[[(2R,3S,4R,5R)-3,4-dihydroxy-5-[2-oxo-4-(phenylmethoxyamino)pyrimidin-1-yl]oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] [[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] hydrogen phosphate

• 分子结构分类: 有机化合物 - 核苷、核苷酸和类似物 - （5'->5'）-二核苷酸
• 英文名称: [[(2R,3S,4R,5R)-3,4-dihydroxy-5-[2-oxo-4-(phenylmethoxyamino)pyrimidin-1-yl]oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] [[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] hydrogen phosphate
• 化学式: C₂₅H₃₂N₅O₂₀P₃
• 分子量: 815.472
• InChiKey: PAOIUUIZGOVIOK-XIZJPJQXSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  -6.4
• 重原子数：
  53
• 可旋转键数：
  16
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.44
• 拓扑面积：
  352
• 氢给体数：
  9
• 氢受体数：
  20

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  胞苷 在 吡啶 、 磷酸三甲酯 、 磷酸 、 1,8-双二甲氨基萘 、 N,N'-二环己基碳二亚胺 、 三氯氧磷 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 生成 [[(2R,3S,4R,5R)-3,4-dihydroxy-5-[2-oxo-4-(phenylmethoxyamino)pyrimidin-1-yl]oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] [[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] hydrogen phosphate
  参考文献：
  名称：

  4-Alkyloxyimino-cytosine nucleotides: tethering approaches to molecular probes for the P2Y6 receptor

  摘要：

  4-烷氧亚氨基嘧啶核苷酸衍生物作为某些G蛋白偶联P2Y受体（P2YRs）的激动剂显示出高度效力。为了对P2Y6R激动剂进行荧光标记，我们在两个位置（胞苷衍生物的N4位和γ-磷酸基团）上探查了包括炔烃在内的各种功能团，用于点击化学反应。在CDP的嘧啶核碱4位上进行扩展亚氨基取代，相比于CTP衍生物中的γ-磷酸酯形成，通常更好地保持了P2Y6R的效力。荧光染料Alexa Fluor 488的共轭物16激活了在1321N1人星形胶质瘤细胞中表达的人P2Y6R，其EC50为9 nM，并且对这种受体的选择性远高于其他由尿嘧啶核苷酸激活的P2Y受体。流式细胞术检测到16对表达P2Y6R的细胞有特异性标记，而对野生型1321N1细胞无标记。此外，共聚焦显微镜显示16被内化（半衰期18分钟）并有表面结合的荧光。已知的P2Y6R配体抑制标记。16与P2Y6R的同源模型的理论对接预测了荧光团与TM3的外部部分之间的静电相互作用。因此，我们确定了N4-苄氧基团作为合成功能化类似物的结构容许位点，从而得到用于研究P2Y6R的高亲和力分子探针。

  DOI：

  10.1039/c3md00132f

文献信息

• 4-Alkyloxyimino-cytosine nucleotides: tethering approaches to molecular probes for the P2Y6 receptor
  作者：P. Suresh Jayasekara、Matthew O. Barrett、Christopher B. Ball、Kyle A. Brown、Eszter Kozma、Stefano Costanzi、Lucia Squarcialupi、Ramachandran Balasubramanian、Hiroshi Maruoka、Kenneth A. Jacobson

  DOI：10.1039/c3md00132f

  日期：——

  4-Alkyloxyimino derivatives of pyrimidine nucleotides display high potency as agonists of certain G protein-coupled P2Y receptors (P2YRs). In an effort to functionalize a P2Y6R agonist for fluorescent labeling, we probed two positions (N4 and γ-phosphate of cytidine derivatives) with various functional groups, including alkynes for click chemistry. Functionalization of extended imino substituents at the 4 position of the pyrimidine nucleobase of CDP preserved P2Y6R potency generally better than γ-phosphoester formation in CTP derivatives. Fluorescent Alexa Fluor 488 conjugate 16 activated the human P2Y6R expressed in 1321N1 human astrocytoma cells with an EC50 of 9 nM, and exhibited high selectivity for this receptor over other uridine nucleotide-activated P2Y receptors. Flow cytometry detected specific labeling with 16 to P2Y6R-expressing but not to wild-type 1321N1 cells. Additionally, confocal microscopy indicated both internalized 16 (t1/2 of 18 min) and surface-bound fluorescence. Known P2Y6R ligands inhibited labeling. Theoretical docking of 16 to a homology model of the P2Y6R predicted electrostatic interactions between the fluorophore and extracellular portion of TM3. Thus, we have identified the N4-benzyloxy group as a structurally permissive site for synthesis of functionalized congeners leading to high affinity molecular probes for studying the P2Y6R.

  4-烷氧亚氨基嘧啶核苷酸衍生物作为某些G蛋白偶联P2Y受体（P2YRs）的激动剂显示出高度效力。为了对P2Y6R激动剂进行荧光标记，我们在两个位置（胞苷衍生物的N4位和γ-磷酸基团）上探查了包括炔烃在内的各种功能团，用于点击化学反应。在CDP的嘧啶核碱4位上进行扩展亚氨基取代，相比于CTP衍生物中的γ-磷酸酯形成，通常更好地保持了P2Y6R的效力。荧光染料Alexa Fluor 488的共轭物16激活了在1321N1人星形胶质瘤细胞中表达的人P2Y6R，其EC50为9 nM，并且对这种受体的选择性远高于其他由尿嘧啶核苷酸激活的P2Y受体。流式细胞术检测到16对表达P2Y6R的细胞有特异性标记，而对野生型1321N1细胞无标记。此外，共聚焦显微镜显示16被内化（半衰期18分钟）并有表面结合的荧光。已知的P2Y6R配体抑制标记。16与P2Y6R的同源模型的理论对接预测了荧光团与TM3的外部部分之间的静电相互作用。因此，我们确定了N4-苄氧基团作为合成功能化类似物的结构容许位点，从而得到用于研究P2Y6R的高亲和力分子探针。