N⁴-(6-aminohexyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxycytidine | 127117-79-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: N⁴-(6-aminohexyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxycytidine
• 英文别名: 4-N-(6-aminohexyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxycytidine；4-(6-aminohexylamino)-1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-hydroxyoxolan-2-yl]pyrimidin-2-one
• CAS: 127117-79-7
• 化学式: C₃₆H₄₄N₄O₆
• 分子量: 628.769
• InChiKey: SDVSTEIUBHUUEN-VOTWKOMSSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.3
• 重原子数：
  46
• 可旋转键数：
  16
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.39
• 拓扑面积：
  128
• 氢给体数：
  3
• 氢受体数：
  7

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  N⁴-(6-aminohexyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxycytidine 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 四氢呋喃 、 二氯甲烷 为溶剂， 反应 18.5h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-N⁴-[6-(2-{[2-bis(ethoxycarbonylmethylamino)ethyl]ethoxycarbonylmethylamino}acetylamino)hexyl]-2'-deoxycytidine-3'-O-(2-cyanoethyl)-N,N-diisopropylphosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  用于自动合成标记寡核苷酸的金属螯合脱氧胞苷类似物亚磷酰胺的合成

  摘要：

  合成了新的脱氧胞苷 (dC) 类似物亚磷酰胺 1-3，它带有一个乙二胺四乙酸三乙酯 [EDTA(OEt) 3 ]，通过环状-C 6 、C 2 或线性- C 6 系绳。通过这种方式，螯合碱基 dC-EDTA 可以通过自动合成以位点特异性方式插入到寡脱氧核苷酸 (ODN) 中，代替序列中的任何 dC，因此可以用于例如足迹实验。此外，还制备了具有通过环状-C 6 系链连接的二亚乙基三胺五乙酸四乙酯[DTPA(OEt) 4 ]的类似物亚磷酰胺4。验证了将 1-4 插入 ODN 的可能性。

  DOI：

  10.1055/s-2004-829143
• 作为产物：
  描述：

  1,6-己二胺 、 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-4-thio-2'-deoxyuridine 以 乙醇 为溶剂， 反应 18.0h， 以96%的产率得到N⁴-(6-aminohexyl)-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2'-deoxycytidine
  参考文献：
  名称：

  用于自动合成标记寡核苷酸的金属螯合脱氧胞苷类似物亚磷酰胺的合成

  摘要：

  合成了新的脱氧胞苷 (dC) 类似物亚磷酰胺 1-3，它带有一个乙二胺四乙酸三乙酯 [EDTA(OEt) 3 ]，通过环状-C 6 、C 2 或线性- C 6 系绳。通过这种方式，螯合碱基 dC-EDTA 可以通过自动合成以位点特异性方式插入到寡脱氧核苷酸 (ODN) 中，代替序列中的任何 dC，因此可以用于例如足迹实验。此外，还制备了具有通过环状-C 6 系链连接的二亚乙基三胺五乙酸四乙酯[DTPA(OEt) 4 ]的类似物亚磷酰胺4。验证了将 1-4 插入 ODN 的可能性。

  DOI：

  10.1055/s-2004-829143

文献信息

• 4-Aminometyl-3-Nitrobenzoic Acid—A Photocleavable Linker for Oligonucleotides Containing Combinatorial Libraries
  作者：Tatiana V. Abramova、Vladimir N. Silnikov

  DOI：10.1080/15257770500230509

  日期：2005.8

  We detail the design, synthesis, and characterization of an o-nitrobenzyl-based photolabile linker containing amine and carboxyl anchor groups. A model nucleoside monomer modified with an imidazole residue and a precursor unit linked to a heterocyclic base through a photolabile tether is constructed. Upon UV irradiation (373-365 nm), the imidazole containing part of this molecule is released.
• A Simple Synthesis of<i>N⁴</i>-(6-Aminohexyl)-2′-Deoxy-5′-<i>O</i>-(4,4′-Dimethoxytrityl)Cytidine
  作者：Jari Hovinen

  DOI：10.1080/07328319808004233

  日期：1998.7

  The title compound was synthesized by a transamination reaction between N-4-benzoyl-2'-deoxy-5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)cytidine and hexane-1,6-diamine in the presence of 1,5,7-triazabicyclo(4.4.0)dec-5-ene (TBD).
• Synthesis of Metal-Chelating Deoxycytidine-Analogue Phosphoramidites for the Automatic Synthesis of Labelled Oligonucleotides
  作者：Cesare Giordano、Cristina Del Bianco、Sara Faini、Anna Napoli、Giovanni Sindona、Luciano Cellai

  DOI：10.1055/s-2004-829143

  日期：——

  The new deoxycytidine (dC) analogue phosphoramidites 1-3 were synthesized, which bear an ethylenediaminetetraacetic acid triethyl ester [EDTA(OEt) 3 ] attached to the exocyclic amino group through either a cyclic-C 6 , a C 2 , or a linear-C 6 tether. By this way, the chelating base dC-EDTA can be inserted, by automatic synthesis, in a site-specific manner into oligodeoxynucleotides (ODNs), in place

  合成了新的脱氧胞苷 (dC) 类似物亚磷酰胺 1-3，它带有一个乙二胺四乙酸三乙酯 [EDTA(OEt) 3 ]，通过环状-C 6 、C 2 或线性- C 6 系绳。通过这种方式，螯合碱基 dC-EDTA 可以通过自动合成以位点特异性方式插入到寡脱氧核苷酸 (ODN) 中，代替序列中的任何 dC，因此可以用于例如足迹实验。此外，还制备了具有通过环状-C 6 系链连接的二亚乙基三胺五乙酸四乙酯[DTPA(OEt) 4 ]的类似物亚磷酰胺4。验证了将 1-4 插入 ODN 的可能性。