(S)-4-(3-(1H-phenanthro[9,10-d]imidazol-2-yl)-1H-indol-1-yl)-1-(bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)butan-2-yl 2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite | 1356140-20-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: (S)-4-(3-(1H-phenanthro[9,10-d]imidazol-2-yl)-1H-indol-1-yl)-1-(bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)butan-2-yl 2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite
• CAS: 1356140-20-9
• 化学式: C₅₇H₅₈N₅O₅P
• 分子量: 924.092
• InChiKey: VACFDOVMHUGNRP-QRITZFNDSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  13.57
• 重原子数：
  68.0
• 可旋转键数：
  20.0
• 环数：
  9.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.26
• 拓扑面积：
  106.79
• 氢给体数：
  1.0
• 氢受体数：
  9.0

反应信息

• 作为产物：
  描述：

  (S)-4-(3-(1H-phenanthro[9,10-d]imidazol-2-yl)-1H-indol-1-yl)butane-1,2-diol 在 吡啶 、 二异丙基铵盐四氮唑 、 氨 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 72.0h， 生成 (S)-4-(3-(1H-phenanthro[9,10-d]imidazol-2-yl)-1H-indol-1-yl)-1-(bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)butan-2-yl 2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite
  参考文献：
  名称：

  3-（1 H-菲[9,10 - d ]咪唑-2-基）-1 H-吲哚嵌入剂与三链寡核苷酸和三向连接物的缀合

  摘要：

  通过吲哚-3-羧醛的经典烷基化反应，然后与菲-9,10-进行缩合反应，合成了一种新的嵌入的核酸单体M，其包含4-（1-吲哚）-丁烷-1,2-二醇部分。在乙酸铵存在下的二酮形成连接到吲哚环的菲并咪唑部分。将新的嵌入剂作为凸起插入形成三链体的寡核苷酸中，从而导致相应的Hoogsteen型三链体具有良好的热稳定性。分子建模支持M的可能的插入能力。DNA / DNA和RNA / DNA三向连接（TWJ）与M的杂交特性 还通过它们在pH 7时的热稳定性来评估在分支点的温度。与野生型寡核苷酸相比，DNA / DNA TWJ的热稳定性提高，而RNA / DNA TWJ则不是这样。

  DOI：

  10.1016/j.bmc.2011.11.013