5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-[(N,N-diisopropylamino)[2-[N-methyl-N-(2-pyridyl)amino]ethoxy]phosphinyl]thymidine | 650599-82-9

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-[(N,N-diisopropylamino)[2-[N-methyl-N-(2-pyridyl)amino]ethoxy]phosphinyl]thymidine
• 英文别名: 1-[(2R,4S,5R)-5-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-4-[[di(propan-2-yl)amino]-[2-[methyl(pyridin-2-yl)amino]ethoxy]phosphanyl]oxyoxolan-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4-dione
• CAS: 650599-82-9
• 化学式: C₄₅H₅₆N₅O₈P
• 分子量: 825.942
• InChiKey: VKWSJYKTVLJFAV-KYESNOIWSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  7
• 重原子数：
  59
• 可旋转键数：
  19
• 环数：
  6.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.4
• 拓扑面积：
  124
• 氢给体数：
  1
• 氢受体数：
  11

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-[(N,N-diisopropylamino)[2-[N-methyl-N-(2-pyridyl)amino]ethoxy]phosphinyl]thymidine 在 四氮唑 、 苯基二硫化物 作用下， 以 乙腈 为溶剂， 生成 [(2R,3S,5R)-2-[[[(2R,3S,5R)-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-hydroxyphosphinothioyl]oxymethyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl] acetate
  参考文献：
  名称：

  在寡脱氧核糖核苷酸的固相合成中3-（2-吡啶基）-1-丙基和2- [N-甲基-N-（2-吡啶基）]氨基乙基磷酸酯/硫代磷酸酯保护基的热解性质。

  摘要：

  在固相寡核苷酸合成中，热解基团可以替代传统的2-氰基乙基用于磷酸酯/硫代磷酸酯的保护，以防止在用于寡核苷酸脱保护的基本条件下通过丙烯腈产生的DNA烷基化。另外，在设计用于在诊断微阵列上合成寡核苷酸的“热驱动”过程的背景下，热解基团是有吸引力的。在这些方面，已经研究了吡啶衍生物作为热解磷酸酯/硫代磷酸酯保护基的潜在应用。具体地，将2-吡啶丙醇和2- [N-甲基-N-（2-吡啶基）]氨基乙醇掺入脱氧核糖核苷亚磷酰胺7a-d和9中，在固相寡核苷酸合成中，它们被发现与2-氰基乙基脱氧核糖核苷亚磷酰胺一样有效。在55℃，浓NH4OH或pH 7.0的水性缓冲液中加热30分钟内，从寡核苷酸中除去3-（2-吡啶基）-1-丙基磷酸/硫代磷酸酯保护基。当在寡核苷酸合成过程中形成磷酸或硫代磷酸酯时，N-甲基-N-（2-吡啶基）]氨基乙基会自发出现。这些基团的脱保护遵循环脱酯化过程，产生双环盐13和14作为副产物

  DOI：

  10.1021/jo0354490
• 作为产物：
  描述：

  2-[N-甲基-N-(2-吡啶基)氨基]乙醇 在 四氮唑 、 二异丙胺 作用下， 以 二氯甲烷 、 苯 为溶剂， 反应 2.0h， 生成 5'-O-(4,4'-dimethoxytrityl)-3'-O-[(N,N-diisopropylamino)[2-[N-methyl-N-(2-pyridyl)amino]ethoxy]phosphinyl]thymidine
  参考文献：
  名称：

  在寡脱氧核糖核苷酸的固相合成中3-（2-吡啶基）-1-丙基和2- [N-甲基-N-（2-吡啶基）]氨基乙基磷酸酯/硫代磷酸酯保护基的热解性质。

  摘要：

  在固相寡核苷酸合成中，热解基团可以替代传统的2-氰基乙基用于磷酸酯/硫代磷酸酯的保护，以防止在用于寡核苷酸脱保护的基本条件下通过丙烯腈产生的DNA烷基化。另外，在设计用于在诊断微阵列上合成寡核苷酸的“热驱动”过程的背景下，热解基团是有吸引力的。在这些方面，已经研究了吡啶衍生物作为热解磷酸酯/硫代磷酸酯保护基的潜在应用。具体地，将2-吡啶丙醇和2- [N-甲基-N-（2-吡啶基）]氨基乙醇掺入脱氧核糖核苷亚磷酰胺7a-d和9中，在固相寡核苷酸合成中，它们被发现与2-氰基乙基脱氧核糖核苷亚磷酰胺一样有效。在55℃，浓NH4OH或pH 7.0的水性缓冲液中加热30分钟内，从寡核苷酸中除去3-（2-吡啶基）-1-丙基磷酸/硫代磷酸酯保护基。当在寡核苷酸合成过程中形成磷酸或硫代磷酸酯时，N-甲基-N-（2-吡啶基）]氨基乙基会自发出现。这些基团的脱保护遵循环脱酯化过程，产生双环盐13和14作为副产物

  DOI：

  10.1021/jo0354490

文献信息

• Improved synthesis of oligonucleotides with an allylic backbone. Oligonucleotides containing acyclic, achiral nucleoside analogues: N-1 or N-9-[3-hydroxy-2-(hydroxymethyl)prop-1-enyl]nucleobases
  作者：Britta M. Dahl、Ulla Henriksen、Otto Dahl

  DOI：10.1039/b517504f

  日期：——

  An improved phosphoramidite method is described to prepare oligonucleotides modified with the acyclic, achiral monomers 1. Examination of dimers, prepared on solid support or in solution, showed that phosphortriester dimers containing the allylic unit 1 were unstable towards bases, whereas phosphordiester dimers were stable. Phosphordiester dimers were obtained by replacing cyanoethyl phosphoramidites 2 with phosphoramidites 3, which gave phosphordiesters directly upon oxidation. The phosphordiester dimers were found to be stable towards capping and oxidation, but were somewhat labile towards acids. By reducing the contact time to acids during detritylation it was possible to prepare oligonucleotides containing 4 or 8 modified A, G or T units. The modified oligonucleotides hybridized to complementary DNA and RNA, although with reduced affinity (ΔTm per modification −1 to −5 °C).

  描述了一种改进的磷酰胺法，用于制备用非环状、无手性的单体1修饰的寡核苷酸。对在固相或溶液中制备的二聚体的研究表明，含有烯丙基单元1的磷三酯二聚体对碱不稳定，而磷二酯二聚体则稳定。通过用磷酰胺基团3替换氰乙基磷酰胺基团2，可以获得磷二酯二聚体，后者在氧化后可直接生成。发现磷二酯二聚体对封闭和氧化稳定，但对酸有一定的敏感性。通过减少去三苷化过程中与酸的接触时间，可以制备含有4或8个修饰的A、G或T单位的寡核苷酸。这些修饰过的寡核苷酸能够与互补的DNA和RNA结合，但亲和力有所降低（每次修饰导致的ΔTm为−1到−5 °C）。
• Thermolytic Properties of 3-(2-Pyridyl)-1-propyl and 2-[<i>N</i>-Methyl-<i>N</i>-(2-pyridyl)]aminoethyl Phosphate/Thiophosphate Protecting Groups in Solid-Phase Synthesis of Oligodeoxyribonucleotides
  作者：Jacek Cieślak、Serge L. Beaucage

  DOI：10.1021/jo0354490

  日期：2003.12.1

  thermolytic phosphate/thiophosphate protecting groups has been investigated. Specifically, 2-pyridinepropanol and 2-[N-methyl-N-(2-pyridyl)]aminoethanol were incorporated into deoxyribonucleoside phosphoramidites 7a-d and 9, which were found as efficient as 2-cyanoethyl deoxyribonucleoside phosphoramidites in solid-phase oligonucleotide synthesis. Whereas the removal of 3-(2-pyridyl)-1-propyl phosphate/thiophosphate

  在固相寡核苷酸合成中，热解基团可以替代传统的2-氰基乙基用于磷酸酯/硫代磷酸酯的保护，以防止在用于寡核苷酸脱保护的基本条件下通过丙烯腈产生的DNA烷基化。另外，在设计用于在诊断微阵列上合成寡核苷酸的“热驱动”过程的背景下，热解基团是有吸引力的。在这些方面，已经研究了吡啶衍生物作为热解磷酸酯/硫代磷酸酯保护基的潜在应用。具体地，将2-吡啶丙醇和2- [N-甲基-N-（2-吡啶基）]氨基乙醇掺入脱氧核糖核苷亚磷酰胺7a-d和9中，在固相寡核苷酸合成中，它们被发现与2-氰基乙基脱氧核糖核苷亚磷酰胺一样有效。在55℃，浓NH4OH或pH 7.0的水性缓冲液中加热30分钟内，从寡核苷酸中除去3-（2-吡啶基）-1-丙基磷酸/硫代磷酸酯保护基。当在寡核苷酸合成过程中形成磷酸或硫代磷酸酯时，N-甲基-N-（2-吡啶基）]氨基乙基会自发出现。这些基团的脱保护遵循环脱酯化过程，产生双环盐13和14作为副产物