不会发生去嘌呤作用，这使我们能够确定A基元的热力学参数。这是首次报道使用人工核酸构建A开关。
• Design, synthesis, biophysical and primer extension studies of novel acyclic butyl nucleic acid (BuNA)
  作者：Vipin Kumar、Kiran R. Gore、P. I. Pradeepkumar、Venkitasamy Kesavan

  DOI：10.1039/c3ob41244j

  日期：——

  that (S)-BuNA is capable of making duplexes with its complementary strands and integration of (S)-BuNA nucleotides into DNA duplex does not alter the B-type-helical structure of the duplex. Furthermore, (S)-BuNA oligonucleotides and (S)-BuNA substituted DNA strands were studied as primer extensions by DNA polymerases. This study revealed that the acyclic scaffold is tolerated by enzymes and is therefore

  合成了一种新的核酸类似物，称为无环（S）-丁基核酸（BuNA），其由含有磷酸二酯键并带有天然核碱基的无环骨架组成。接下来，将（S）-BuNA核苷酸掺入DNA链中，研究其对双链体稳定性和结构构象变化的影响。圆二色性（CD），UV熔解和非变性凝胶电泳（天然PAGE）研究表明（S）-BuNA能够与其互补链形成双链体，而（S）-BuNA核苷酸整合到DNA双链体中却没有改变双链体的B型螺旋结构。此外，（S）-BuNA寡核苷酸和（S）-BuNA取代的DNA链被DNA聚合酶研究为引物延伸。这项研究表明，无环支架可以被酶所耐受，因此在某种程度上具有生物相容性。