Methyl 3-[4-({3-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethoxy]propyl}{4-[(2-chloro-4-nitrophenyl)diazenyl]phenyl}amino)butanoyl]pyrrolo[4,5-e]indoline-7-carboxylate | 344436-59-5

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: Methyl 3-[4-({3-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethoxy]propyl}{4-[(2-chloro-4-nitrophenyl)diazenyl]phenyl}amino)butanoyl]pyrrolo[4,5-e]indoline-7-carboxylate
• 英文别名: methyl 6-[4-[N-[3-[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]propyl]-4-[(2-chloro-4-nitrophenyl)diazenyl]anilino]butanoyl]-7,8-dihydro-3H-pyrrolo[3,2-e]indole-2-carboxylate
• CAS: 344436-59-5
• 化学式: C₅₂H₄₉ClN₆O₈
• 分子量: 921.449
• InChiKey: MTLSHSZKZHOWTM-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  10.8
• 重原子数：
  67
• 可旋转键数：
  19
• 环数：
  8.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.23
• 拓扑面积：
  164
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  11

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  Methyl 3-[4-({3-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethoxy]propyl}{4-[(2-chloro-4-nitrophenyl)diazenyl]phenyl}amino)butanoyl]pyrrolo[4,5-e]indoline-7-carboxylate 在 lithium hydroxide 、 柠檬酸 作用下， 以 四氢呋喃 、 甲醇 、 水 为溶剂， 反应 1.5h， 生成
  参考文献：
  名称：

  Fluorescent quenching detection reagents and methods

  摘要：

  寡核苷酸-荧光素-猝灭剂共轭物，其中荧光素部分的发射波长在大约300到800纳米范围内，或者猝灭剂包括取代的4-(苯基重氮基)苯胺结构，在杂交和相关测定中提供了改善的信噪比和其他有利特性。这些寡核苷酸-荧光素-猝灭剂共轭物可以通过利用基于取代的4-(苯基重氮基)苯胺结构的新型磷酸酰胺试剂合成，或者利用基于取代香豆素、取代7-羟基-3H-苯并噁唑-3-酮或取代5,10-二氢-10-[苯基]吡啶[2,3-d;6,5-d']二嘧啶-2,4,6,8-(1H,3H,7H,9H,10H)-四酮结构的新型磷酸酰胺试剂合成。包括吡咯并[4,5-e]吲哚-7-基)吡咯并[4,5-e]吲哚-7-基)吡咯并[4,5-e]吲哚-7-羧酸酯(DPI3)部分作为次生沟结合剂和取代的4-(苯基重氮基)苯胺部分作为猝灭剂的寡核苷酸-荧光素-猝灭剂-次生沟结合剂共轭物已经合成，并具有显着改善的杂交和信噪比特性。

  公开号：

  US06699975B2
• 作为产物：
  描述：

  2,3,4,5,6-pentafluorophenyl 4-({3-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethoxy]propyl}{4-[(2-chloro-4-nitrophenyl)diazenyl]phenyl}amino)butanoate 、 methyl 1,2-dihydro-3H-pyrrolo<3,2-e>indole-7-carboxylate 在 三乙胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 20.0h， 以87%的产率得到Methyl 3-[4-({3-[bis(4-methoxyphenyl)phenylmethoxy]propyl}{4-[(2-chloro-4-nitrophenyl)diazenyl]phenyl}amino)butanoyl]pyrrolo[4,5-e]indoline-7-carboxylate
  参考文献：
  名称：

  Fluorescent quenching detection reagents and methods

  摘要：

  寡核苷酸-荧光素-猝灭剂共轭物，其中荧光素部分的发射波长在大约300到800纳米范围内，或者猝灭剂包括取代的4-(苯基重氮基)苯胺结构，在杂交和相关测定中提供了改善的信噪比和其他有利特性。这些寡核苷酸-荧光素-猝灭剂共轭物可以通过利用基于取代的4-(苯基重氮基)苯胺结构的新型磷酸酰胺试剂合成，或者利用基于取代香豆素、取代7-羟基-3H-苯并噁唑-3-酮或取代5,10-二氢-10-[苯基]吡啶[2,3-d;6,5-d']二嘧啶-2,4,6,8-(1H,3H,7H,9H,10H)-四酮结构的新型磷酸酰胺试剂合成。包括吡咯并[4,5-e]吲哚-7-基)吡咯并[4,5-e]吲哚-7-基)吡咯并[4,5-e]吲哚-7-羧酸酯(DPI3)部分作为次生沟结合剂和取代的4-(苯基重氮基)苯胺部分作为猝灭剂的寡核苷酸-荧光素-猝灭剂-次生沟结合剂共轭物已经合成，并具有显着改善的杂交和信噪比特性。

  公开号：

  US06699975B2

文献信息

• Fluorescent quenching detection reagents and methods
  申请人：Epoch Biosciences, Inc.

  公开号：US06699975B2

  公开（公告）日：2004-03-02

  Oligonucleotide-fluorophore-quencher conjugates wherein the fluorophore moiety has emission wavelengths in the range of about 300 to about 800 nm, and or where the quencher includes a substituted 4-(phenyldiazenyl)phenylamine structure provide improved signal to noise ratios and other advantageous characteristics in hybridization and related assays. The oligonucleotide-fluorophore-quencher conjugates can be synthesized by utilizing novel phosphoramidite reagents that incorporate the quencher moiety based on the substituted 4-(phenyidiazenyl)phenylamine structure, and or novel phosphoramidite reagents that incorporate a fluorophore moiety based on the substituted coumarin, substituted 7-hydroxy-3H-phenoxazin-3-one, or substituted 5,10-dihydro-10-[phenyl]pyrido[2,3-d;6,5-d′]dipyrimidine-2,4,6,8-(1H,3H,7H,9H,10H)-tetrone structure. Oligonucleotide-fluorophore-quencher-minor groove binder conjugates including a pyrrolo[4,5-e]indolin-7-yl}carbonyl) pyrrolo[4,5-e]indolin-7-yl]carbonyl}pyrrolo[4,5-e]indoline-7-carboxylate (DPI3) moiety as the minor groove binder and the substituted 4-(phenyldiazenyl)phenylamine moiety as the quencher, were synthesized and have substantially improved hybridization and signal to noise ratio properties.

  寡核苷酸-荧光素-猝灭剂共轭物，其中荧光素部分的发射波长在大约300到800纳米范围内，或者猝灭剂包括取代的4-(苯基重氮基)苯胺结构，在杂交和相关测定中提供了改善的信噪比和其他有利特性。这些寡核苷酸-荧光素-猝灭剂共轭物可以通过利用基于取代的4-(苯基重氮基)苯胺结构的新型磷酸酰胺试剂合成，或者利用基于取代香豆素、取代7-羟基-3H-苯并噁唑-3-酮或取代5,10-二氢-10-[苯基]吡啶[2,3-d;6,5-d']二嘧啶-2,4,6,8-(1H,3H,7H,9H,10H)-四酮结构的新型磷酸酰胺试剂合成。包括吡咯并[4,5-e]吲哚-7-基)吡咯并[4,5-e]吲哚-7-基)吡咯并[4,5-e]吲哚-7-羧酸酯(DPI3)部分作为次生沟结合剂和取代的4-(苯基重氮基)苯胺部分作为猝灭剂的寡核苷酸-荧光素-猝灭剂-次生沟结合剂共轭物已经合成，并具有显着改善的杂交和信噪比特性。