Direct-to-Biology Accelerates PROTAC Synthesis and the Evaluation of Linker Effects on Permeability and Degradation
作者:Charles E. Hendrick、Jeff R. Jorgensen、Charu Chaudhry、Iulia I. Strambeanu、Jean-Francois Brazeau、Jamie Schiffer、Zhicai Shi、Jennifer D. Venable、Scott E. Wolkenberg
DOI:10.1021/acsmedchemlett.2c00124
日期:2022.7.14
A platform to accelerate optimization of proteolysis targeting chimeras (PROTACs) has been developed using a direct-to-biology (D2B) approach with a focus on linker effects. A large number of linker analogs─with varying length, polarity, and rigidity─were rapidly prepared and characterized in four cell-based assays by streamlining time-consuming steps in synthesis and purification. The expansive dataset
使用直接生物学(D2B)方法开发了一个加速优化蛋白水解靶向嵌合体(PROTAC)的平台,重点关注链接效应。通过简化耗时的合成和纯化步骤,在四种基于细胞的测定中快速制备并表征了大量具有不同长度、极性和刚性的接头类似物。广泛的数据集提供了有关细胞内 E3 连接酶靶标参与、降解、渗透性和细胞毒性的接头结构-活性关系 (SAR) 的信息。发现了链接器 SAR 的意外方面,与“链接器学”的文献报道一致,并且该方法极大地加速了经验优化。物理化学性质趋势出现,该平台有潜力快速扩展更复杂预测模型的训练集。我们进行了深入的验证研究,并确认 D2B 平台是加速 PROTAC 设计-制造-测试周期的宝贵工具。