6-amino-2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)hexan-1-ol

• 分子结构分类: 有机化合物 - 苯类化合物 - 三苯基化合物
• 英文名称: 6-amino-2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)hexan-1-ol
• 英文别名: 6-amino-2-[[bis(4-methoxyphenyl)-phenylmethoxy]methyl]hexan-1-ol
• 化学式: C₂₈H₃₅NO₄
• 分子量: 449.59
• InChiKey: CFQVJBAPPMKFEU-UHFFFAOYSA-N

计算性质

• 辛醇/水分配系数(LogP)：
  4.4
• 重原子数：
  33
• 可旋转键数：
  13
• 环数：
  3.0
• sp3杂化的碳原子比例：
  0.36
• 拓扑面积：
  73.9
• 氢给体数：
  2
• 氢受体数：
  5

反应信息

• 作为反应物：
  描述：

  6-amino-2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)hexan-1-ol 在 4-二甲氨基吡啶 、 盐酸-N-乙基-Nˊ-(3-二甲氨基丙基)碳二亚胺 作用下， 以 N,N-二甲基甲酰胺 为溶剂， 反应 32.83h， 生成 pyridinium 4-(6-(5-(1,2-dithiolan-3-yl)pentanamido)-2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy) methyl)hexyloxy)-4-oxobutanoate
  参考文献：
  名称：

  Dithiolane Based Thiol Modifier For Labeling and Stronger Immobilization of Bio-Molecules On Solid Surfaces

  摘要：

  巯基修饰的寡核苷酸在核酸化学领域有广泛的应用。单巯基基团生成的共轭物在高温、高盐浓度缓冲液和存在其他巯基的情况下不稳定。因此，有必要开发一种能够生成多个巯基基团的新型巯基修饰探针。本文描述了高效的工艺和化合物，包括二硫杂环磷酰胺衍生物和二硫杂环琥珀酰基支持体。我们的环状二硫化物巯基修饰的优点是多方面的：a)每个插入点引入两个巯基基团；b)它可以在寡核苷酸的任何所需位置引入；c)二硫杂环中链臂的对称分支性质允许进行干净的寡核苷酸合成，避免链臂的断裂和寡核苷酸链的损失。我们成功地制备了包含单个二硫杂环衍生物的20-mer寡核苷酸，在3'端，以及包含单个二硫杂环衍生物的21-mer寡核苷酸，在5'端或混合碱基序列的中间。这些寡核苷酸的HPLC和ESI MS分析表明它们的纯度和组成正确。

  公开号：

  US20140142253A1
• 作为产物：
  描述：

  6-(5-(1,2-dithiolan-3-yl)pentanamido)-2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)hexyl 2-cyanoethyl diisopropylphosphoramidite 在 氨 作用下， 以 甲醇 为溶剂， 反应 16.0h， 以85%的产率得到6-amino-2-((bis(4-methoxyphenyl)(phenyl)methoxy)methyl)hexan-1-ol
  参考文献：
  名称：

  Dithiolane Based Thiol Modifier For Labeling and Stronger Immobilization of Bio-Molecules On Solid Surfaces

  摘要：

  巯基修饰的寡核苷酸在核酸化学领域有广泛的应用。单巯基基团生成的共轭物在高温、高盐浓度缓冲液和存在其他巯基的情况下不稳定。因此，有必要开发一种能够生成多个巯基基团的新型巯基修饰探针。本文描述了高效的工艺和化合物，包括二硫杂环磷酰胺衍生物和二硫杂环琥珀酰基支持体。我们的环状二硫化物巯基修饰的优点是多方面的：a)每个插入点引入两个巯基基团；b)它可以在寡核苷酸的任何所需位置引入；c)二硫杂环中链臂的对称分支性质允许进行干净的寡核苷酸合成，避免链臂的断裂和寡核苷酸链的损失。我们成功地制备了包含单个二硫杂环衍生物的20-mer寡核苷酸，在3'端，以及包含单个二硫杂环衍生物的21-mer寡核苷酸，在5'端或混合碱基序列的中间。这些寡核苷酸的HPLC和ESI MS分析表明它们的纯度和组成正确。

  公开号：

  US20140142253A1

文献信息

• NUCLEIC ACID DERIVATIVE HAVING IMMUNOSTIMULATORY ACTIVITY
  申请人：Shionogi & Co., Ltd.

  公开号：US20180264105A1

  公开（公告）日：2018-09-20

  The purpose of the present invention is to provide double-stranded oligonucleotides comprising the CpG oligonucleotide mentioned below, as a nucleic acid derivative having an immunostimulatory activity. An adjuvant comprising a double-stranded oligonucleotide, wherein a first strand is a CpG oligonucleotide consisting of 8 to 50 nucleotides, a second strand is an oligonucleotide consisting of 8 to 60 nucleotides and comprising a sequence capable of hybridizing with the first strand, and a lipid binds to the second strand through a linker.

  本发明的目的是提供包含如下所述CpG寡核苷酸的双链寡核苷酸，作为一种具有免疫刺激活性的核酸衍生物。 一种包含双链寡核苷酸的佐剂，其中 第一链是由8到50个核苷酸组成的CpG寡核苷酸， 第二链是由8到60个核苷酸组成的寡核苷酸，并且包括 能够与第一链杂交的序列，以及通过连接器与第二链结合的脂质。
• [EN] NOVEL QUENCHER AND REPORTER DYE COMBINATIONS<br/>[FR] NOUVEL EXTINCTEUR ET COMBINAISONS DE COLORANTS RAPPORTEURS
  申请人：LIFE TECHNOLOGIES CORP

  公开号：WO2019169307A1

  公开（公告）日：2019-09-06

  Disclosed is a probe for use in biological assays. The probe includes a fluorescent dye bound to a quencher compound through an oligonucleotide linker. Also disclosed are methods of using the probe, such as for a polymerase chain reaction (PCR), such as in a quantitative PCR reaction (qPCR), as well as kits including the probe.

  揭示了一种用于生物检测的探针。该探针包括通过寡核苷酸连接剂与猝灭剂化合物结合的荧光染料。还公开了使用该探针的方法，例如用于聚合酶链反应（PCR），如在定量PCR反应（qPCR）中使用，以及包括该探针的试剂盒。
• STABILIZED NUCLEIC ACID DARK QUENCHER-FLUOROPHORE PROBES
  申请人：Cook Ronald M.

  公开号：US20090259030A1

  公开（公告）日：2009-10-15

  The present invention provides a new class of solids supports for synthesis of modified oligomers of nucleic acids, and nucleic acid probes that have a format expediently synthesized on the new supports. Exemplary solid supports include at least one quencher bound through a linker to the solid support. Various exemplary embodiments include a moiety that stabilizes a duplex, triplex or higher order aggregation (e.g., hybridization) of nucleic acids of which the oligomer of the invention is a component. Other components of the solid support include moieties that stabilize aggregations of nucleic acids, e.g., intercalators, minor groove binding moieties, bases modified with a stabilizing moiety (e.g., alkynyl moieties, and fluoroalkyl moieties), and conformational stabilizing moieties, such as those described in commonly owned U.S. Patent Application Publication No. 2007/0059752.

  本发明提供了一种新型固体支持体，用于合成修饰寡核苷酸的新类固体支持体以及具有在新支持体上方便合成的核酸探针。示例固体支持体包括至少通过连接剂与固体支持体结合的一个猝灭剂。各种示例实施例包括稳定双链、三链或更高级别聚集（例如，杂交）的基团，其中该发明的寡聚物是其中的一个组分的基团。固体支持体的其他组分包括稳定核酸聚集的基团，例如，插入剂、小沟结合基团、经过稳定基团修饰的碱基（例如，炔基基团和氟烷基团）和构象稳定基团，例如，如同在共同拥有的美国专利申请公开号2007/0059752中描述的那样。
• [EN] ENERGY TRANSFER DYE CONJUGATES FOR USE IN BIOLOGICAL ASSAYS<br/>[FR] CONJUGUÉS DE COLORANT DE TRANSFERT D'ÉNERGIE DESTINÉS À ÊTRE UTILISÉS DANS DES DOSAGES BIOLOGIQUES
  申请人：LIFE TECHNOLOGIES CORP

  公开号：WO2022020723A1

  公开（公告）日：2022-01-27

  Energy transfer dye pairs including a donor dye covalently attached to an acceptor dye through a linker, uses of the energy transfer dye pairs, for example, in conjugates of an energy transfer dye pair covalently attached to a quencher and an analyte (e.g., an oligonucleotide), for biological applications including, for example, amplification assays such as quantitative polymerase chain reaction (qPCR) and digital PCR (dPCR).

  能量转移染料对包括一个给体染料通过链接剂共价连接到一个受体染料，能量转移染料对的用途，例如，在能量转移染料对共价连接到一个猝灭剂和分析物（例如寡核苷酸）的共轭物中使用，用于生物应用，包括例如扩增检测，如定量聚合酶链式反应（qPCR）和数字PCR（dPCR）。
• NON-FLUORESCENT QUENCHER COMPOUNDS AND BIOMOLECULAR ASSAYS
  申请人：EWING Gregory J.

  公开号：US20090105452A1

  公开（公告）日：2009-04-23

  Bis-diazo, triaryl and aryldiazo-N-arylphenazonium quencher moieties, substituted with electron-withdrawing and electron-donating substituents which induce polarity in the delocalized aryl/diazo ring systems, are useful as labels when attached to biomolecules such as polynucleotides, nucleosides, nucleotides and polypeptides. The quencher moieties are non-fluorescent and accept energy transfer from fluorescent reporter labels by any energy-transfer mechanism, such as FRET. Fluorescence quencher compositions are useful in preparing quencher labeled biomolecules for various molecular biology assays based on fluorescence detection.

  双重重氮基团、三芳基和芳基重氮-N-芳基苯唑啉猝灭基团，通过在离域芳基/重氮环系统中引入电子受体和电子供体取代基，可以作为标签附加到生物分子上，如多核苷酸、核苷、核苷酸和多肽。这些猝灭基团是非荧光的，可以通过任何能量转移机制（例如FRET）从荧光报告标签接受能量转移。荧光猝灭剂组合物在制备标记生物分子的过程中非常有用，用于各种基于荧光检测的分子生物学测定。