(+/-)-O¹-dimethoxytrityl-3-amino-1,2-propanediol | 167700-41-6

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: (+/-)-O¹-dimethoxytrityl-3-amino-1,2-propanediol
• 英文别名: 3-amino-1-[bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy]propan-2-ol；(+/-)-3-amino-1-(4,4'-dimethoxytriphenylmethyl)-2-propanediol；1-amino-3-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-2,3-propanediol；1-amino-3-O-(4,4'-dimethoxytrityl)propan-2-ol；1-amino-3-(bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)propan-2-ol；1-Amino-3-[bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy]propan-2-ol；1-amino-3-[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]propan-2-ol
• CAS: 167700-41-6
• 化学式: C₂₄H₂₇NO₄
• 分子量: 393.483
• InChiKey: SHVFBHJXXUTEIO-UHFFFAOYSA-N

物化性质

• 沸点：
  586.2±50.0 °C(Predicted)
• 密度：
  1.163±0.06 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.1
• 重原子数：
  29
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.25
• 拓扑面积：
  73.9
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  (+/-)-O¹-dimethoxytrityl-3-amino-1,2-propanediol 在 二异丙基铵盐四氮唑 、 三乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 14.0h， 生成
  参考文献：
  名称：

  含亲电基团的寡脱氧核苷酸的合成

  摘要：

  通过使用1,3-二噻二-2-基-甲氧基羰基（Dmoc）作为保护基和寡聚脱氧核苷酸（ODN）合成的连接基，可以在非亲核氧化条件下实现脱保护和裂解。亲核试剂敏感的硫酯和α-氯乙酰基可方便地并入ODN序列中。该技术对于亲电子ODN合成可能是普遍有用的。

  DOI：

  10.1021/acs.orglett.6b01878
• 作为产物：
  描述：

  (+/-)-N-fluorenylmethoxycarbonyl-O¹-dimethoxytrityl-3-amino-1,2-propanediol 在 哌啶 作用下， 反应 1.0h， 以100%的产率得到(+/-)-O¹-dimethoxytrityl-3-amino-1,2-propanediol
  参考文献：
  名称：

  Shchepinov, M. S.; Esipov, D. S.; Korobko, V. G., Russian Journal of Bioorganic Chemistry, 1994, vol. 20, # 8-9, p. 520 - 528

  摘要：

  DOI：

文献信息

• SENSITIVE OLIGONUCLEOTIDE SYNTHESIS USING SULFUR-BASED FUNCTIONS AS PROTECTING GROUPS AND LINKERS
  申请人：Fang Shiyue

  公开号：US20210032281A1

  公开（公告）日：2021-02-04

  Embodiments for the synthesis of sensitive oligonucleotides as well as insensitive oligonucleotides are provided. Sulfur-based groups are used for the protection of exo-amino groups of nucleobases, phosphate groups and 2′-OH groups, and as cleavable linker for linking oligonucleotides to a support. Oligonucleotide syntheses are achieved under typical conditions using phosphoramidite chemistry with important modifications. To prevent replacing sulfur-based protecting groups by acyl groups via cap-exchange, special capping agents are used. To retain hydrophobic tag to assist RP HPLC purification, special phosphoramidites are used in the last synthetic cycle. With the sulfur-based groups for protection and linking, oligonucleotide deprotection and cleavage are achieved via oxidation followed by beta-elimination under mild conditions. Therefore, besides for insensitive oligonucleotide synthesis, the embodiments of the invention are capable for the synthesis of oligonucleotide analogs containing sensitive functional groups that cannot survive the harsh conditions used in prior art oligonucleotide synthesis technologies.

  本发明提供了用于合成敏感寡核苷酸和不敏感寡核苷酸的实施方案。使用基于硫的基团来保护核苷酸碱基的exo-氨基团、磷酸基团和2′-OH基团，并且作为可裂解的连接剂将寡核苷酸连接到支持物上。寡核苷酸的合成是在典型条件下使用磷酰亚胺化学进行的，并进行了重要的修改。为了防止通过帽交换将基于硫的保护基团替换为酰基，使用了特殊的封端剂。为了保留亲脂性标签以协助反相高效液相色谱（RP HPLC）纯化，在最后的合成周期中使用了特殊的磷酰亚胺。使用基于硫的基团进行保护和连接，寡核苷酸的脱保护和裂解是通过氧化随后在温和条件下进行beta-消除实现的。因此，除了用于不敏感寡核苷酸的合成外，本发明的实施方案还能够合成包含在先前的寡核苷酸合成技术中使用的严酷条件下无法存活的敏感功能团的寡核苷酸类似物。
• Synthesis of DNA with Phenanthridinium as an Artificial DNA Base
  作者：Robert Huber、Nicole Amann、Hans-Achim Wagenknecht

  DOI：10.1021/jo0355404

  日期：2004.2.1

  expected similarity of the synthetic phenanthridinium moiety with noncovalently bound ethidium. More importantly, the results show clearly that the artificial phenanthridinium base is intercalated within the DNA base stack. The counterbase as part of the complementary strand seems to have only a minor influence on the intercalation properties of the phenanthridinium moiety.

  从3,8-二氨基-6-苯基-菲啶开始合成含有菲啶鎓的DNA构件，作为乙啶核苷类似物。使用该构件，通过自动化的固相亚磷酰胺化学制备带有菲啶鎓部分作为人工DNA碱基的寡核苷酸。修饰的含菲啶鎓的DNA双链体通过紫外/可见吸收光谱（包括熔融行为），CD光谱和稳态荧光光谱进行表征。这些实验揭示了合成的菲啶鎓部分与非共价结合的乙锭的预期相似性。更重要的是，结果清楚地表明，人工菲啶碱基插入了DNA碱基堆栈中。
• Amide group assisted 3′-dephosphorylation of oligonucleotides synthesized on universal A-supports
  作者：Alex V Azhayev、Maxim L Antopolsky

  DOI：10.1016/s0040-4020(01)00409-4

  日期：2001.6

  (±)-3-Amino-1-(4,4′-dimethoxytriphenylmethyl)-2-propanediol was attached to succinylated alkylamino-controlled pore glass via the second amide bond. The resulting solid phase was acylated to give seven new universal solid supports, compatible with the preparation of all common types of oligodeoxyribonucleotides. These resins allow for fast elimination of the 3′-terminal phosphodiester or phosphorothioate

  通过第二酰胺键将（±）-3-氨基-1-（4,4'-二甲氧基三苯基甲基）-2-丙二醇连接到琥珀酰化的烷基氨基控制的孔玻璃上。将所得固相酰化，得到七个新的通用固相支持物，与所有常见类型的寡脱氧核糖核苷酸的制备相容。这些树脂允许在室温下通过甲醇中的氨快速消除3'-末端磷酸二酯或硫代磷酸酯的功能。
• ——
  作者：Yu. Yu. Agapkina、D. V. Agapkin、A. V. Zagorodnikov、Ya. I. Alekseev、G. A. Korshunova、M. B. Gottikh

  DOI：10.1023/a:1019539707586

  日期：——

  duplex, a substrate of the HIV-1 integrase, in the presence of this enzyme resulted in the covalent DNA-protein complex. The oligonucleotides with the 1-(4-(3-(trifluoromethyl)-3H-diazirin-3-yl)benzamido)-2,3-propanediol moiety in their chains can be used for the photoaffinity modification of both nucleic acids and proteins that recognize them. The English version of the paper: Russian Journal of Bioorganic

  合成了1-（4-（3-（三氟甲基）-3H-二氮杂-3-基）苯甲酰胺基）-3-O-（4,4'-二甲氧基三苯甲基）-2,3-丙二醇亚磷酰胺并将其用作修饰单元在寡聚脱氧核糖核苷酸的自动合成中。获得了被芳基（三氟甲基）重氮基（ATFMD）取代的具有不同数目的2,3-丙二醇部分的十五碳五烷基酯，并研究了其与（dA）15的双链体的热稳定性。已显示一个ATFMD-丙二醇残基可将双链体的热稳定性降低8-9摄氏度。发现含有350nm波长的紫外线对含ATFMD的双链体的照射会引起该双链体的交联反应。含有ATFMD的链与互补链并形成交联的双链体。光修饰效率与寡核苷酸序列无关，每个ATFMD组提供5％的交联。在存在这种酶的情况下，辐照含有ATFMD的双链体（HIV-1整合酶的底物）会产生共价DNA-蛋白质复合物。链中具有1-（4-（3-（三氟甲基）-3H-二氮杂-3-基）苯甲酰胺基）-2,3-丙二醇部分的寡核苷酸
• Novel Cluster and Monomer-Based GalNAc Structures Induce Effective Uptake of siRNAs in Vitro and in Vivo
  作者：Vivek K. Sharma、Maire F. Osborn、Matthew R. Hassler、Dimas Echeverria、Socheata Ly、Egor A. Ulashchik、Yury V. Martynenko-Makaev、Vadim V. Shmanai、Timofei S. Zatsepin、Anastasia Khvorova、Jonathan K. Watts

  DOI：10.1021/acs.bioconjchem.8b00365

  日期：2018.7.18

  and four others using a GalNAc phosphoramidite monomer that was readily assembled into tri- or tetravalent designs during solid phase oligonucleotide synthesis. We compared these compounds to a clinically used trivalent GalNAc cluster both in vitro and in vivo. In vitro, cluster-based and phosphoramidite-based scaffolds show a similar rate of internalization in primary hepatocytes, with membrane binding

  GalNAc偶联正在成为将治疗性寡核苷酸递送至肝细胞的主要策略。GalNAc配体的结构和化合价有助于缀合物的效价。在这里，我们展示了使用两种不同合成策略的一组多价GalNAc变体。具体而言，我们提出了一种基于结合有载体的三价GalNAc簇的新型共轭物，以及使用固相寡核苷酸合成过程中很容易组装成三价或四价设计的GalNAc亚磷酰胺单体的其他四个共轭物。我们在体外和体内将这些化合物与临床使用的三价GalNAc簇进行了比较。在体外，基于簇和基于亚磷酰胺的支架在原代肝细胞中显示出相似的内在化速率，最早在5分钟时就观察到了膜结合。所有测试的化合物均具有有效的剂量依赖性沉默作用，1周后可从肝中回收2–4％的注射剂量。相对于通过亚磷酰胺化学组装的二价，三价或四价GalNAc缀合物，两个预组装的三价GalNAc簇显示出更高的组织积累和基因沉默。