1-((2R,3S,4S,5R)-5-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-fluoro-3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione | 1298015-60-7

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 1-((2R,3S,4S,5R)-5-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-fluoro-3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
• 英文别名: 1-(5'-O-dimethoxytrityl-3'-deoxy-3'-fluoro-β-D-ribofuranosyl)uracil；5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-deoxy-3'-fluorouridine；DMT(-5)Ribf3F(b)-uracil-1-yl；1-[(2R,3S,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-fluoro-3-hydroxyoxolan-2-yl]pyrimidine-2,4-dione
• CAS: 1298015-60-7
• 化学式: C₃₀H₂₉FN₂O₇
• 分子量: 548.568
• InChiKey: BUGAQEQILSWXLD-YULOIDQLSA-N

物化性质

• 密度：
  1.38±0.1 g/cm3(Predicted)

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  3.6
• 重原子数：
  40
• 可旋转键数：
  9
• 环数：
  5.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.27
• 拓扑面积：
  107
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  8

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  1-((2R,3S,4S,5R)-5-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-fluoro-3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione 、 2-氰乙基N,N-二异丙基氯亚磷酰胺 在 N,N-二异丙基乙胺 作用下， 以 二氯甲烷 为溶剂， 反应 0.5h， 生成 5'-O-(4,4-dimethoxy)trityl-3-deoxy-3-ribofluoro-2-O-(2-cyanoethyl-N,N-diisopropylphosphoramidite)uridine
  参考文献：
  名称：

  SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA) MOLECULES CONTAINING A 2' INTERNUCLEOSIDE LINKAGE

  摘要：

  本发明涉及RNAi分子及其组成物，包括连接在反义链5'端的位置1核苷酸和位置2核苷酸之间的2'间核苷酸连接。具体而言，本发明涉及能够介导RNA干扰的单链和双链短干扰核酸（siNA）分子，其包含5'修饰核苷酸，其中包括2'间核苷酸连接等其他潜在修饰。本发明还涉及用作试剂的5'修饰核苷酸，用于生成本发明的RNAi分子以及使用所述RNAi分子的方法。

  公开号：

  US20160068837A1
• 作为产物：
  描述：

  4,4'-双甲氧基三苯甲基氯 、 3'-脱氧-3'-氟尿苷 在 4-二甲氨基吡啶 作用下， 以 吡啶 为溶剂， 反应 2.0h， 以62.8%的产率得到1-((2R,3S,4S,5R)-5-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)-4-fluoro-3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
  参考文献：
  名称：

  Synthesis and structural studies of S-type/N-type-locked/frozen nucleoside analogues and their incorporation in RNA-selective, nuclease resistant 2′–5′ linked oligonucleotides

  摘要：

  合成了 2 内锁或冷冻（S 型）/3 内锁或冷冻（N 型）核苷类似物。根据 3JHH 和 NOE 测量结果进行的构象分析得到了 X 射线晶体结构研究的进一步证实。利用这些修饰的核苷类似物合成了 2â²â5â² isoDNA 寡核苷酸 (ON)，对由此产生的 2â²â5â² isoDNA:âRNA 双链体进行的 UV-Tm 研究反映了位点和序列依赖性效应，并证实在这类双链体中，S 型糖构象比 N 型糖几何构象更受青睐。

  DOI：

  10.1039/c2ob26762d

文献信息

• [EN] COMPOUNDS, COMPOSITIONS, AND METHODS FOR THE TREATMENT OF DISEASE<br/>[FR] COMPOSÉS, COMPOSITIONS ET PROCÉDÉS POUR LE TRAITEMENT D'UNE MALADIE
  申请人：SPEROVIE BIOSCIENCES INC

  公开号：WO2020014127A1

  公开（公告）日：2020-01-16

  Disclosed are compounds and compositions for the activation or induction of expression of a pattern recognition receptor (e.g., STING, RIG-I, MDA5), and methods of use thereof.

  揭示了用于激活或诱导模式识别受体（例如STING、RIG-I、MDA5）表达的化合物和组合物，以及其使用方法。
• Probing the furanose conformation in the 2′–5′strand of isoDNA : RNA duplexes by freezing the nucleoside conformations
  作者：Namrata Erande、Anita D. Gunjal、Moneesha Fernandes、Vaijayanti A. Kumar

  DOI：10.1039/c0cc05402j

  日期：——

  Sugar conformations in the isoDNA strand of isoDNA : RNA duplexes are preferred S-type locked/frozen in contrast to N-type locked conformations preferred in DNA : RNA duplexes.

  异二聚体DNA链中的糖构象：与DNA-RNA双链中偏好的N型锁定构象相比，异二聚体DNA链中更倾向于S型锁定/冻结构象。
• Short interfering nucleic acid (siNA) molecules containing a 2′ internucleoside linkage (3dT)
  申请人：SIRNA THERAPEUTICS, INC.

  公开号：US10738308B2

  公开（公告）日：2020-08-11

  The present invention relates to RNAi molecules, and compositions thereof, comprising a 2′ internucleoside linkage connecting the nucleotide at position 1 and the nucleotide at position 2 at the 5′ end of the antisense strand. Specifically, the invention relates to single- and double-stranded short interfering nucleic acid (siNA) molecules that are capable of mediating RNA interference comprising 5′ modified nucleotides that comprise, among other potential modifications, a 2′ internucleoside linkage. The invention further relates to 5′ modified nucleotides used as reagents to generate the RNAi molecules of the invention and methods of using the disclosed RNAi molecules.

  本发明涉及RNAi分子及其组合物，其包含连接反义链5′端的1位核苷酸和2位核苷酸的2′核苷间连接。具体地说，本发明涉及能够介导 RNA 干扰的单链和双链短干扰核酸（siNA）分子，这些分子包含 5′修饰的核苷酸，这些核苷酸除其他可能的修饰外，还包含 2′核苷间连接。本发明进一步涉及用作试剂生成本发明 RNAi 分子的 5′修饰核苷酸以及使用所公开 RNAi 分子的方法。
• SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (SINA) MOLECULES CONTAINING A 2' INTERNUCLEOSIDE LINKAGE
  申请人：Sirna Therapeutics, Inc.

  公开号：EP2958998B1

  公开（公告）日：2017-12-27
• SHORT INTERFERING NUCLEIC ACID (siNA) MOLECULES CONTAINING A 2' INTERNUCLEOSIDE LINKAGE (3dT)
  申请人：SIRNA THERAPEUTICS, INC.

  公开号：US20180265869A1

  公开（公告）日：2018-09-20

  The present invention relates to RNAi molecules, and compositions thereof, comprising a 2′ internucleoside linkage connecting the nucleotide at position 1 and the nucleotide at position 2 at the 5′ end of the antisense strand. Specifically, the invention relates to single- and double-stranded short interfering nucleic acid (siNA) molecules that are capable of mediating RNA interference comprising 5′ modified nucleotides that comprise, among other potential modifications, a 2′ internucleoside linkage. The invention further relates to 5′ modified nucleotides used as reagents to generate the RNAi molecules of the invention and methods of using the disclosed RNAi molecules.